Zwracając się do Polonii na stadionie "Crystal Palace" w Londynie Ojciec Święty Jan Paweł II powiedział: "Nie jesteście jakąś emigracją. Jesteście żywotną częścią narodu". Tak właśnie poczuli się Polacy w Szwajcarii w czasie Jubileuszu 50-lecia Polskiej Misji Katolickiej w dniach 22-29 października 2000 r. Stało się to dzięki kard. Józefowi Glempowi, Prymasowi Polski, opiekunowi polskiej emigracji, który przewodniczył tym uroczystościom, i obecności abp. Szczepana Wesołego, delegata Księdza Prymasa dla Polonii. Władze Polski, w imieniu prof. Alicji Grześkowiak - marszałka Senatu RP - reprezentowała senator Janina Sagatowska z Senackiej Komisji ds. Polonii wraz z Wandą Witter - sekretarzem tej Komisji. "Wspólnotę Polską" reprezentował prof. Zdzisław Ważniak. Odczytano specjalne przesłanie Ojca Świętego, skierowane do Polonii szwajcarskiej. Znakiem uznania dla wkładu Polskiej Misji Katolickiej w budowę Kościoła lokalnego był liczny udział Episkopatu Szwajcarii.
Uroczystości jubileuszowe przebiegały w trzech etapach. Pierwszy (22-26 października) stanowiła seria świetnych koncertów Chóru Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego z Warszawy pod dyrekcją ks. Kazimierza Szymonika. Koncerty odbyły się w Bazylei (dzięki staraniom Małgorzaty Lityńskiej), we Fryburgu, w Lozannie, Gnadenthal i Sion (dzięki staraniom lokalnych rad duszpasterskich).
Drugi etap (27-28 października), z udziałem Księdza Prymasa i abp. Szczepana Wesołego oraz przedstawicieli władz polskich, objął największe skupiska polonijne w Szwajcarii: Ośrodek Duszpasterski w Genewie i Polską Misję Katolicką w Zurychu. W koncelebrze wzięli także udział biskupi szwajcarscy (bp Pierre Farine - w Genewie i bp AmeMdeMe Grab - w Zurychu).
We Fryburgu Jubileusz został poprzedzony międzynarodowym sympozjum (26-28 października), które zorganizował tutejszy Uniwersytet. Tematem kolokwium było: Duchowe powołanie narodów - Polska 2000. Zabierali w nim głos znakomici przedstawiciele uniwersyteccy ze Szwajcarii (Zygmunt Marzys, Guy Bedouelle, Rolf Fieguth) i z Polski (Edward Wende, Andrzej Kłoczowski, Tadeusz Chrzanowski, Andrzej Łaszewski i Krzysztof Zanussi).
Główne uroczystości jubileuszowe oparte zostały na koncepcji pienińskich Trzech Koron: sesja akademicka na Uniwersytecie, pontyfikalna Msza św. w katedrze Fryburga i spotkanie Polonii w Polskiej Misji Katolickiej w Marly.
Sesję akademicką otworzył i poprowadził o. Georges Cottier OP, teolog Domu Papieskiego. Jako pierwszy zabrał głos Rektor Uniwersytetu we Fryburgu, mr Henri-Paul Steinauer. Rektor rzymskiego "Angelicum" -
o. Edward Kaczyński OP przedstawił bliżej postać inicjatora Polskiej Misji Katolickiej - o. Bocheńskiego. O. Guy Bedouelle OP przedstawił relacje uniwersyteckie Szwajcarii i Polski. Niżej podpisany przedstawił kalejdoskop 50 lat Polskiej Misji Katolickiej, jej aktualną sytuację oraz skromny, niemniej rzeczywisty, wkład w budowanie Kościoła lokalnego. Przesłanie do Polonii w Szwajcarii od marszałek Senatu Rzeczypospolitej - Alicji Grześkowiak, przedstawione uczestnikom sesji przez senator Janinę Sagatowską, doskonale wpisało się w cały kontekst. Wykład na temat: Chrześcijańskie oblicze Europy na progu Trzeciego Tysiąclecia wygłosił kard. Józef Glemp, Prymas Polski.
Kulminacyjnym momentem uroczystości jubileuszu Polskiej Misji Katolickiej w Szwajcarii była pontyfikalna Msza św. w katedrze św. Mikołaja we Fryburgu. Głównym celebransem był przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski i opiekun Emigracji - kard. Józef Glemp. W koncelebrze udział wzięli: bp Bernard Genoud - ordynariusz Fryburga, nuncjusz apostolski w Szwajcarii - abp Pier-Giacomo De Nicolo, abp Szczepan Wesoły i 40 księży (polskich i szwajcarskich). Zebranych w katedrze przywitał Ordynariusz miejsca. Abp Szczepan Wesoły odczytał przesłanie od Ojca Świętego Jana Pawła II. W homilii Ksiądz Prymas podkreślił, że w czasach, w których człowiek staje w centrum uwagi, centrum samego człowieka był, jest i pozostanie Jezus Chrystus. Zjednoczenie z Chrystusem, tak podkreślane w Roku Świętym 2000, dokonuje się na drodze miłości. Tą też drogą, dziękując za 50 lat Polskiej Misji Katolickiej, trzeba podążać w przyszłość. Tak trzeba nam wkraczać w Trzecie Tysiąclecie. Takie też będzie zadanie rektora Polskiej Misji Katolickiej w Szwajcarii i wszystkich, którzy ją tworzą.
Trzecim, równie ważnym, wydarzeniem Jubileuszu był "Apel Polonii" w Marly, w siedzibie Polskiej Misji Katolickiej w Szwajcarii. Była to swoista "audiencja Polonii u Księdza Prymasa". Rodzinna, polonijna agapa. Najpierw głos zabierali przedstawiciele najważniejszych instytucji i organizacji polonijnych: Związek Organizacji Polskich w Szwajcarii, Stowarzyszenie Polskich Kombatantów (które ufundowało na tę okoliczność pamiątkową tablicę), Polskie Muzeum z Rapperswilu, Muzeum Kościuszkowskie z Solury, "Pro-Polonia" z NeuchaQtel, Stowarzyszenie Polskie z Genewy, Klub Polski z Berna, polonijne szkoły, Fundacja O. Bocheńskiego. Po prezentacji tak zasłużonych dla Polonii instytucji - głos zabrał Andrzej Fornalski - przewodniczący Ogólnoszwajcarskiej Rady Duszpasterskiej i przedstawiciele poszczególnych grup językowych. Spośród gości głos zabierali: Przewodniczący Rady Miejskiej Marly, Rektorzy Misji z Niemiec i z Francji, Nuncjusz Apostolski, senator Janina Sagatowska. Ambasador Polski w Bernie - Marek Jędrys odczytał przesłanie od Władysława Bartoszewskiego - Ministra Spraw Zagranicznych RP. "Audiencję", która trwała do późnej nocy, zakończył kard. Józef Glemp, błogosławieństwem i Apelem Jasnogórskim.