Gdy bp Thomas Paprocki był proboszczem parafii św. Konstancji w Northwest Side, Błogosławiona Misja Trójcy Świętej korzystała z pomieszczeń parafialnych na spotkania modlitewne i inne wydarzenia. Obecnie, po przeprowadzeniu dochodzenia, bp Paprocki zabronił Misji korzystania z pomieszczeń katolickich, a kard. Francis George, abp Jerome Hanus (Dubuque), ks. bp Robert C. Morlino (Madison) oraz bp Thomas G. Doran (Rockford), zakazali tytułowania jej misją katolicką. Decyzje te, wszystkie ogłoszone we wrześniu, nadeszły razem ze skargami osób bliskich członkom organizacji, którzy twierdzą, że Misja spowodowała izolację członków rodzin i wzbudziła w nich przekonanie, że zostaną potępieni przez Boga, jeśli ją opuszczą.
„Przez lata nasłuchałem się historii wielu katolików, którzy pogłębili swoje życie duchowe jako członkowie tej grupy” - napisał kard. F. George w oświadczeniu z 22 września. „Słyszałem także historie tych, którzy twierdzili, że Misja stosuje środki represyjne wobec swoich członków, a jej nauczanie teologiczne jest niewystarczające czy nawet fałszywe”.
Kardynał przyznał, że nie mógł dojść do wniosku co do wartości tej grupy. Dlatego, kierując się „roztropnością pastoralną” uznał, że należy odwołać ks. Leonarda Kruzela, który został wyznaczony jako opiekun tej grupy i skierować go z powrotem do posługi w archidiecezji, jak również zakazać spotkań tej grupy i rozprowadzania ich publikacji w pomieszczeniach archidiecezjalnych.
Decyzja ta została ogłoszona po tym, jak matka i ojczym 19-letniej Ashley Fahey z McGregor (Iowa), zwrócili się do Księdza Kardynała i do opinii publicznej z prośbą o pomoc w porozumieniu się z Fahey, która oznajmiła, że pragnie zostać „siostrą” w tej grupie i opuściła dom dzień przed wstąpieniem do Loras College w Dubuque. Od tego dnia, tj. 21 sierpnia, jej matka Lora Knott widziała Fahey krótko tylko raz na farmie będącej w posiadaniu Misji i więcej nie mogła skontaktować się z córką. Wierzy, że Fahey jest w Chicago, prawdopodobnie w budynku LHTBM, 7011 W. Diversey Ave.
„Jeśli ją zobaczycie, powiedzcie jej, że ją kocham”, zaapelowała Pani Knott do dziennikarzy. Nikt w Misji nie odpowiada na telefony.
Bp Paprocki, który na prośbę kard. F. George’a koordynuje sprawdzanie organizacji, powiedział, że większość problemów wyszło na jaw po tym, jak grupa ta ogłosiła zamiar funkcjonowania jako zakon religijny. Wydaje się, że większość problemów powoduje działalność Misji we wschodniej części stanu Iowa.
Ksiądz Biskup dodał, że w Chicago Misja zdobyła członków przede wszystkim wśród Polaków i Amerykanów polskiego pochodzenia, których zachęcała do pogłębienia życia religijnego. Gdy Ksiądz Biskup pełnił funkcję proboszcza parafii św. Konstancji w latach 2001-2003, Misja zamieściła w gazetce ogłoszenie - zaproszenie na spotkania modlitewne. „Poza tym Misja była niewidoczna w szerszej wspólnocie parafialnej” - powiedział Ksiądz Biskup.
Zatem gdy w 2003 r. ks. Kruzel, wikary w parafii św. Linusa w Oak Lawn, zwrócił się do kard. F. George’a z prośbą o skierowanie go do posługiwaniu tej grupie w pełnym wymiarze godzin, Kardynał poprosił bp. Paprockiego, delegata archidiecezji do wspólnoty polskiej oraz wikariusza tego terenu, o zajęcie się tą sprawą. Ksiądz Biskup jest specjalistą prawa kanonicznego i cywilnego.
