Kościół trzebnicki powstał z początkiem XIII w. i jego budowa była związana z ufundowanym w 1202 r. przez księcia Henryka Brodatego opactwem dla sprowadzonych z Bambergu mniszek benedyktyńskich. Prace nad wznoszeniem świątyni rozpoczęto najprawdopodobniej ok. 1208 r. i budowano etapami począwszy od tego miejsca, gdzie dziś znajduje się główny ołtarz. W pierwszym etapie powstała krypta św. Bartłomieja, prezbiterium i boczne kaplice św. Jana (dzisiejsza kaplica adoracji) i św. Piotra, w miejsce której stoi dziś o wiele większa gotycka kaplica św. Jadwigi. W następnych etapach przystąpiono do budowy transeptu (nawy poprzecznej) i korpusu kościoła - nawy głównej i naw bocznych. Wtedy powstał wspomniany chór zakonny (empora).

Chór zakonny

W takiej formie, w jakiej istniał w trzebnickim kościele, był rzadko spotykany. Budowla ta rozpoczynała się w połowie nawy poprzecznej (przed dzisiejszymi schodami prezbiterium) i kończyła się w połowie nawy głównej. Właśnie w tym miejscu znajdowała się spiralna klatka schodowa, której fragmenty podstawy możemy zobaczyć. W 1706 r. chór zakonnic opisywano w następujący sposób: Na górze po lewej są organy, a pośrodku naprzeciw chór, na którym panny siedzą zwykle w swoich stallach i śpiewają godziny kanonicze. Pod chórem panien jest najniższe sklepienie, gdzie po kamiennych schodkach schodzi się do piwnicy zwanej kryptą [...] pod chórem panien grzebane są panny zakonne (Zinkler 1940, s. 32, tłum. W. Kłodnicki).

Barokowa krypta

Innym ważnym odkryciem dokonanym w czasie prac remontowych było odsłonięcie sklepienia nieznanej dotąd krypty, pochodzącej, jak się okazuje, z okresu baroku. Umiejscowiona jest ona po prawej stronie nawy głównej (patrząc ku ołtarzowi) w okolicy ołtarza św. Bartłomieja i pierwszego segmentu ławek. Ponadto odkryto schodki prowadzące do wspominanej krypty. Odkrycie to wzbudziło wielkie zainteresowanie zarówno pracujących archeologów jak i gospodarzy świątyni. Postanowiono kryptę otworzyć, czego dokonano w poniedziałek, 28 lutego w obecności proboszcza, archeologów, fotografów a także burmistrza Trzebnicy - Marka Długozimy. Oczom zebranych ukazała się krypta grzebalna o wymiarach ok. 2x2 m. W krypcie znaleziono fragmenty desek z trumien osób tam pochowanych. Deski te były bardzo spróchniałe, a szczątki zmarłych uległy całkowitemu rozkładowi (łącznie z kośćmi). Znaleziono również w krypcie tabliczkę trumienną, z której na chwilę obecną dało się odczytać nazwisko mniszki klasztoru trzebnickiego - Benedykty Sokołoskiej (Sokołowskiej). W bibliotece, jaka pozostała po klasztorze cysterek zachowała się księga z ślubami zakonnic z XVII i XVIII w. Wśród nich znaleziono tekst ślubów siostry Benedykty, pisany po łacinie, który tutaj prezentuję w tłumaczeniu: Ja, siostra Benedykta ponawiam moją profesję zakonną i ślubuję stałość w wieczystej klauzurze i przemianę obyczajów moich oraz posłuszeństwo wedle reguły świętego Ojca Benedykta opata, wobec Boga i wszystkich Świętych, których relikwie na tym miejscu się znajdują, które zwie się Zakonem Cysterskim w Trzebnicy zbudowanym na chwałę Najświętszej Maryi Panny i świętego Bartłomieja Apostoła, w obecności Wielebnego Ludwika, opata lubiąskiego i Wielebnej Benedykty, ksieni. Roku Pańskiego 1721, dnia 19 października (tłum.: Ks. Emanuel Rus SDS, Br. Marcin Wojtczak SDS).
Niestety, nie mamy żadnych innych informacji dotyczących tej mniszki; kim była, skąd pochodziła i jaką pełniła funkcję w klasztorze. Na tekście ślubów istnieje dopisek, na którym widnieje m.in. jej imię i nazwisko (podpis?) ale dalsze informacje są nieczytelne. Miejmy nadzieję, że więcej szczegółów poznamy po konserwacji znalezionej płytki trumiennej, przede wszystkim datę narodzin i śmierci. Ponadto, według relacji archeologów, w krypcie znajdowały się trzy inne trumny, niestety nie jest możliwa identyfikacja pozostałych osób tam pochowanych.
Trzebnicka bazylika kryje w sobie jeszcze wiele niespodzianek i zagadek do rozwikłania. Wypada nam podziękować Bogu, że dane jest nam żyć w tak ciekawym i czcigodnym miejscu.