Tę wizytę zapowiedział administrator apostolski archidiecezji bp Marian Jaworski w liście pasterskim z 22 sierpnia 1990 r., skierowanym do duchowieństwa i wiernych, z okazji 200-lecia potwierdzenia przez Piusa VI kultu (beatyfikacji) bł. Jakuba Strzemię, patrona archidiecezji lwowskiej. W tym liście, który miał być odczytany w jedną z niedziel września tr., biskup pisał: „W dniu 3 czerwca przyszłego roku Ojciec Święty Jan Paweł II odwiedzi naszą Archidiecezję, przybywając do Lubaczowa. Na ten zapowiedziany wyjątkowy dar Opatrzności starajmy się przygotować godnie, podejmując z nową gorliwością te zadania, które nam wskazuje postać i działalność błogosławionego Jakuba Strzemię”. O wizycie Jana Pawła II w Lubaczowie bp Jaworski wspomniał również w komunikacie z 24 września tr. adresowanym do kapłanów, w którym też zwracał się z prośbą o odczytanie z ambon listu papieskiego z okazji jubileuszu 200-lecia kultu bł. Jakuba Strzemię. W grudniu tr. ukonstytuował się „Lubaczowski Komitet Organizacyjny Pielgrzymki Jana Pawła II”.
W I Niedzielę Wielkiego Postu, 17 lutego 1991 r. odczytano w kościołach i kaplicach archidiecezji list pasterski arcybiskupa-metropolity lwowskiego M. Jaworskiego z 2 lutego tr. „o przygotowaniu do godnego przyjęcia nawiedzin Ojca Świętego Jana Pawła II” przez: modlitwę, odnowę moralną, udział w rekolekcjach i spowiedź św., a także przez szacunek dla życia, pogłębienie znajomości prawd wiary oraz wychowanie religijne w domu i na katechezie. Prosił też duchowieństwo i wiernych oraz władze administracyjne i samorządowe o czynne zaangażowanie się w trud przygotowania pielgrzymki. Konkretne sugestie w tym względzie podał w odezwie z 19 marca tr., przewidzianej do odczytania z ambon kościelnych na Wielkanoc tr. Apelował w niej m.in. o pomoc w pracach przy budowie ołtarza i sektorów oraz organizacji służb porządkowych.
Intensywnym przygotowaniom do wizyty Jana Pawła II w Lubaczowie towarzyszyła „Modlitwa o godne przygotowanie się na spotkanie z Ojcem Świętym”, którą odmawiano w kościołach i kaplicach archidiecezji. Oto jej fragmenty: „Panie Jezu Chryste, Miłosierny Zbawicielu świata (...), pokornie Cię błagamy o łaskę owocnego przygotowania się na uroczysty dzień nawiedzenia naszej Archidiecezji przez Papieża Jana Pawła II (...). Pani Łaskawa, Śliczna Gwiazdo Lwowa (...), otaczaj nas płaszczem swej opieki, abyśmy odrodzeni wewnętrznie z tym większą godnością mogli powitać i podejmować w naszej Archidiecezji Umiłowanego Namiestnika Twojego Syna, a naszego Pana Jezusa Chrystusa”.
W niedzielę, 2 czerwca tr., papież Jan Paweł II przybył do Lubaczowa. Ok. godz. 20.20 powitał Go na lądowisku na błoniach lubaczowskich abp M. Jaworski oraz władze rządowe i samorządowe. Stąd Papież udał się do kościoła św. Stanisława BM (dawnej prokatedry), na modlitwę przed kopią cudownego obrazu Matki Bożej Łaskawej. Następnie przeszedł do nowej prokatedry, gdzie pozdrowił Go abp Jaworski m.in. tymi słowami: „Umiłowany Ojcze Święty! W duchu wiary, miłości i głębokiej wdzięczności wita Ciebie tego wieczoru kościół archidiecezjalny bł. Jakuba Strzemię w sanktuarium Matki Bożej Łaskawej (...). Witamy Ciebie w prokatedrze, którą za chwilę poświęcisz (...). Niech dobry Bóg, umiłowany Ojcze Święty, błogosławi wszystkim Twoim krokom i strzeże dobra całego kościoła i świata”. Po powitaniach Jan Paweł II poświęcił prokatedrę pw. bł. Jakuba Strzemię, po czym przemówił do wiernych w następujących słowach: „Z wielkim wzruszeniem staję w ten niedzielny czerwcowy wieczór w progach prokatedry w Lubaczowie! Wzruszenie to pochodzi również z motywów osobistych - i pozwólcie, że naprzód temu dam wyraz. Po raz pierwszy byłem tutaj w dniu 21 września 1958 r., uczestnicząc w srebrnym jubileuszu sakry śp. abp. Eugeniusza Baziaka - metropolity lwowskiego (…). Ja sam zaciągnąłem wobec metropolity lwowskiego olbrzymi dług. Dane mi było (…), po owym spotkaniu w lubaczowskiej prokatedrze, przyjąć z jego rąk święcenia biskupie w katedrze na Wawelu, aby jako biskup wspomagać pasterską posługą abp. Eugeniusza aż do jego śmierci w czerwcu 1962 r.”. W dalszej części swego przesłania Papież wzywał bratnie narody, polski i ukraiński, mieszkające od wieków na wschodnich rubieżach dawnej Rzeczypospolitej, do pojednania i zgody w duchu miłości Chrystusa i Jego Matki - Maryi. Mówił: „Tu, na tym miejscu trzeba w sposób szczególny prosić Pana dziejów przez pośrednictwo świętych patronów Polski, Litwy i Rusi, aby to dobro, które łączy, zawsze okazywało się mocniejsze od wszystkiego, co w ciągu dziejów, a zwłaszcza w czasach ostatnich, różniło i dzieliło - czasem aż do przelewu krwi. I niech na to wszystko - na całą naszą teraźniejszość i przyszłość - nadal patrzą macierzyńskie oczy Maryi z Jej starożytnego obrazu w katedrze lwowskiej, gdzie król Jan Kazimierz po doświadczeniach «potopu» składał swe historyczne śluby w 1656 r.”. Na koniec Jan Paweł II wspomniał śp. kard. Władysława Rubina, pochodzącego z archidiecezji lwowskiej, a spoczywającego w sarkofagu, w podziemiach nowej prokatedry, przed którym też, po zakończonym nabożeństwie, odmówił modlitwę. Następnie udał się na spoczynek do domu biskupiego przy ul. Mickiewicza 85.