Ks. Kruzel zetknął się z grupą po raz pierwszy w parafii św. Konstancji, do której został przydzielony jako wikary w pierwszej połowie lat 90-tych. Chociaż później pełnił posługę duszpasterską w kilku innych parafiach, nadal pracował i posługiwał w Misji jako woluntariusz przez 12 lat.
Misja, którą prowadzi osoba świecka, p. Agnes Kyo McDonald, wzywa członków do głoszenia Ewangelii i dawania świadectwa „wobec całego ludu Bożego, ażeby pomóc ludowi Bożemu naśladować Jezusa Chrystusa i iść Drogą Krzyżową”.
Do roku 2004 kard. F. George zwolnił ks. Kruzela z jego obowiązków, aby mógł służyć Misji - nie został delegowany do Misji, jak twierdzą jej członkowie na swojej stronie internetowej.
„Jednak równocześnie w tym okresie kilku proboszczów przedstawiło Księdzu Kardynałowi swoje zatroskanie o teologię i metody tej grupy - powiedział bp Paprocki - a do wielu osób w diecezji chicagowskiej zaczęły docierać pogłoski o kłopotach z Misją w stanie Iowa. W tym okresie archidiecezja poprosiła dwóch teologów z Mundelein i specjalistę w prawie kanonicznym, by spotkali się z przedstawicielami organizacji i przejrzeli jej materiały, żeby upewnić się, że są zgodne z nauczaniem katolickim” - powiedział bp Paprocki.
„Wnioski nie były rozstrzygające, gdyż teolodzy nie otrzymali wszystkich potrzebnych materiałów” - powiedział bp Paprocki. Kanonista zalecił, by grupa nie przedstawiała się jako misja katolicka.
W marcu 2005 r. Ksiądz Kardynał spotkał się ponownie z ks. Kruzelem, który poprosił go, żeby dał Misji jeszcze jedną szansę na przedstawienie swoich materiałów.
Bp Paprocki spotkał się w następnym miesiącu z ks. Kruzelem, dwoma kapłanami z diecezji Dubuque (Iowa) i dziewięcioma świeckimi. Wtedy Ksiądz Biskup powiedział, że misji nie wystarcza uznanie jej za świecką organizację katolicką. „Zapytali mnie, jakie kroki należy podjąć, aby stać się zgromadzeniem religijnym” - dodał bp Paprocki.
Poprosił ich, by ponownie pracowali z kanonistą i poddali się ocenie teologicznej oraz by zebrali referencje od proboszczów parafii, w których działali.
„Otrzymaliśmy tylko jeden list od proboszcza, a nawet ten list nie był jednoznaczny - powiedział bp Paprocki. - Oświadczyli, że nie mogą dostarczyć teologom dokumentów w formie pisemnej, gdyż większość ich działalności była w formie ustnej”.
Równocześnie ze wschodniej części stanu Iowa dotarły informacje, że członkowie grupy kupili farmę i przekazali ją Misji jako darowiznę. Misja zaczęła budowę budynku mieszkalnego w Dubuque, by wpływy za wynajmowanie mieszkań wspomagało jej działalność.
Media w Iowa przekazały wiadomość od członków Misji, że urzędnicy watykańscy poinformowali o konieczności jej samodzielnego utrzymania się, jesli chce stać się zakonem.
Bp Paprocki wskazał, że to nie może stać się bez zgody lokalnego biskupa - a o taką zgodę nigdy oficjalnie nie wystąpili.
Gdy grupa nie dotrzymała wyznaczonego im terminu (30 czerwca), zwróciła się z prośbą o jego przedłużenie. Kard. F. George dał im czas do 31 sierpnia, lecz w tych dwóch miesiącach jedyną zmianą było nagłośnienie sprawy Faley i innych rodzin w Iowa.
Lora i Roger Knott przybyli do Chicago we wrześniu, udali się do centrali Misji i nacisnęli dzwonek przy wejściu. „Odpowiedział mężczyzna, który przedstawił się jako Jacek i podał mi jakieś materiały, nie przekazując żadnej informacji o córce” - powiedziała Lora Knott.