Podczas II wojny światowej Jasna Góra jako duchowa stolica Polski odgrywała szczególną rolę w budzeniu i podtrzymywaniu wiary w odzyskanie wolności. Ten duch odnalazł swoje odzwierciedlenie m.in. w kaznodziejstwie tego czasu i w osobistych postawach paulinów takich jak np. o. Polikarpa Sawickiego, AK-owca o kryptonimie Mieczysław Euzebiusz Cielibała, łącznika sztabu generalnego AK.

Jak podaje Polski Słownik Biograficzny, o. Polikarp wygłaszał śmiałe kazania patriotyczne pod osłoną aluzji biblijnych, czym zyskał w Częstochowie miano «proroka naszych czasów». Wbrew zarządzeniu częstochowskiego ordynariusza Teodora Kubiny, nie zaprzestał wymieniania w wezwaniach litanijnych Królowej Korony Polskiej. W gronie najbardziej zaufanych członków Sodalicji Mariańskiej organizował w rocznice ślubowań akademickich z r. 1936 ogólnopolskie pielgrzymki studentów, w których brali udział delegaci z Generalnej Guberni (m.in. Karol Wojtyła), a także z terenów anektowanych do Rzeszy. Organizował także pomoc Żydom, którym załatwiał w mieście schronienie, wystawiał fikcyjne metryki. Był m.in. współpracownikiem konspiracyjnego dwutygodnika „Alarm”.

Do cichych bohaterów, którzy za wiarę w odrodzenie Polski zapłacili cenę męczeńskiej śmierci należy o. Jan Kłaczyński, wielunianin, który w zakonie przybrał imię Romuald. Uroczystą profesję złożył na Jasnej Górze 28 sierpnia 1933 r. W archiwach zakonnych zachował się obrazek prymicyjny z mottem psalmu 115: Cóż oddam Panu za wszystko co mi uczynił?”.

Jego rodzinne miasto Wieluń jako pierwsze doznało tragedii wojennej. Wczesnym rankiem 1 września na miasto posypały się bomby, które zabiły około 1200 osób, zniszczyły 70% domów mieszkalnych, a także starą kolegiatę.

21 kwietnia 1940 roku o. Romuald poprowadził w Kaplicy Matki Bożej nabożeństwo różańcowe, a po nim, jak pisze historyk Zakonu o. Janusz Zbudniewek „najwyraźniej bez przygotowania, niemniej od serca mówił o Matce Bożej i radości wiosny, która powstaje z zimowego uśpienia i wiedzie do pełni lata i czasu zbierania owoców. Pod koniec kazania przekonywał, że podobnie stanie się z Polską, która budzi się z przymusowego uśpienia, zakwitnie jednak jak kwiat róży i my ją będziemy wtedy budowali od nowa - potężną, piękną i wspaniałą”.

Kaznodzieja otrzymał wezwanie do natychmiastowego stawienia się w komendzie policji. Po krótkim śledztwie i żądaniu odwołania treści kazania, czego nie spełnił, został wypuszczony. 23 kwietnia stawił się ponownie w komendzie, skąd już do klasztoru nie wrócił. Przewieziono go do miejskiego więzienia na Zawodzie z notatką dalszego śledztwa za wrogość względem narodu niemieckiego. Przebywał w nim w habicie zakonnym, nękany ciągłym śledztwem. Mimo zabiegów władz zakonnych o uwolnienie współbrata, nie udało się go uratować.

Jak podaje o. Zbudniewek z relacji świadków i notatek ojców wynikało, że częstochowska partyzantka także podjęła próbę wyrwania go ze szpitala, do którego trafił, ale o. Romuald kategorycznie odmówił ucieczki z obawy szykan wobec jasnogórskiego klasztoru. Gdy gestapowcy przyszli po niego do szpitala, zdążył tylko zabrać brewiarz kapłański i pożegnać się z chorymi.

6 sierpnia wywieziono go najpierw do obóz w Sachsenhausen-Oranienburg a następnie Dachau. Osadzono go w bloku 30/2 i nadano mu numer 22778. Mimo szykan nie odwołał słów o odzyskaniu suwerenności Polski.

Jak podaje o. Zbudniewek, jeżeli chodzi o okoliczności śmierci o. Romualda najprawdopodobniej zmarł w wyniku śmiertelnej dawki zastrzyku. Jest to zgodne z depeszą Zarządu Obozu w Dachau, jaką przesłał matce, że „23 kwietnia 1942 r. o godz. 9.00 zmarł ksiądz katolicki Jan Kłaczyński mieszkaniec klasztoru jasnogórskiego”. Gdy 5 maja matka o. Romualda skierowała pismo do Krematorium w Dachau o sprowadzenie prochów, poinformowano ją, że ciało Kłaczyńskiego spalono 27 kwietnia w Krematorium i nie mogą być pochowane w innym miejscu niż w Dachau. Przysłano jej jedynie dwa brewiarze i różaniec.

Na Jasnej Górze znajduje się też drewniana monstrancja wykonana przez więźniów w Dachau oraz kielichy mszalne. Tych paramentów używał m.in męczennik obozu - bł. bp Michał Kozal, który na Jasną Górę pielgrzymował 9 VIII 1939 r.

Dziś, 29 kwietnia, Kościół katolicki w Polsce obchodzi Dzień Męczeństwa Duchowieństwa Polskiego. W czasie II wojny światowej z rąk okupantów – niemieckiego i sowieckiego, zginęło ok. trzy tysiące polskich duchownych, co stanowiło 20 proc. przedwojennego duchowieństwa. Ponad połowa z duchownych diecezjalnych i zakonnych poddana została represjom.

29 kwietnia przypada rocznica – w tym roku 75. – wyzwolenia niemieckiego obozu koncentracyjnego Dachau. Od 2002 data ta jest dla Kościoła w naszym kraju Dniem Męczeństwa Duchowieństwa Polskiego.