Parafia Miłosierdzia Bożego została ustanowiona dekretem biskupa chełmińskiego Mariana Przykuckiego 1 maja 1990 r. Jej terytorium wydzielono z parafii św. Józefa, św. Antoniego oraz z parafii Matki Bożej Zwycięskiej. Proboszczem i budowniczym parafii został ks. Stanisław Majewski, piastujący ten urząd do dziś. Przedsięwzięcie budowy nowej świątyni musiało jednak zostać poprzedzone pracami porządkowymi, gdyż na terenie, na którym miał stanąć dom Boży, było wysypisko śmieci.
Już od pierwszych chwil istnienia parafii, wraz z odbywającymi się pracami, postępowała integracja i budowa najważniejszej części - Kościoła żywego. To dzięki temu już 8 grudnia 1990 r. bp Marian Przykucki poświęcił kaplicę, która przez następne lata pełniła rolę kościoła. Zgodę na budowę świątyni parafia otrzymała dopiero 13 lipca 1992 r., a 10 kwietnia 1994 r. podczas odpustu parafialnego bp Andrzej Suski poświęcił kamień węgielny. Wraz z rosnącymi murami, rosło też doświadczenie wspólnoty i odpowiedzialność mieszkańców za budowę świątyni. Pierwsza Msza św. została odprawiona o północy 24 grudnia 1997 r. przez bp. Jana Chrapka. Zaledwie rok później bp Andrzej Suski poświęcił ukończony dom parafialny, a mury kościoła wymagały już tylko zadaszenia. W następnym roku zakończono budowę wieży.
Niezwykle ważnym wydarzeniem dla całego Kościoła toruńskiego był 7 czerwca 1999 r., kiedy to na ziemi toruńskiej stanął Namiestnik Chrystusowy - Ukochany Ojciec Święty Jan Paweł II. Modlił się wówczas pod Drzewem Życia, uświęcając swoją obecnością ten niezwykły krzyż, który stoi w centrum naszej świątyni. W Roku Jubileuszowym 2000, 1 maja - na swoje 10. urodziny, parafia otrzymała wspaniały prezent i jednocześnie zadanie - drugie wezwanie: św. Faustyny Kowalskiej, której relikwie znajdują się w naszej świątyni. Od tego dnia nasza święta Patronka pozwala nam coraz bardziej wnikać w przepaść miłosierdzia Bożego, by wypraszać potrzebne łaski dla budowy świątyni i żywego Kościoła. Ostatnie lata parafii to przede wszystkim wyposażanie kościoła - kolejne witraże, organy, kamienny ołtarz i ambona oraz instalacja klimatyzacji w świątyni. Niezwykle ważnym momentem w życiu naszej wspólnoty było przyjęcie Obrazu Jezusa Miłosiernego i jego instalacja 15 września 2003 r. Obraz poświęcił Ojciec Święty Jan Paweł II w 10. rocznicę istnienia diecezji toruńskiej. Znamienne jest to, że obraz ten peregrynował po całej diecezji, stając się świadkiem wielu nawróceń i przemiany serca. Dziś, umieszczony nad tabernakulum, pomaga nam jeszcze bardziej zrozumieć ogrom Bożej miłości, przypieczętowanej na krzyżu, a zamkniętej w małym kawałku Chleba. Także tego dnia Biskup Toruński ogłosił dekret ustanawiający naszą świątynię Diecezjalnym Sanktuarium Miłosierdzia Bożego.
Momentem, na który wszyscy czekali przez lata, nie szczędząc trudu, poświęcenia, modlitwy i cierpienia, była konsekracja świątyni. Dokonał jej uroczyście 10 października 2004 r. biskup toruński Andrzej Suski w asyście księży biskupów: abp. Mariana Przykuckiego i bp. Józefa Szamockiego oraz licznie zebranych kapłanów archidiecezji gdańskiej. Zaszczytu namaszczenia ścian świątyni dostąpił także jej budowniczy i proboszcz - ks. prał. Stanisław Majewski.
