W Przemyślu działała wówczas zorganizowana przez ks. A. Chlondowskiego w 1916 r. Średnia Szkoła Organistowska Księży Salezjanów. Po II wojnie światowej przez pewien czas była ona jedynym w powojennej Polsce ośrodkiem kształcenia organistów.
W latach 50. działająca przy Episkopacie Komisja ds. Śpiewu i Muzyki Kościelnej organizowała okresowo kilkudniowe kursy i egzaminy kwalifikacyjne dla organistów już pracujących w parafiach, aby podnieść poziom umiejętności świeckich organistów parafialnych. Jej członkiem był ks. Wojciech Lewkowicz. Komisja opracowała projekt Statutu Diecezjalnego Szkolenia Muzyków Kościelnych, który został zatwierdzony przez Episkopat Polski 12 marca 1965 r. Równocześnie przy Kurii Metropolitalnej Warszawskiej utworzono Referat Szkolenia Muzyków Kościelnych, przemianowany później na Kursy Szkolenia Organistów, a od 1970 r. - na Instytut Szkolenia Organistów.
Ks. Lewkowicz od 1956 r. zamieszkał w Warszawie i przystąpił do intensywnej pracy na polu muzyki sakralnej. Został pierwszym dyrektorem erygowanego w 1959 r. przez kard. Stefana Wyszyńskiego Instytutu Muzyczno-Liturgicznego w Aninie. Początkowo słuchaczami byli tylko duchowni - diecezjalni i zakonni. Gdy w Akademii Teologii Katolickiej zaistniała możliwość utworzenia sekcji muzyki kościelnej, zaangażował się bardzo w tę sprawę. Wielu księży przeszło na ATK, a Studium w Aninie pozostało dla sióstr zakonnych i w takim kształcie służyło Kościołowi do 1995 r. W tym samym czasie, 2 października 1963 r., doszło do zlikwidowania przemocą salezjańskiej Szkoły Organistowskiej w Przemyślu. Nie pierwszy i nie ostatni raz totalitarna władza uderzyła w Kościół i równocześnie w kulturę narodową. Na nic zdały się protesty i interwencje ks. Wł. Chmiela, ówczesnego dyrektora Szkoły, i innych. Organiści nabywali umiejętności, „terminując” u czynnych organistów, często również samouków, bez należytego wykształcenia. W państwowych szkołach muzycznych w klasach organowych program kształcenia nie zawierał niezbędnych dla organistów kościelnych przedmiotów jak liturgika, chorał gregoriański czy harmonia modalna.
Zorganizowanie regularnego kształcenia organistów w Warszawie było odpowiedzią z jednej strony na wskazania Soboru Watykańskiego II, z drugiej zaś na zamknięcie siłą salezjańskiej Szkoły przemyskiej. Ojcowie soborowi w Konstytucji o Liturgii dali wyraz trosce o skarbiec muzyki kościelnej. Zalecali zakładanie wyższych instytutów muzyki kościelnej.
W 1965 r. ks. Wojciech Lewkowicz przyczynił się do tego, aby rozpoczęto regularne dokształcanie organistów przy Kurii Metropolitalnej Warszawskiej. Naukę rozpoczęło 12 mężczyzn, którzy pełnili już obowiązki organistów w różnych parafiach bez wystarczającego przygotowania. Ze względu na brak instrumentów, lekcje indywidualne gry na fortepianie prowadzono w prywatnych domach nauczycieli. Zajęcia wspólne nosiły nazwę „Dni skupienia dla organistów”, bo sytuacja polityczna nie pozwalała na oficjalną rejestrację Studium. Początkowo odbywały się w parafii św. Wacława na Gocławku, następnie kilka razy w klasztorze Sióstr Franciszkanek przy ul. Piwnej, potem w pomieszczeniach Kurii Metropolitalnej przy ul. Miodowej, wreszcie, przez ponad 30 lat, w podziemiach kościoła Wszystkich Świętych przy Placu Grzybowskim, gdzie uruchomiono ocalałe po wojnie kinowe organy Wurlitzera.
W 1971 r., po śmierci ks. Wojciecha Lewkowicza dyrektorem Instytutu został ks. Józef Zawitkowski - absolwent muzykologii Akademii Teologii Katolickiej, dziś biskup pomocniczy diecezji łowickiej. Przeżył on radosną uroczystość poświęcenia organów Böhma, ufundowanych dla Instytutu przez Prymasa Tysiąclecia. Instrument ten służy studentom do dziś.
