Parafia w Sędziejowicach erygowana została w końcu XIII wieku, jednak pierwszy kościół wspomniany jest dopiero w dokumentach z XV w. jako już istniejący. Najprawdopodobniej obecny kościół jest czwartym z kolei, dwa pierwsze przetrwały ok. 500 lat, trzeci, drewniany - spłonął 13 lipca 1984 r. Fundatorem pierwszego kościoła był duchowny lub świecki, noszący imię Klemens, gdyż ówczesnym zwyczajem od niego kościół przyjmował wezwanie. Pierwsze dane o parafii i kościele w Sędziejowicach z XVII wieku zawarte są w księdze chrztów, prowadzonej przez miejscowych proboszczów. Pierwszą taką księgę założył w 1622 r. ówczesny ksiądz proboszcz Aleksander Modest Popiel. W latach 1710-1737 proboszczem parafii był ks. Józef Dumfalski. Z tego okresu pochodzą dwa protokoły mówiące, że kościół ówczesny mieścił się kilkadziesiąt metrów na północ od dzisiejszego, a cmentarz w tych latach sięgał daleko w kierunku obecnej plebanii oraz gospodarstw leżących na południe od kościoła. W okresie do 1808 r. na cmentarzu przy kościele spoczęło ponad 3000 zmarłych. W Księstwie Warszawskim (1807-1815) ze względów sanitarnych rozdzielono cmentarze kościelne od grzebalnych. Tak więc od 1808 r. pogrzeby w Sędziejowicach odbywały się już na nowym cmentarzu przy szosie Łask-Widawa. Na przełomie XVIII/XIX w. proboszczem parafii był ks. Józef Sałaciński. Za jego administrowania dnia 10 maja 1798 r. sporządzono ważny dokument o budowie i wyposażeniu nowego kościoła. Tak więc w roku 1779, dzięki staraniom arcybiskupa gnieźnieńskiego, Prymasa Polski - Antoniego Kazimierza Ostrowskiego, którego materialnie wspierali parafianie oraz rody szlacheckie herbu Nałęcz i Szembek, wystawiono nowy drewniany kościół pw. św. Marii Magdaleny i św. Klemensa. Kościół ten należał do II klasy zabytków w Polsce. W czasie powstania listopadowego 1830-1831 r. i styczniowego 1863 r. administrował parafią ks. E. Skarzyński. W czasie jego pobytu w parafii, na cmentarzu dnia 26 sierpnia 1863 r. rozegrała się bitwa z Kozakami. Do dziś znajduje się na cmentarzu pomnik upamiętniający to wydarzenie. Za kadencji ks. M. Karwacińskiego w roku 1876 zbudowano frontowy parkan wraz z bramą przy kościele. W roku 1877 kościół odmalowano wewnątrz i z zewnątrz. W roku 1914 - gdy wybuchła I wojna światowa - na stanowisku proboszcza w Sędziejowicach był ks. Leon Roman Ościk. Prowadził on parafię w latach 1912-1925. Za jego administrowania kościół został oszalowany deskami z zewnątrz, a w 1923 r. wewnątrz odmalowany. Dokonano także reperacji parkanu cmentarza grzebalnego. W roku 1925 obsadzono drzewami lipowymi, które rosną tu do dziś, drogę od szosy Łask-Widawa do kościoła. W latach II wojny światowej zniszczona została drewniana dzwonnica przy kościele. Niemcy wykradli zabytkową monstrancję, szaty liturgiczne, a kościół przeznaczyli na magazyn. Sędziejowicki cmentarz i kancelaria były przeznaczone tylko dla Niemców.
Po wojnie w latach 1945-1947 stanowisko proboszcza pełnił ks. J. Polak, a w roku 1948 na jego miejsce przybył ks. Józef Matusiak. Za jego kadencji w roku 1954 kościół zelektryfikowano. Następcą ks. Matusiaka został w 1965 r. ks. S. Wieteska. W ciągu dwóch lat wykonano m.in. betonowe legary pod podłogę kościoła, przeprowadzono gruntowny remont organów, odnowiono główny ołtarz, oczyszczono polichromię w kościele. W roku 1975 administratorem parafii zostaje ks. Józef Królikowski. Za jego kadencji, w latach 1979-1982, na cmentarzu wybudowano murowaną kaplicę. Ksiądz ten wraz z parafianami przeżył tragiczną noc 13 lipca 1984 r., kiedy to od uderzenia pioruna całkowicie spłonął wraz z wyposażeniem drewniany kościół z 1799 r. Dzięki staraniom ks. Królikowskiego, ogromnej pracy i ofiarności parafian, wzniesiono nową murowaną świątynię w rekordowo szybkim czasie (1975-1998). Wokół nowego kościoła postawiono metalowy parkan.
Od 23 sierpnia 1998 r. administratorem parafii jest ks. Grzegorz Kaźmierczak. W ciągu niespełna jednego roku zostały wykonane 2 boczne drewniane ołtarze, założono centralne ogrzewanie w kościele, odmalowano wnętrze świątyni. Główny ołtarz dębowy wykonał mistrz stolarstwa Marek Wesoły z Sędziejowic, zaś rzeźby lipowe - Maciej Koliński z Hipolitowa.