W poniedziałek 3 czerwca o godz. 8.30 Jan Paweł II celebrował na błoniach lubaczowskich Mszę św., w której uczestniczyło ok. 200 tys. wiernych, w tym prawie 15 tys. wiernych obrządku rzymskokatolickiego i 7 tys. greckokatolickiego z Ukrainy. W homilii mówił o macierzyńskiej opiece Najświętszej Maryi Panny nad narodem polskim w ciągu wieków, której czytelnym znakiem była cudowna obrona Jasnej Góry w czasie potopu szwedzkiego (1655 r.), uwieńczona ślubami króla Jana Kazimierza przed obrazem Matki Bożej Łaskawej w katedrze lwowskiej. Do wierzących w Chrystusa apelował o zachowywanie w życiu podstawowej hierarchii wartości, to znaczy: „być” przed „mieć” i kierowanie się solidarnością, a także przestrzegał ich przed błędem postaw konsumpcjonistycznych. Odpowiedzialnych zaś za reformy gospodarcze w kraju uwrażliwiał na troskę o dobro wspólne i dostrzeganie ludzkiej biedy. W dalszej części homilii przypomniał katolikom o obowiązku świętowania niedzieli, a władzom państwowym - o potrzebie ochrony wolności sumienia i wyznania obywateli, niezależnie od ich światopoglądu. Po homilii Jan Paweł II ozdobił koroną cudowny wizerunek Matki Bożej Tartakowskiej z Łukawca, a na zakończenie Mszy św. jeszcze raz przemówił do uczestników liturgii.
W podziękowaniu Janowi Pawłowi II za jego wizytę w Lubaczowie, abp Jaworski powiedział: „Kiedyś przed laty Opatrzność Boża posłała do Krakowa arcybiskupa wygnańca Eugeniusza Baziaka, by stał się narzędziem w udzieleniu Tobie, Ojcze Święty, sakry biskupiej. Potem jako arcybiskup metropolita Krakowa i kardynał uczestniczyłeś, Ojcze Święty, w licznych wydarzeniach życia tej archidiecezji, z którą czułeś się tak związany. A dzisiaj jako Piotr naszych czasów nawiedzasz nasz Kościół, aby go umocnić w wierze i pokazać drogę, którą ma kroczyć w naszych czasach”. Natomiast w liście do duchowieństwa i wiernych, z 13 czerwca tr., wyraził wdzięczność wszystkim ludziom dobrej woli, którzy przyczynili się do godnego przyjęcia Papieża w Lubaczowie. W zakończeniu zaś listu napisał: „Rozważajcie nauczanie Ojca Świętego, które do Was skierował (…), aby Jego obecność wśród nas i zasiew Jego słowa przynosiły dalsze obfite owoce w naszym życiu”. Wizyta Jana Pawła II w Lubaczowie była ostatnim wielkim wydarzeniem religijnym w dziejach „archidiecezji w Lubaczowie”, w bliskiej już perspektywie jej likwidacji, w ramach reorganizacji struktur Kościoła w Polsce w 1992 r.
W 8. rocznicę wizyty Jana Pawła II w Lubaczowie, 2 czerwca 1999 r., bp Mariusz Leszczyński poświęcił w tym mieście kościół pw. św. Karola Boromeusza - wotum dziękczynne, a w 14. rocznicę, 2 czerwca 2005 r., na tamtejszym stadionie w pobliżu miejsca celebry papieskiej - krzyż na cześć pontyfikatu Ojca Świętego i dla upamiętnienia tej pielgrzymki. Podniosła uroczystość „papieska” w Lubaczowie miała miejsce również w 15-lecie wizyty Jana Pawła II w tym mieście, 2 czerwca 2006 r., kiedy to metropolita lwowski kard. Marian Jaworski, w asyście biskupa zamojsko-lubaczowskiego Jana Śrutwy i biskupa pomocniczego ze Lwowa Mariana Buczka, poświęcił przed kościołem pw. św. Karola Boromeusza, pomnik ku czci sługi Bożego Jana Pawła II.