Pierwsze wzmianki o Haczowie datowane są na 1352 r., kiedy Kazimierz Wielki wydał przywilej lokacyjny. Kościół, który zbudowano pod koniec XIV w., ma konstrukcję zrębową, wykonany jest z drzewa modrzewiowego i jodłowego, bez użycia gwoździ.
Nawa główna i prezbiterium nakryte są wspólnym dachem z gontu. Również 25-metrowa wieża kryta jest gontem. Charakterystyczne dla tej świątyni są przylegające do jej ścian tzw. soboty, czyli szerokie i niskie podcienia, nadające jej malowniczy wygląd. Wnętrze kościoła zdobi polichromia figuralna z XV w.
Jak potwierdziły badania archeologiczne, kościół jest budowlą pierwotną, wzniesioną pod koniec XIV w. Istnieją zapiski potwierdzające istnienie w Haczowie parafii już w 1388 r. Po II wojnie światowej świątynia stała się własnością państwa, chciano ją rozebrać. Po odstąpieniu od tego zamiaru, kościół włączono do Muzeum Budownictwa Ludowego w Sanoku, a wyposażenie zostało przewiezione m.in. do skansenu w Sanoku. Dopiero w 1981 r. kościół został oddany miejscowej parafii rzymskokatolickiej, a 13 listopada 2000 r. przywrócono go ponownie do sprawowania w nim kultu.
W świątyni znajduje się 70-centymetrowa Pieta, której wiek oceniany jest na 500 lat. Od kilkuset lat wierni nieprzerwanie pielgrzymują do haczowskiej świątyni, przy której znajduje się sanktuarium Matki Bożej Bolesnej. 10 czerwca 1997 r. Ojciec Święty Jan Paweł II, podczas Mszy św. w Krośnie, dokonał koronacji tej figury.
5 lipca 2003 r. kościół wpisano na listę UNESCO, jako zabytek klasy zerowej, mający najwyższą, światową wartość artystyczną i architektoniczną. Stanowi on światowe dziedzictwo ludzkości.
Na Liście Światowego Dziedzictwa w Polsce znalazły się: Park Mużakowski, drewniane kościoły południowej Małopolski (Binarowa, Blizne, Dębno, Haczów, Lipnica Murowana, Sękowa), Kościoły Pokoju w Jaworze i Świdnicy, Kalwaria Zebrzydowska (zespół architektoniczno-krajobrazowy oraz park pielgrzymkowy), zamek krzyżacki w Malborku, średniowieczny zespół miejski Torunia, Puszcza Białowieska, Stare Miasto w Zamościu, zabytkowe centrum Warszawy, obóz koncentracyjny Auschwitz, zabytkowa Kopalnia Soli w Wieliczce i zabytkowe Centrum Krakowa.