Prace remontowo-konserwacyjne w świątyni podjęte zostały z inicjatywy proboszcza ks. kan. Józefa Szczecińskiego w 2000 r. W kilku etapach wymieniono więźbę dachową i blachę na kościele i wieży, odbito zagrzybione tynki zewnętrzne i położono nowe, pomalowano zewnętrzne mury kościoła, wymieniono okna i wstawiono bezpieczne szyby oraz zamontowano drzwi antywłamaniowe i alarm. Ostatni etap prac, w którym przeprowadzono gruntowną renowację wnętrza kościoła, rozpoczął się w roku ubiegłym. Usunięto wówczas stare tynki, odgrzybiono wnętrze świątyni, wymieniono instalację elektryczną, wyremontowano zabytkową terakotę, położono tynki i pomalowano ściany.
W czasie odkuwania tynków wewnętrznych ekspertyzę architektoniczną świątyni przeprowadziła prof. Ewa Łużniecka z Politechniki Wrocławskiej, na prośbę Księdza Proboszcza. I chociaż początkowo nie było w planach dokładnych badań architektonicznych, jednak ostatecznie zostały przeprowadzone, po to, aby wyjaśnić dwa ważne problemy dotyczące przeszłości tego kościoła, co do których wielu badaczy miało zdania podzielone. Dziś już wiadomo, że bez wątpienia na miejscu obecnej świątyni był wcześniej gotycki kościół, o czym świadczy odkryty fragment murów, pochodzących z XV w. Ponadto badania potwierdziły przypuszczenie, że autorem cieksyńskiego kościoła jest słynny XVI-wieczny budowniczy Jan Baptysta z Wenecji.
Pięknie odrestaurowany kościół w Cieksynie ma być dziś wotum wdzięczność całej parafii za Papieża Jana Pawła II. Wielki wkład w realizację tego przedsięwzięcia miały konkretne osoby. I tak: Wincenty Mikulski i Marek Graczykowski z firmy „Vectra” wytynkowali nieodpłatnie bardzo duże partie wnętrza kościoła, Irena i Sylwester Bętlewscy pomagali w wybieraniu odpowiednich firm, a Danuta Krupińska troszczyła się o dobór kolorów, aby jak najlepiej podkreślały architekturę kościoła. Pieczę nad świątynią cieksyńską jako zabytkiem sprawuje konserwator Krzysztof Kaliściak.
„Kościół w Cieksynie to dziś jedna z najpiękniejszych świątyń w naszej diecezji - zauważył Biskup Stanisław w trakcie Mszy św., podczas której poświęcił owoc prac remontowo-konserwacyjnych. - Ten kościół - mówił dalej Ksiądz Biskup - symbol naszej kultury chrześcijańskiej i polskiej, znak wiary waszych przodków i waszej wiary, potrzebował renowacji. Ideę odnowienia kościoła podjął wasz ksiądz proboszcz ks. kan. Józef Szczeciński. Nie było to dzieło łatwe. Ale wszystko zaczyna się od jakiejś idei, myśli. Później przychodzą słowa zachęty, prośby, a później przychodzą czyny. Udało wam się zrealizować to piękne dzieło. We wszystkich dziedzinach życia ludzkiego: społecznego, politycznego, naukowego i gospodarczego na sukces składa się kilka elementów. Pierwszym zasadniczym elementem jest entuzjazm. Ale on sam nie wystarcza. Potrzebna jest bardzo ciężka, trwała praca. Potrzebny jest upór i metoda, żeby to wszystko było dobrze zaplanowane. W tym wypadku to wszystko się sprawdziło. Był entuzjazm ze strony księdza proboszcza i waszej strony i była ciężka praca i było poświęcenie i ofiara”.
Do uroczystości poświęcenia odrestaurowanego kościoła parafianie przygotowywali się poprzez sobotni dzień skupienia, który prowadził ks. Adam Łach, redaktor odpowiedzialny „Niedzieli Płockiej”.
Zwieńczeniem przygotowań do uroczystości z udziałem Biskupa Płockiego była wieczorna sesja naukowa, poświęcona zabytkowemu kościołowi. Pierwszy z referatów wygłosił ks. dr Waldemar Graczyk, który przybliżył historię parafii i świątyni na podstawie zachowanych akt z wizytacji biskupich. Kolejne przedłożenie przygotowała dr Jolanta Marszalska, która nakreśliła słuchaczom sylwetkę budowniczego cieksyńskiego kościoła - znakomitego włoskiego architekta Jana Baptysty z Wenecji. Ostatnia prelekcja, wygłoszona przez prof. Ewę Łużniecką, dotyczyła historii zmian architektonicznych dokonanych w cieksyńskim kościele. Wbrew opiniom, według których świątynia miała być dziełem jednego z uczniów włoskiego mistrza, Profesor stwierdziła na podstawie badań, że jej autorem był sam Jan Baptysta, zaś niektóre błędne rozwiązania powstały w wyniku późniejszych przeróbek.