Pomocna w dziele umacniania, zjednoczenia i uświęcania wspólnoty parafialnej jest działalność wielu grup, stowarzyszeń i ruchów istniejących przy naszej parafii m.in.: Akcji Katolickiej, Stowarzyszenia Rodzin Katolickich, Kościoła Domowego, Odnowy w Duchu Świętym, Ewangelizacyjnej Wspólnoty Młodzieżowej, Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży, Czcicieli Miłosierdzia Bożego, Żywego Różańca, Szkoły Modlitwy, scholi - grupy dziecięcej „Promyczki”, ministrantów i lektorów.
W tych grupach bez wątpienia dokonuje się formacja zmierzająca do coraz większej odpowiedzialności za Kościół. Istnieje też jednak wiele grup, które są już żywym owocem odpowiedzialności za człowieka. Do nich zaliczyć należy przede wszystkim Ognisko Wychowawcze, w którym przebywają dzieci potrzebujące pomocy materialnej, dydaktycznej czy duchowej. Najbardziej potrzebującym pomaga też parafialna „Caritas”, która obejmuje swoją miłością wszystkich najuboższych. Dojrzała część parafii skupiona jest wokół Klubu Seniora, a najmłodsi aktywiści spełniają się w Szkolnym Kole „Caritas”, które jako pierwsze powstało na terenie naszej diecezji. Cieszy nas też tworzące się hospicjum parafialne, które dzięki życzliwości ludzi będzie mogło zapewnić godziwą opiekę chorym i najstarszym parafianom.
Mamy jednak świadomość ogromu potrzeb, którym jako parafia Miłosierdzia Bożego musimy wychodzić naprzeciw, i tego, że nędza materialna czy cierpienie to nie jedyne płaszczyzny ludzkiej ułomności. Najważniejsze jest przecież serce i dusza. Dlatego z myślą o chorych na duchu, w każdą ostatnią sobotę miesiąca o godz. 9.30, odprawiana jest Msza św. z modlitwą o uzdrowienie. Gościem każdej Mszy św. jest osoba egzorcysty diecezjalnego - ks. Józefa Kiełpińskiego. Przy parafii działają także: Klub Anonimowych Alkoholików, Poradnia Psychologiczna oraz Poradnia dla osób uzależnionych.
Radością ostatnich miesięcy jest też obecność w naszej wspólnocie ks. prał. Jana Perszona - dziekana Wydziału Teologicznego UMK, który zajmuje się duszpasterstwem studentów. Dla nich też w każdą niedzielę o godz. 20.00 przeznaczona jest Eucharystia z nauką. Swoją pomoc duszpasterską okazuje ks. dr Józef Dębiński, kapłan diecezji włocławskiej, pracownik naukowy Wydziału Teologicznego UMK.
Ciesząc się pięknem naszego kościoła oraz wzrostem żywej jego części, nie zapominamy jednak, że źródłem wszelkiego dobra i miłosierdzia jest sam Bóg. Dlatego Jemu polecamy wszystkie nasze sprawy i czcimy Jego Miłosierdzie w każdy piątek, sprawując o godz. 15.00 Mszę św. o Miłosierdziu Bożym wraz z Koronką do Bożego Miłosierdzia. Także w tym czasie, aż do godz. 17.00 pełnimy dyżur w konfesjonałach, sprawując sakrament pokuty i pojednania. Szczególnie wzniosłe są uroczystości w święto Miłosierdzia Bożego, które gromadzą wiernych z całej diecezji.
Wierzymy, że Boże błogosławieństwo oraz wstawiennictwo św. Siostry Faustyny pomoże nam we wspólnym uświęcaniu.

Więcej informacji o Diecezjalnym Sanktuarium Miłosierdzia Bożego na stronie internetowej: www.milosierdzie.org.