Urodził się 6 grudnia 1937 roku we wsi Młynki w powiecie wieluńskim w województwie łódzkim w rodzinie Szczepana i Anastazji z domu Kiedos. W okresie okupacji niemieckiej mieszkał u dziadków ponieważ rodzice zostali wywiezieni na roboty przymusowe. Po zakończeniu działań wojennych uczęszczał do Szkoły Podstawowej w Kabałach, a potem w Załęczu Małym. W 1952 rozpoczął naukę w zakresie szkoły średniej w Niższym Seminarium Duchownym w Częstochowie. Po 4 latach nauki uzyskał świadectwo dojrzałości w NSD i jako eksternista w Liceum im. Romualda Traugutta w Częstochowie. W latach 1956-1961 odbył studia filozoficzno-teologiczne w Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie. Święcenia kapłańskie otrzymał 29 czerwca 1961 roku w katedrze św. Rodziny w Częstochowie z rąk biskupa prof. dr hab. Zdzisława Golińskiego.

Bezpośrednio po ukończeniu studiów seminaryjnych został skierowany przez władzę diecezjalną na studia specjalistyczne z zakresu historii Kościoła na Wydziale Teologicznym KUL w Lublinie. Stopień naukowy magistra teologii w zakresie historii Kościoła uzyskał 5 marca 1964 roku na podstawie pracy pt. „Kazania niedzielne Mikołaja z Wilkowiecka”, napisanej pod kierunkiem ks. prof. dr hab. Mieczysława Żywczyńskiego. Po powrocie ze studiów pracował od lipca 1965 roku jako wychowawca w Niższym Seminarium Duchownym w Częstochowie i jako nauczyciel religii i propedeutyki filozofii. W latach 1966-1970 był zastępcą redaktora naczelnego „Częstochowskich Wiadomości Diecezjalnych”. W latach 1969-1970 był skarbnikiem diecezjalnym przy Kurii Diecezjalnej, a od 1969 roku kapelanem Sióstr Franciszkanek Rodziny Maryi w Domu Zakonnym w Częstochowie.

Stopień naukowy doktora historii Kościoła na Wydziale Teologicznym KUL uzyskał 18 czerwca 1969 roku na podstawie rozprawy pt. „Katolickie poglądy polityczno-społeczne w Polsce na przełomie XVI i XVII wieku w świetle kazań”, napisanej pod kierunkiem ks. prof. dr hab. Mieczysława Żywczyńskiego. W 1969 roku rozpoczął pracę jako archiwariusz w Archiwum Diecezjalnym w Częstochowie oraz podjął wykłady metodologii nauk oraz patrologii w Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie. Od 1970 roku powierzono mu także wykłady z zakresu historii Kościoła w tymże seminarium i w Instytucie Teologicznym w Częstochowie, a od 1979 roku w Wyższym Seminarium Duchownym oo. Franciszkanów w Krakowie. W dniu 17 listopada 1983 roku został mianowany dyrektorem Archiwum Diecezjalnego w Częstochowie. W dniu 7 czerwca 1984 r. uzyskał stopień naukowy doktora habilitowanego teologii w zakresie historii Kościoła na podstawie rozprawy pt. „Dzieje diecezji częstochowskiej w okresie II Rzeczypospolitej” przedstawionej na Wydziale Teologicznym KUL w Lublinie.

Od początku roku akademickiego 1986/1987 został zatrudniony jako docent w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Następnie od roku akademickiego 1990/1991 prowadził wykłady z zakresu historii nowożytnej w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Częstochowie. Na Wydziale Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej pełnił obowiązki prodziekana [przez dwie kadencje] oraz był członkiem Senackiej Komisji Regulaminowej. Jednocześnie prowadził wykłady z zakresu patrologii w Wyższym Seminarium Duchownym OO. Paulinów i Wyższym Seminarium Duchownym OO. Bernardynów w Krakowie.

