U progu dziejów Zamościa i katedry stoi wielki, zasłużony dla kraju i Kościoła hetman i kanclerz wielki koronny Jan Zamoyski (1542-1605 r.). Jest to postać „granitowa”, jak pisze jeden z historyków, wielki humanista, mecenas uczonych, pisarzy i artystów, wielki wódz zwycięskich wojen. Człowiek, który w swym życiu dokonał tego, co mogłoby się złożyć na trzy życiorysy. On to zapragnął, aby na wschodnich rubieżach etnicznej Polski powstało miasto z Akademią i kolegiatą, które będą promieniować zachodnią kulturą i rzymskokatolicką wiarą. Myśl tę, wielkie i wspaniałe dzieło budzące podziw, Hetman konsekwentnie realizował do końca swego życia. W tym roku mija 400 lat od jego śmierci, wypada więc sięgnąć do korzeni Zamojszczyzny i naszego lokalnego Kościoła, przywołując pamięć wielkiego Polaka i jego dzieło.
Jako gorliwy katolik, codziennie uczestniczący we Mszy św., wielką wagę przywiązywał do budowy okazałej świątyni w mieście. W liście do ulubionego poety i doradcy Szymona Simonidesa z 12 lutego 1593 r. pisze: „Przemyśliwując, co bym takiego z przymnożeniem Chwały Bożej i pożytkiem pospolitym na potomne czasy trwającego zostawić po sobie miał, począłem tu w Nowym Zamościu kościół budować, którego już nie małą część postawiłem i mam nadzieję, że z Bożą pomocą przez to i przyszłe lato wszystek stanie”.
Zgodnie z wolą fundatora, w latach 1588-1600 wzniesiono w stylu późnego renesansu okazałą kolegiatę, według projektu włoskiego architekta Bernardo Morando, który opracował plany budowy całego miasta. Jeszcze przed oddaniem świątyni do użytku papież Klemens VIII, który 5 lat wcześniej jako legat papieski kard. Hipolit Aldobrandini bawił w Zamościu, na mocy breve Quae ad ecclesiarum z 5 października 1594 r. zatwierdził kolegiatę i ustanowił przy niej kapitułę. Następnie w breve z 23 grudnia 1594 r. Romanus Pontifex Klemens VIII przyznał dziekanowi kapituły przywilej używania pontyfikaliów. Fundację kolegiaty i kapituły zatwierdził 23 września 1601 r. król Zygmunt III.
Breve papieskie otrzymała również Akademia Zamojska. Między tymi instytucjami miała być utrzymywana ścisła łączność organizacyjna. Kanonicy kapituły mieli być profesorami Akademii Zamojskiej. Dziekan kapituły był nie tylko zwierzchnikiem duchowieństwa pracującego w kolegiacie, ale również obok rektora jednym z kierowników Akademii.
Ważnym wydarzeniem w dziejach kolegiaty i jej kapituły było breve papieża Pawła V Sacri apostolatus z 6 czerwca 1617 r.
Na prośbę ordynata Tomasza Zamoyskiego papież, potwierdzając fundację kapituły i Akademii w Zamościu, nadał obu tym instytucjom prawa i przywileje egzempcji. Breve znosiło klauzulę Klemensa VIII dotyczącą zarządu Akademii ze strony biskupów chełmskich. Papież delegował arcybiskupów gnieźnieńskiego i lwowskiego oraz biskupa przemyskiego do wykonania tegoż breve. W ten sposób Akademia miała służyć całej Rzeczypospolitej, podobnie jak to czyni dzisiaj KUL.
Kolegiata została wzniesiona pw. Zmartwychwstania Pańskiego i św. Tomasza Apostoła jako wotum dziękczynne za zwycięskie wojny pod wodzą Hetmana. Tytuł świątyni ma swoje uzasadnienie. Ważniejsze zwycięstwa przypadały zawsze w niedzielę, która jest pamiątką Zmartwychwstania Chrystusa. Skoro świątynia miała być świątynią zwycięstwa, stąd jej tytuł.
