Uniwersytet Jagielloński, jeden z najstarszych ośrodków naukowo-dydaktycznych w środkowej Europie, swoje istnienie zawdzięcza dalekosiężnej polityce wybitnego władcy, króla Kazimierza III Wielkiego, który po latach starań doprowadził w 1364 r. do fundacji Studium Generale w Krakowie, stolicy Królestwa.
Niech więc tam będzie - czytamy w dyplomie fundacyjnym króla - nauk przemożnych perła, aby wydawała męże dojrzałością rady znakomite, ozdobą cnót świetne i w różnych umiejętnościach biegłe; niechaj otworzy się orzeźwiające źródło, a z jego pełności niech czerpią wszyscy naukami napoić się pragnący.
Akademia Krakowska, mająca początkowo trzy wydziały: prawa, medycyny, sztuk wyzwolonych, wzorowana była na uniwersytetach włoskich. Studium Generale - oficjalna nazwa uniwersytetu w Krakowie - faktycznie rozpoczęło działalność nie wcześniej niż w 1367 r.
W zamierzeniach króla i jego współpracowników działalność uczelni miała znacznie przyspieszyć integrację polityczną i kulturalną Królestwa, sięgając - oczywiście - swymi wpływami poza jego granice - na Pomorze i Śląsk.
Na uwagę zasługuje fakt, iż był to drugi, po powstałym w 1348 r. w Pradze, uniwersytet w środkowej Europie.
Myśl założenia wszechnicy poparli panowie krakowscy - ówcześni wojewodowie: krakowski - Andrzej z Tęczyna i sandomierski - Jan z Melsztyna; kasztelanowie: wiślicki - Dobiesław z Kurozwęk, sandomierski - Wilczek z Byrkowa, wojnicki - Piotr Nieorza. Ze strony kościelnej orędownikiem powołania takiej placówki w Krakowie był abp Jarosław Bogoria i jego siostrzeniec, Jan Suchywilk, kanclerz królewski. Zamysł urzeczywistniali najwybitniejsi reprezentanci krakowskiej elity intelektualnej: Florian Mokrski, Jakub z Ossowy, Henryk z Kropelina, Jan z Buska. Uposażenie uczelni oparte było na dochodach podkrakowskich żup solnych. Siedziba znajdowała się najprawdopodobniej na Zamku Królewskim na Wawelu, pod okiem samego króla. Przedwczesna śmierć fundatora Kazimierza Wielkiego w 1370 r., a później panowanie Ludwika Węgierskiego, który nie interesował się uniwersytecką fundacją poprzednika, doprowadziły do zaprzestania działalności. Dopiero dzięki wieloletnim staraniom środowiska krakowskiego, przychylności króla Władysława II Jagiełły oraz osobistym zabiegom królowej Jadwigi na dworze papieskim w Awinionie, Akademia Krakowska wznowiła swoją działalność ok. 1390 r. Papież Bonifacy IX bullą z 11 stycznia 1397 r. zezwolił na otwarcie Wydziału Teologicznego. Struktura Akademii nawiązywała tym razem do wzorów uniwersytetów francuskich. Powstał pełny średniowieczny uniwersytet - z czterema wydziałami. Obejmował sztuki wyzwolone, prawo, medycynę i teologię. Wiekopomne znaczenie miał zapis na rzecz uniwersytetu osobistego majątku królowej Jadwigi. Dyplom odnowienia Uniwersytetu Krakowskiego, wydany przez króla Władysława Jagiełłę, widnieje pod datą 26 lipca 1400 r. W dokumencie zacytowano całe partie z poprzedniego przywileju fundatora króla Kazimierza Wielkiego. Uposażenie uczelni (prebendy kościelne) było także wzorowane na Uniwersytecie Paryskim; powstały kolegia profesorskie oraz bursy dla żaków. W dokumencie miasta Krakowa z 12 maja 1364 r. znajduje się zapis, iż miasto poręczało rektorom, mistrzom i scholarom swobody uniwersyteckie nadane przez króla w akcie erekcyjnym. Ponadto zobowiązywało się, iż nie będzie pobierało cła i myta od przybywających do Krakowa studentów i profesorów. Rektora wybierało grono profesorskie.
Odnowiona uczelnia krakowska wkrótce zaznaczyła swe miejsce w świecie nauki. Pierwszy jej rektor, prawnik Stanisław ze Skarbimierza (zm. 1431), autor słynnego dzieła De bello iusto - zaliczany był do grona twórców prawa międzynarodowego. Międzynarodową sławę zyskał również kolejny rektor, także prawnik i pisarz polityczny, Paweł Włodkowic, głoszący śmiałą doktrynę prawa narodów - uczestnik soboru w Konstancji (1415-18). Od połowy XV wieku wysoki poziom, obok scholastyki, osiągnęły takie kierunki, jak: astronomia, matematyka i geografia. Królowie polscy dawali znaczne dowody pamięci o uniwersytecie. Nie szczędziła darów dla wszechnicy krakowskiej Anna Jagiellonka. Pamiętał o niej król Jan III Sobieski, dawny uczeń Kolegium Nowodworskiego (Szkół Nowodworskich).