Na podstawie uchwały senatu PAT w Krakowie z dnia 17 czerwca 1991 r. został mianowany profesorem nadzwyczajnym na Wydziale Historii Kościoła PAT na okres 5 lat w wymiarze ½ etatu. W dniu 16 stycznia 1992 r. został powołany na członka Komisji Historycznej Polskiej Akademii Nauk – Oddział w Katowicach. Natomiast w dniu 23 września 1992 r. został mianowany profesorem nadzwyczajnym w Instytucie Filozoficzno-Historycznym WSP w Częstochowie na okres 5 lat, gdzie jednocześnie został zatrudniony na pełnym etacie. Zarząd Towarzystwa Naukowego KUL w dniu 21 maja 1991 r. mianował go członkiem – korespondentem Wydziału Teologicznego Towarzystwa Naukowego KUL. W dniu 8 maja 1995 r. został mianowany profesorem nadzwyczajnym historii Kościoła na Wydziale Historii Kościoła PAT w Krakowie. Na podstawie decyzji Centralnej Komisji do Spraw Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych z dnia 21 grudnia 1998 r. otrzymał tytuł naukowy profesora nauk teologicznych. Następnie w dniu 11 stycznia 2000 roku został mianowany profesorem zwyczajnym nauk teologicznych na Wydziale Teologicznym PAT w Krakowie. Z dniem 31 grudnia 2002 r. zakończył pracę dydaktyczną na Wydziale Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Od dnia 1 stycznia 2003 r. podjął pracę na pełnym I etacie w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Częstochowie. Na stanowisko profesora nadzwyczajnego w tej uczelni został mianowany w dniu 16 stycznia 2003 r. W dniu 1 maja 2005 r. decyzją Ministra Edukacji Narodowej i Sportu Mirosława Sawickiego otrzymał tytuł profesora zwyczajnego w Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie. Nadmienić należy, że w WSP ks. Profesor od 1996 roku był przewodniczącym Komisji Uczelnianej do Spraw Odwołań, a od 1 września 1999 r. zastępcą dyrektora Instytutu Filozoficzno-Historycznego do spraw Nauki.

W latach 1985-1992 pełnił funkcję rektora Częstochowskiego Seminarium Duchownego. W tym czasie w dniu 15 sierpnia 1991 roku papież Jan Paweł II dokonał poświęcenia nowego gmachu seminarium w Częstochowie. Po przeniesieniu tegoż seminarium z Krakowa do Częstochowy od początku roku akademickiego 1991/1992 starał się nawiązać kontakty naukowe z wyższymi uczelniami częstochowskimi – Wyższą Szkoła Pedagogiczną i Politechniką Częstochowską.

Na dorobek naukowy ks. prof. Jana Związka składają się 15 pozycji zwartych i ok. 800 artykułów. Wypromował 13 doktorów i ok. 650 magistrów. Przygotował 6 recenzji profesorskich, 5 habilitacyjnych, 29 doktorskich, 8 wydawniczych. Aktywnie uczestniczył wygłaszając referaty w 93 sesjach i sympozjach.

Podkreślić należy, że ks. prof. Związek należał do 9 towarzystw naukowych m. in. Polskiej Akademii Nauk – Komisji Historycznej, , Towarzystwa Naukowego KUL, Polskiego Towarzystwa Teologicznego, Polskiego Towarzystwa Historycznego, Częstochowskiego Towarzystwa Naukowego, Wieluńskiego Towarzystwa Naukowego. W dniu 17 czerwca 2004 podczas zebrania organizacyjnego Stowarzyszenia Archiwistów Kościelnych w Warszawie został wybrany pierwszym prezesem tego Stowarzyszenia, pełniąc tę funkcję do 2008 roku. W dniu 19 kwietnia 2006 roku Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego Kazimierz Michał Ujazdowski mianował go członkiem Rady Archiwalnej przy Naczelnym Dyrektorze Archiwów Państwowych na 3-letnią kadencję. Był również stałym członkiem Zespołu Doradców Wojewody Częstochowskiego

Był laureatem wielu nagród uczelnianych, naukowych i samorządowych. Katolicki Uniwersytet Lubelski – Instytut Badań nad Polonią i Duszpasterstwa Polonijnego uchwałą z dnia 9 czerwca 1992 r. przyznał mu nagrodę naukową im. Franciszka Skowyry za rok akademicki 1991/1992 za pracę pt. „Dzieje diecezji częstochowskiej w okresie II Rzeczypospolitej”. W dniu 27 sierpnia 2000 r. otrzymał Nagrodę prezydenta Miasta Częstochowy za rok 2000 w dziedzinie literatury i historii za całokształt pracy twórczej. W dniu 23 października 2002 r. za wybitny dorobek wzbogacający wartość regionu i kraju otrzymał nagrodę imienia Karola Miarki, przyznaną przez Marszałka Województwa Śląskiego dr Jana Olbrychta. W dniu 19 stycznia 2006 r. Wieluńskie Towarzystwo Naukowe na wniosek jego prezesa prof. dr. Hab. Tadeusza Olejnika odznaczyło go godnością Honorowego Członkostwa tego Towarzystwa.

W listopadzie 1985 roku został odznaczony przez papieża Jana Pawła II godnością kapelana honorowego Jego Świątobliwości, a 29 grudnia 1992 roku abp Stanisław Nowak mianowało kanonikiem gremialnym kolegiackiej kapituły wieluńskiej.

Ks. prof. Jan Związek zmarł 8 lipca 2020 r.