Drugi tytuł kolegiaty jest związany z czcią oddawaną w rodzinie Zamoyskich św. Tomaszowi Apostołowi, a także z osobistym życiem Hetmana. Widział on paralelę pomiędzy „niewiernym Tomaszem”, który nie chciał uwierzyć w Zmartwychwstanie Chrystusa, a sobą. Jan Zamoyski był bowiem kalwinem, a katolicyzm przyjął podczas swych studiów w Padwie, pod wpływem poznanych dzieł ojców Kościoła, a zwłaszcza św. Augustyna. Doszedł do prawdziwej wiary, podobnie jak św. Tomasz Apostoł, drogą wątpienia i rozumowego poznania.
Plan świątyni, unikalny w polskiej architekturze, nawiązuje do kościołów włoskich z XV i XVI w. Proporcje kolegiaty, długość 45 m, szerokość 30 m, o prostych stosunkach liczb 3 do 2 powtarzają proporcje całego miasta. Potężna świątynia o powierzchni użytkowej 1180 m2 jest piętnastokrotnym pomniejszeniem zamojskiej Starówki. Piękno wnętrza świątyni w całej pełni poznać możemy, gdy podniesiemy wzrok na kute w kamieniu pod sklepieniem kapitele, belkowania i rzeźby, które w doskonałej proporcji obejmują główną nawę wraz z chórem i stanowią kunszt dzieła Moranda.
Śmierć Hetmana w 1605 r. opóźniła prace urządzenia i wyposażenia wnętrza świątyni. Po ich ukończeniu odbyło się jej poświęcenie, którego dokonał 18 listopada 1637 r. bp Jan Chrzciciel Zamoyski, biskup bakowski, z upoważnienia Remigiusza Koniecpolskiego, biskupa chełmskiego. Zebrani na uroczystości modlili się przy trumnie Fundatora złożonej w podziemiu Kaplicy Ordynackiej, zwracając uwagę na prosty, skromny, bez tytułów, napis na epitafium Hic situs est loannes Zamoiski - tu leży Jan Zamoyski.
Kolegiata stanowiła centralny punkt utworzonej przez Hetmana Ordynacji Zamojskiej. Jej znaczenie kościelne odpowiadało randze dominium - posiadłości. Stąd Zamoyski uzyskał dla niej w Rzymie specjalne przywileje, a dla dziekana i jednocześnie przewodniczącego kapituły - infułę. Hetman miał plany podniesienia kolegiaty do rangi katedry, a infułata do godności biskupiej. Kontynuację tej myśli widać jeszcze u syna Hetmana Tomasza, który starał się o przeniesienie stolicy biskupiej z Chełma do Zamościa. W budżecie Ordynacji były na ten cel przeznaczane odpowiednie sumy.
Znaczenie kolegiaty jako głównej świątyni Ordynacji Zamojskiej podkreślały uroczystości mające w niej miejsce. Jak pisze prof. Jerzy Kowalczyk w swej monografii o kolegiacie, można porównać tę świątynię z katedrą na Wawelu, która była miejscem koronacji królów, a później ich mauzoleum. W kolegiacie odbywały się jak gdyby „koronacje” ordynatów, którzy przed ołtarzem wobec infułata składali przysięgę na wierność statutom ordynacji. Tu zawsze witano ordynata po długiej nieobecności z racji podróży zagranicznych czy wypraw wojennych. Tu także sprawiano uroczyste pogrzeby zmarłym ordynatom, składając ich doczesne szczątki w podziemiach świątyni.