Wybitnymi wykładowcami byli m.in.: Marcin Bylica, Marcin Król z Żurawicy, Wojciech z Brudzewa, Jan z Głogowa. Wybitni wychowankowie to m.in.: Jan Długosz, Grzegorz z Sanoka, Mikołaj Kopernik. Uczelnia przyciągała młodzież z sąsiednich krajów. W latach 1433-1510 liczba studentów zagranicznych wynosiła aż 44% ogółu w nim studiujących, co świadczy o ówczesnej pozycji uniwersytetu. Większość jej studentów stanowiła młodzież pochodzenia mieszczańskiego.
Uniwersytet Krakowski przeżywał czasy wzlotów i upadków. Pełnię rozwoju osiągnął w epoce renesansu, zaś czas stagnacji przypadł na epokę saską. Od połowy XVI wieku zaczął stopniowo tracić na znaczeniu. Odzyskał renomę po zreformowaniu w latach 1777-83, m.in. przez Hugona Kołłątaja, zgodnie z zaleceniami Komisji Edukacji Narodowej, przyjmując nazwę Szkoły Głównej Koronnej. Był to jednak krótki okres odrodzenia. Lata zaborów spowodowały spadek liczby studentów i obniżenie prestiżu uczelni. Władze austriackie po trzecim rozbiorze Polski podjęły próbę zgermanizowania uczelni, tworząc austriacki Uniwersytet Krakowski. W 1809 r., po przyłączeniu Krakowa do Księstwa Warszawskiego oraz ponownym zreformowaniu uczelni przez Kołłątaja, powstały warunki do jego ponownego rozwoju. W czasach istnienia Wolnego Miasta Krakowa, przypadających na lata 1816-46, uczelnia od 1817 r. przyjęła oficjalną nazwę Uniwersytet Jagielloński. Miała początkowo znaczną autonomię, co pozwalało jej skupiać, mimo utrudnień, młodzież z trzech zaborów. Jednak od 1854 r. nastąpiła ponowna akcja germanizacji. Dzięki reformom ustrojowym Galicji, przeprowadzonym w okresie tzw. autonomii, nastąpiła repolonizacja uczelni (1870) oraz okres dynamicznego jej rozwoju.
Wkrótce UJ stał się głównym ośrodkiem polskiego życia naukowego, kulturalnego i politycznego. Jego pozycja utrwaliła się po odzyskaniu niepodległości w 1918 r.
W czasach narodowej niewoli krakowska wszechnica nie przestawała być jedynym ogniskiem polskiej nauki oraz ostoją wiary w odrodzenie niepodległej ojczyzny. W październiku 1939 r. władze uniwersytetu próbowały, mimo okupacji, rozpocząć zajęcia. 6 listopada gestapo aresztowało 183 pracowników naukowych, których wywieziono do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen (wielu z nich zginęło). Od 1942 r. uniwersytet zaczął prowadzić tajne nauczanie. Oficjalne zajęcia na uczelni zostały wznowione w marcu 1945 r. Obecnie UJ składa się z 11 wydziałów. Studiuje w nim ponad 29 tys. słuchaczy.
W związku z obchodami 600-lecia odnowienia Akademii Krakowskiej w królewskim Krakowie można obejrzeć wiele niedostępnych na co dzień dokumentów, spotkać się z jej "dawnymi czasy". Wśród bezcennych zbiorów przechowywanych w archiwum UJ zgromadzono kolekcje pergaminów i kodeksów opatrzonych pieczęciami władców polskich, począwszy od Kazimierza Wielkiego po Jana III Sobieskiego; bulle papieskie sygnowane przez papieży Marcina V, Bonifacego IX, Urbana VIII, Grzegorza XIII; dokumenty wystawione przez dostojników duchownych i świeckich. Ponadto: korespondencję urzędową uniwersytetu, inwentarze większości zakładów naukowych, papiery dotyczące burs i domów akademickich, materiały biograficzne krakowskich uczonych, wielu pokoleń studentów. Są kolekcje starych pieczęci oraz liczący kilkanaście tysięcy zbiór unikalnych fotografii. Wyjątkową wartość posiadają księgi dokumentujące działalność rozlicznych fundacji stypendialnych, działających na tej krakowskiej uczelni od XVI wieku. Nieprzypadkowo zbiory te, a właściwie skarby obrazujące życie "społeczności nauk przemożnych perły": krakowskiej Almae Matris w ciągu sześciu wieków, znalazły się na Krajowej Liście programu UNESCO: "Pamięć świata".
Uniwersytet Jagielloński pełnił na przestrzeni dziejów i wciąż pełni swego rodzaju misję, która jest również ważnym rozdziałem europejskiego dziedzictwa. Pozostaje wciąż - mimo sędziwego wieku - pełen życia i blasku. Jest istotnie najstarszą polską instytucją, nieprzerwanie istniejącą, pomimo wielu katastrof i dziejowych burz.