Kaplica Krzyża - cylindryczna kaplica północno-wschodnia została wzniesiona prawdopodobnie w pierwszej połowie XVII wieku na pozostałościach czworokątnego założenia, być może nieukończonego nigdy transeptu. Wykonane podczas renowacji odkrywki wykazały, że mur gotycki, ukryty w nowożytnym wątku, sięga do okien kaplicy.
Najwcześniejsze przedstawienie kaplicy Krzyża znajdujemy na XVII-wiecznym obrazie alegorycznym (Opieka Boska nad Paradyżem), wiszącym nad kaplicą Matki Bożej Paradyskiej znajdującą się po przeciwległej stronie ambitu. Budowla miała inną od współczesnej artykulację otworów okiennych - po dwa, jeden nad drugim, oraz inny hełm. Na XVIII-wiecznych rysunkach F. B. Wernhera są widoczne po południowej i wschodniej stronie dwa okna, a hełm dachu ma latarnię. Gdy w XVIII wieku wzniesiono cylindryczną kaplicę północno-zachodnią (obecnie św. Wojciecha) otwartą na przęsło przy chórze, upodobniono do niej kaplicę św. Krzyża, nakładając nowy hełm zwieńczony wazonem i dekorując elewację lizenami. Zapewne wtedy zastąpiono dwa okna na każdej osi oknami pojedynczymi. Zastanawiająco archaicznie wygląda sklepienie żebrowe tej rotundy.
XVII-wieczny wystrój kaplicy jest nieznany. Z tego czasu pochodzi bardzo gładki, doskonale wyprawiony, jasnokremowy tynk wapienny. Nie udało się znaleźć śladów dekoracji z tego okresu. Natomiast niezwykle interesująca dekoracja malarska pochodzi z pierwszej połowy XVIII wieku. Dekoracja barokowa jest związana z wezwaniem kaplicy i przedstawia archanioły i anioły z Arma Christi oraz Ostatnią Wieczerzę i Modlitwę w Ogrójcu. Najwyższej klasy barokowe freski wykonano na szarym narzucie z dużą ilością węgla drzewnego.
W XIX wieku pełnoplastyczny lub malowany „a quadratura” ołtarz barokowy, z którego zapewne pochodzi drewniany krucyfiks, zastąpiono klasycystycznym ołtarzem stiukowym, a barokowe malowidła zatynkowano. Odkryto je i odrestaurowano na miarę ówczesnych możliwości w latach 1965-70. Obecnie zdecydowano się na całkowite usunięcie XX-wiecznych retuszy i szeroko założonych kitów oraz na wykonanie bardzo pracochłonnych prac związanych z wydobyciem najmniejszych drobin XVIII-wiecznej dekoracji i wykonanie na nowo punktowań i rekonstrukcji.
Pod kaplicą Krzyża znajduje się krypta grobowa, zaś powyżej łuku wejściowego do kaplicy duży obraz nieznanego autora z widokiem klasztoru w Citeaux (Burgundia), czyli opactwa macierzystego cystersów. Klasztor ten był centrum administracyjnym cystersów i stąd rozpoczęła się ich ekspansja na teren całej Europy.
Po przeciwległej stronie nawy północnej znajduje się kaplica zwana kaplicą św. Wojciecha. Ufundował ją Józef Górczyński, który w latach 1722-42 był opatem paradyskim. Kaplicę projektował Karol Marcin Frantz Młodszy. Została ona wybudowana jako ostania z trzech cylindrycznych kaplic flankujących narożniki kościoła. Nie jest znane jej pierwotne wezwanie ani funkcja. W trakcie badań odkryto XVIII-wieczną kolorystykę i dekorację sklepienia kaplicy: różowa kopuła została podzielona prostymi białymi pasami sztukateriami na osiem pól i lunetę. Poniżej gzymsu natrafiono na resztki różowej dekoracji ścian.
Na znak protestu przeciwko kasacie zakonu w 1834 r. cystersi przemianowali kaplicę na kaplicę Grobu Pańskiego, zaciemnili okna, a ściany pokryli ciemną marmoryzacją imitującą jerozolimską grotę Grobu Pańskiego. Resztki tej dekoracji odkryto w trakcie prac badawczych zarówno na sklepieniu, jak i na ścianach.
W trakcie renowacji kościoła w latach 1965-70 kaplica otrzymała nowego patrona - św. Wojciecha - i nową dekorację. Okna zostały odkute, a strop ozdobiono neobarokową polichromią z postaciami polskich świętych: Jacka, Stanisława Kostki, Wincentego Kadłubka, Stanisława Biskupa, Jana Kantego, Kazimierza Królewicza, Andrzeja Boboli i Jadwigi Śląskiej. Te malowidła już nie istnieją.
Obecnie odkrycie fragmentów pierwotnej dekoracji malarskiej kaplicy rzuciło nowe światło na historię tej części kościoła i pozwoliło na zmianę założeń konserwatorskich, otwierając możliwość wykonania w przyszłości konserwacji i restauracji polichromii i sztukaterii sklepienia oraz wiarygodnej rekonstrukcji dekoracji ścian kaplicy.
W posadzce kaplicy znajduje się płyta epitafijna ks. Michała Witowskiego, zamordowanego w Paradyżu 1 lutego 1945 r. Wejście do kaplicy zamyka kuta ręcznie klasycystyczna krata z końca XVIII wieku, oryginalnie pomalowana na czarno z bardzo precyzyjnymi złoconymi aplikacjami. Stanowi uzupełnienie do czarnych okien i zacheuszków w nawach bocznych kościoła.
Pod kaplicą św. Wojciecha znajduje się krypta grobowa (podobnie jak pod kaplicą Krzyża). Drzwi do krypty są usytuowane tuż przed kaplicą, a na nich jest umieszczona miedziana płyta z herbem fundatora - Józefa Górczyńskiego.
W tej chwili w kaplicy św. Wojciecha stoi też drewniana, renesansowa chrzcielnica w kształcie ośmiobocznego kielicha, przebudowana w XVIII wieku w duchu baroku. Charakterystyczna dla niej jest biało-niebieska marmoryzacja oraz srebrzenia laserowane intensywną zielenią i czerwienią. Pochodzi ona zapewne z kościoła filialnego w Wysokiej.