Przez 11 lat, kiedy był rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Sandomierzu, kościół seminaryjny pw. św. Michała Archanioła był kościołem Biskupa Mariana. Dlatego w nim rozpoczęły się pogrzebowe uroczystości, którymi Diecezja żegnała zmarłego Biskupa: po wyprowadzeniu ciała z kaplicy oczekiwania przy kościele Podwyższenia Krzyża Świętego w Sandomierzu19 listopada 2008 r. trumna została przewieziona w kondukcie prowadzonym przez policję i straż pożarną do kościoła seminaryjnego. Koronką do Bożego Miłosierdzia i Nieszporami żałobnymi, którym przewodniczył bp Jan Wieczorek z Gliwic, rozpoczęto dwudniową modlitwę pogrzebowych uroczystości. Po niej miała miejsce Msza św. koncelebrowana przez ponad 140 kapłanów, 5 biskupów pod przewodnictwem biskupa seniora Edwarda Materskiego z Radomia.
„Drogi nasz Księże Biskupie Marianie - rozbrzmiewały pośród modlitwy słowa Biskupa Ordynariusza - wiele jest tajemnic Twojego serca. Niektóre tylko znamy. Ale tę jedną odkryłeś, pokazałeś ją wobec całego pokolenia, które Bóg Ci zawierzył: że trzeba żyć nadzieją. Nie byle jaką, ale tą jedyną, Chrystusową, daną nam od Ojca w Duchu Świętym. Trzeba żyć nadzieją jak Maryja, jak święci, jak słudzy Boży i Ty, Biskupie Marianie, uczyłeś tej nadziei swoim słowem, posługą i codziennym uśmiechem. Przyjmij dziś, Księże Biskupie, nasze proste słowa uznania, podziwu, przeproszenia za chwile nieporozumień, ale nade wszystko dziękujemy Bogu za Ciebie i Tobie za Bożą nadzieję”. Podczas homilii przytoczone zostały także słowa biskupa seniora Wacława Świerzawskiego: „Biskup Marian pozostanie w naszej pamięci jako wzór dobrego pasterza, całkowicie oddanego Chrystusowi i Jego Najświętszej Matce, swej umiłowanej Patronce”.
W zakończeniu Mszy św. za zmarłego Biskupa Mariana odczytane zostały niektóre spośród wielu telegramów i listów kondolencyjnych od arcybiskupów, biskupów, instytucji kościelnych i osób świeckich, m.in. od nuncjusza abp. Józefa Kowalczyka, abp. Józefa Michalika - przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski, a po nich nastąpiły przemówienia pożegnalne w imieniu różnych środowisk i instytucji. Słowami wdzięczności i modlitwy żegnali Biskupa Mariana: ks. Jan Biedroń - rektor Seminarium Duchownego, Marek Juszczyk w imieniu Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego, Marek Konarski w imieniu chóru katedralnego, dyr. Barbara Tęgiewicz w imieniu I LO Collegium Gostomianum w Sandomierzu, dyr. Ewa Sęk z Katolickiego Domu Kultury „Arka” w Racławicach oraz Zofia Wójcik reprezentująca uczniów, wychowanków i przyjaciół Biskupa Mariana. Uroczystości uświetniły swoim śpiewem chóry katedralny i klerycki.
Natomiast w czwartek 20 listopada miały miejsce główne uroczystości pogrzebu zmarłego Biskupa Mariana, które rozpoczęły się modlitwą poranną w kościele seminaryjnym, a po nich Jutrzni za zmarłych przewodniczył bp Edward Frankowski. Trumnę z ciałem Księdza Biskupa przeniesiono w kondukcie żałobnym, prowadzonym przez biskupa ordynariusza Andrzeja Dzięgę do katedry, gdzie o godzinie 10.30 Mszy św. pogrzebowej przewodniczył metropolita lubelski abp Józef Życiński. Po Mszy św. ciało zmarłego bp. Zimałka spoczęło w podziemiach katedry, w krypcie biskupów.