W 1982 r. po objęciu przez ks. Zawitkowskiego probostwa w kolegiacie w Łowiczu, Prymas kard. Józef Glemp powołał na stanowisko dyrektora i wykładowcy Instytutu ks. Andrzeja Filabera, który kieruje nim do dziś. Jeszcze przed studiami w Seminarium Metropolitalnym pracował on jako organista w bazylice archikatedralnej. Nowy dyrektor zdecydował o znacznym rozszerzeniu programu nauczania oraz nastawieniu na kształcenie młodych kandydatów na organistów, a nie tylko dokształcania już pracujących w kościołach. W latach 80. nastąpił znaczny wzrost liczby kandydatów do nauki w Instytucie oraz duże zróżnicowanie ich wiedzy i umiejętności; w 1987 r. liczba słuchaczy przekroczyła setkę i ten stan utrzymuje się do dziś. Palącą koniecznością było zwiększenie liczby instrumentów, aby zapewnić wszystkim uczniom możliwość ćwiczenia na organach. Dyrektor Instytutu konsekwentnie troszczył się o powiększanie liczby instrumentów. Chociaż Instytut nie otrzymywał dotacji na prowadzenie działalności z żadnych źródeł, udało się to osiągnąć. Dziś jego własnością są 3 organy piszczałkowe, 5 elektronicznych, fisharmonia, 4 fortepiany i 2 pianina.
W 1988 r. Instytut Szkolenia Organistów został włączony do erygowanego Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie. Część absolwentów uzyskuje równocześnie magisterium z teologii, pozostali dyplomy zawodowe organisty kościelnego. W 1995 r. rozwiązano Studium Muzyczno-Liturgiczne dla Sióstr w Aninie, a 8 sióstr zainteresowanych dalszym kształceniem i uzyskaniem dyplomu kontynuowało naukę w Instytucie. Bardzo trudne warunki lokalowe zmuszały do zabiegania o nową siedzibę. Po długoletnich staraniach dyrektora w 2000 r. Instytut rozpoczął pracę w nowym miejscu, w Domu Rekolekcyjno-Formacyjnym przy ul. Dewajtis 3 na warszawskich Bielanach.
12 pedagogów prowadzi łącznie ok. 300 godzin zajęć tygodniowo. Kształcą się młodzi ludzie z obu diecezji warszawskich, choć oprócz nich dojeżdżają jeszcze inni z 5 sąsiednich diecezji, zachęceni poziomem kształcenia.
Większość spośród ponad 300 absolwentów Instytutu rzeczywiście podjęło pracę organistowską w Kościele; pracują przeważnie na terenie archidiecezji warszawskiej i diecezji warszawsko-praskiej. Dziś 1/3 część słuchaczy stanowią kobiety. Ich liczba stale wzrasta. Być może wiąże się to z charakterem pracy organisty (często niepełny etat lub tylko umowa-zlecenie) oraz godzinami pracy, które pozwalają łatwiej pogodzić ją z obowiązkami domowymi. Tok studiów w Instytucie został tak ukształtowany, aby absolwenci byli przygotowani nie tylko do gry liturgicznej i koncertowej, ale także do nauki śpiewu oraz prowadzenia zespołów wokalnych. Takich kwalifikacji oczekuje się dziś od muzyka kościelnego. Mam nadzieję, że Instytut Szkolenia Organistów w Warszawie umożliwia wszystkim chętnym zdobycie odpowiedniej wiedzy i umiejętności muzycznych na miarę aktualnych oczekiwań Kościoła w Polsce.

Instytut Szkolenia Organistów przy Papieskim Wydziale Teologicznym w Warszawie przygotowuje kandydatów (w wieku do 30 lat) do pracy organistowskiej w Kościele w zakresie gry na organach, śpiewu, akompaniamentu liturgicznego oraz prowadzenia zespołów wokalnych. Po uzyskaniu licencjatu zawodowego absolwenci mogą kontynuować studia teologiczne i uzyskać dyplom magistra teologii.
Sekretariat Instytutu (ul. Dewajtis 3) czynny jest we wtorki, środy, czwartki w godzinach: 12.00-16.00; tel.: (0-22) 56--10-138 lub 56-10-100; e-mail: ISO@mkw.pl