Ksiądz Emil Schmeja urodził się 5 października 1825 r. w Rusinowicach na Śląsku jako syn Jana, nauczyciela i organisty, oraz Ludwiki z domu Fremder. Był uczniem gimnazjum toruńskiego, gdzie w roku 1849 zdał maturę. Później przez dwa lata studiował prawo i teologię we Wrocławiu, skąd przeniósł się do Pelplina, gdzie w 1854 r. uzyskał święcenia kapłańskie w tamtejszym Seminarium Duchownym. Krótki czas był kapelanem Zakładu Sióstr Miłosierdzia w Chełmnie. W 1857 r. został wikariuszem w Człuchowie, rok później proboszczem w Klocówce pod Stargardem Gdańskim, gdzie przebywał 12 lat.
28 stycznia 1870 r. na własną prośbę otrzymał nominację diecezji chełmińskiej na proboszcza kościoła farnego św. Jana w Toruniu. Społeczność parafialna, głównie narodowości polskiej, przyjęła go z rezerwą jako zniemczonego Ślązaka. W rozpoczętym wkrótce okresie nasilonej germanizacji i walki rządu pruskiego, kanclerza Bismarcka z Kościołem katolickim (Kulturkampf) okazał się jednak kapłanem oddanym potrzebom religijnym i narodowym miejscowych Polaków. Toteż w roku 1872, po wprowadzeniu nowej ustawy o nadzorze szkolnym, został pozbawiony prawa do inspekcji toruńskich szkół elementarnych. W roku 1878 został członkiem polskiego Towarzystwa Naukowego w Toruniu i był nim aż do śmierci. Opiekował się istniejącym przy kościele Towarzystwem Śpiewu im. św. Cecylii. Z jego też inicjatywy w roku 1887 główny ołtarz kościoła otrzymał obraz ochronny toruńskiego malarza Juliana Wałdowskiego, przedstawiający patronkę śpiewu. W 1886 r. założył w Toruniu Dom Zakonny Sióstr Elżbietanek.
Wychodząc z założenia, że prawidłowe przygotowanie dzieci do sakramentu pokuty i I Komunii św. wymaga nauki w języku ojczystym, nie aprobował germanizacyjnych wysiłków niemieckiego rządu. Z tego powodu był podejrzewany przez policję o zachęcanie parafian do czytania polskich książek i gazet, a zwłaszcza do uczenia dzieci języka polskiego. Jesienią 1892 r. ks. Schmeja założył w Toruniu bezpłatną szkółkę parafialną z polskim językiem nauczania. Mieściła się ona w domu parafialnym przy ul. Kopernika 4 (dziś nr 6). Mogły do niej uczęszczać wszystkie polskie dzieci przygotowujące się do przyjęcia sakramentów świętych. Istnienie tej szkółki ks. Emil Schmeja oparł na niepodważalnym wówczas prawie duchownych uznanych wyznań do organizowania kościelnej nauki religii. Został tam również zorganizowany polski chór dziecięcy.
W maju 1904 r. obchodzony był złoty jubileusz kapłaństwa ks. Emila Schmei. W związku z tym biskup chełmiński Augustyn Rosentreter przyznał mu honorowy tytuł radcy duchownego. W 1906 r. wybuchł w Toruniu i okolicy strajk dzieci polskich przeciw przymusowi nauki religii z wprowadzonych przez państwo niemieckie katechizmów. Wtedy ks. Szmeja wystąpił osobiście przeciw tej metodzie bezwzględnej germanizacji. 27 listopada 1907 r. zakończył życie. Został pochowany w podziemiach swego kościoła. Na progu prezbiterium upamiętnia go skromna marmurowa tablica z tekstem w języku łacińskim. Jego szkółka polska przetrwała w Toruniu do chwili przejęcia miasta przez Polskę w 1920 r.