3 lipca 2002 r. odbył się z udziałem rzeszy wiernych, wojska, które oddało salwę honorową, pogrzeb ostatniego ordynata Jana Zamoyskiego. Zmarły, wielki syn Ojczyzny, odznaczony orderem „Orła Białego”, najwyższym polskim wyróżnieniem, godnie nosił nazwisko Zamoyskich, którzy zawsze w przeszłości dobro Ojczyzny przedkładali nad swe osobiste względy. Jako oficer brał udział w wojnie obronnej w 1939 r., podczas okupacji czynnie współpracował z państwem podziemnym, podczas wysiedleń Zamojszczyzny uratował z przejściowego obozu w Zwierzyńcu kilkaset polskich dzieci. Więziony przez władze PRL-u, po wyjściu na wolność, świadomy końca Ordynacji Zamojskiej i nowych czasów z trudem dał się przekonać, że jego doczesne szczątki po śmierci powinny być złożone w podziemiach świątyni obok wszystkich ordynatów. Telewizja polska, która nagrywała całą uroczystość pogrzebową, nie wyemitowała nawet migawki z tego pogrzebu. Widocznie według „poprawności politycznej” - wzory miłości Ojczyzny, bezinteresownej służby dla niej, prawości, nie są dziś Polakom potrzebne, liczy się tylko „europejskość”.
Styl czystego renesansu kolegiaty nie dotrwał do naszych czasów. W latach 1824-26 na rozkaz władz carskich komendant twierdzy gen. Jan Malletski dokonał przebudowy świątyni w duchu neoklasycyzmu, niszcząc jej wspaniały zewnętrzny kształt włoskiego renesansu. Celem przebudowy było zatarcie wszelkich pamiątek i śladów po Hetmanie i pozbawienie kolegiaty jej dawnego, historycznego znaczenia. Obniżono znacznie dachy świątyni, przebudowano i zniszczono bogaty fronton z herbami Zamoyskich i monogramem maryjnym. Skuto dłutami kamienne rzeźby na ścianach zewnętrznych, unikatowe w naszej architekturze. Przebudowa objęła całą zewnętrzną architekturę i szkodliwie naruszyła bogate wyposażenie kolegiaty, nie zmieniając jego stylu, do czego w dużej mierze przyczynili się Polacy pracujący przy przebudowie. Świątynia zwycięstwa wybudowana przez wielkiego Polaka i Wodza padła ofiarą zemsty zaborcy w czasach, gdy Polacy nie mieli swego państwa i wolności.
W latach 1989-90 wykonano prace rewaloryzacyjne frontonu świątyni. Przywrócono dawny jego wygląd wraz z herbami i monogramem maryjnym. Odkryto wtedy zagrożenie budynku kolegiaty. Boczne nawy przy frontonie oddzielały się od korpusu świątyni, tworząc powiększające się szerokie szczeliny. Był to efekt nieprzemyślanych działań władz carskich. Po obniżeniu frontonu i zdjęciu właściwego mu ciężaru została zachwiana równowaga sił ciążenia obejmująca proporcjonalnie cały budynek. Boczne nawy z czasem zaczęły się odchylać. Po wzmocnieniu fundamentów i odbudowie frontonu wykonano żelbetonowy ściąg spinający boczne nawy z korpusem świątyni. Prace te dały pozytywny rezultat - zagrożenie przestało istnieć.
Historycznym wydarzeniem dla kolegiaty była bulla papieża Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae populus - Cały Twój w Polsce naród z 25 marca 1992 r., na mocy której kolegiata w Zamościu została podniesiona do rangi katedry nowo utworzonej diecezji zamojsko-lubaczowskiej. Po 400 latach Ojciec Święty, Polak, zrealizował myśl i plan Hetmana, aby kolegiata była katedrą, a Zamość miał swojego biskupa.
Gdy podziwiamy kunszt i piękno wnętrza katedry w Zamościu, przychodzą nam na myśl słowa architekta Antonio Filaretesa: „My, chrześcijanie, budujemy kościoły wysokie, aby ci, którzy do nich wchodzą, czuli się podniesieni na duchu i żeby ich dusza mogła się wznieść do kontemplacji Boga”. „Świątynie są nie tylko ozdobą miast i ich chwałą, ale także utwierdzeniem i podporą. Czy może być coś wspanialszego od świątyni zamojskiej wyglądem, pięknością, gustem czy materiałem budowlanym?” (Słowa Adama Burskiego wypowiedziane w 1606 r., w 1. rocznicę śmierci Hetmana).
Katedra wraz ze Starówką zamojską znajduje się w rejestrze zabytków światowego dziedzictwa dóbr kultury UNESCO.