W rozmowie z tygodnikiem „Famille chrétienne” przeor generalny braci Wspólnoty, br. François-Xavier Cazali wyjaśnił, że ma to związek z potwierdzonymi zarzutami wobec założyciela o nadużycia seksualne wobec licznych kobiet zarówno należących, jak i nienależących do Wspólnoty. W większości przypadków czyny te poprzedzone były „nadużyciami władzy i sumienia”. Zidentyfikowano 15 ofiar, ale „z pewnością jest ich znacznie więcej”. Tylko jedna z nich zabrała publicznie głos, pozostałe wolą pozostać anonimowe.

Przeor przyznał, że ujawnienie tych faktów było bardzo bolesne dla wszystkich - do tego stopnia, że jego poprzednik br. Thomas Joachim, który o nich poinformował, został podany do sądu za zniesławienie, jednak został uniewinniony, gdyż powiedział prawdę.

Okazało się ponadto, po przeszukaniu archiwów, że w 1957 r. o. Philippe, wówczas dominikanin, został przez Stolicę Apostolską uznany „wspólnikiem” nadużyć swego rodzonego brata, o. Thomasa Philippe’a (współzałożyciela, wraz z Jeanem Vanierem, wspólnot Arki) i przez dwa lata nie mógł spowiadać, być kierownikiem duchowym sióstr zakonnych, mieszkać i głosić kazań w klasztorach oraz prowadzić wykładów z duchowości. Ponieważ nie wiadomo dokładnie na czym miało polegać owo „wspólnictwo”, kapituła powołała interdyscyplinarną komisję do zbadania tej sprawy od strony historycznej, psychologicznej i teologicznej.

Na pytanie, jak to możliwe, że osobie, na której ciążyły tego typu zarzuty i sankcje pozwolono założyć nową wspólnotę zakonną, br. François-Xavier stwierdził, że również ta sprawa wymaga zbadania, gdyż nie wiadomo kto spośród kościelnych przełożonych o tym decydujących miał wiedzę na temat przeszłości o. Philippe’a.

Jednocześnie przeor generalny przestrzegł, by idealizacji założyciela, którego nauczanie było dotychczas dominujące w formacji członków Wspólnoty, nie zastąpiła jego diabolizacja czy „wpisanie na indeks”. Konieczne jest „rozeznanie” tego, co w tym nauczaniu jest dobre, a co złe. Na razie kapituła zdecydowała, że o. Philippe nie będzie już autorytetem, na który powoływano by się w formacji, a „Wspólnota nie będzie już wyrażała swego charyzmatu przez odwoływanie się do o. Philippe’a jako normy”.

Brat Cazali zadał jednocześnie pytanie, „jak człowiek, który ewidentnie kochał Jezusa i potrafił Go głosić w tak zachwycający sposób, mógł dopuścić się takich czynów”. Dotyczy to również innych braci, którzy są winni takich samych nadużyć i na drodze pokuty zrozumieli, „jak bardzo ich świadomość dobra i zła była zaciemniona - do tego stopnia, że nigdy nie spowiadali się z tych czynów”, gdyż nie były to dla nich grzechy.

Pytany, dlaczego abp Carballo wezwał Wspólnotę do tego, by formacja w niej nie była oparta wyłącznie ani głównie na filozofii, przeor przyznał, że „życie zakonne nie jest oparte na filozofii, bo to nie filozofia zbawia”, lecz „spotkanie z Chrystusem”. Zapowiedział wyciągnięcie z tego wniosków dla struktury formacji we Wspólnocie. Zrewidowane mają zostać jej reguła i prawo wewnętrzne. Jednak „intuicja o. Philippe’a, by odnowić lekturę św. Tomasza z Akwinu za pomocą żywej filozofii wydaje się nadal dobra” i „w tym kontekście to nie filozofia jest pierwsza, lecz myśl św. Tomasza, mająca na względzie rozumienie wiary”.

Dominikanin, o. Marie-Dominique Philippe (1912-2006) był w latach 1945-1982 profesorem filozofii na Uniwersytecie Katolickim we Fryburgu w Szwajcarii. Skupiła się wokół niego grupa studentów pragnących jedności między nauczanymi prawdami i osobistym życiem nauczającego. 8 grudnia 1975 r. w cysterskim opactwie Lérins we Francji, w trakcie głoszonych przez niego rekolekcji, zawiązała się wspólnota braci. Reguła wspólnoty, której patronowała francuska mistyczka Marta Robin, została oparta na Ewangelii św. Jana.

O. Philippe był cenionym rekolekcjonistą dla księży i osób konsekrowanych. W domu Marty Robin przez 17 lat prowadził także rekolekcje dla członków powołanych przez nią Ognisk Miłości. W 1981 r. Wspólnota św. Jana osiadła w Burgundii. Po roku powstało zgromadzenie sióstr kontemplacyjnych, dwa lata później zgromadzenie sióstr apostolskich. Wspólnota szybko rozwinęła się i wykroczyła poza granice Francji, osiągając w 2005 r. liczbę 930 braci i sióstr oraz 3 tys. oblatów - świeckich, którzy przyrzekają żyć zgodnie z radami ewangelicznymi: ubóstwem, czystością i posłuszeństwem na tyle, na ile stan i obowiązki im pozwolą.

Cechą charakterystyczną Wspólnoty jest poszukiwanie prawdy poprzez studiowanie filozofii i teologii. Szczególne miejsce zajmują tu myśl św. Tomasza z Akwinu i metafizyka. Wspólnota nie ma ukierunkowanego charyzmatu apostolskiego - pragnie służyć Kościołowi modlitwą i poszukiwaniem prawdy, a dzieła apostolskie podejmuje w zależności od lokalnych potrzeb.