Na początku lipca 1940 r. do ukrywającego się od listopada 1939 r. przed gestapo (po zajęciu przez Niemców Seminarium Duchownego we Włocławku) w rodzinnym Wrociszewie, k. Warki, ks. prof. Stefana Wyszyńskiego dotarła siostra Joanna Lossow (ze Zgromadzenia Sióstr Franciszkanek Służebnic Krzyża w Laskach) z serdeczną prośbą od ks. Władysława Korniłowicza i matki Elżbiety Czackiej (założycielki Zgromadzenia i jego przełożonej generalnej) o podjęcie pracy kapelana sióstr w ich nowo założonej, prowizorycznej placówce w rezydencji Zamoyskich w Kozłówce pod Lubartowem. W pierwszych dniach wojny zakonnice wraz z podopiecznymi, niewidomymi dziewczętami, musiały opuścić zakład w Laskach i udały się do majątku Towarzystwa Opieki nad Ociemniałymi w Żułowie k. Krasnegostawu, gdzie w straszliwej ciasnocie przetrwały zimę i wiosnę. Część z nich, korzystając z zaproszenia hrabiostwa Jadwigi (1908-98) i Aleksandra Zamoyskich (1898-1961), przyjechała w lipcu 1940 r. do Kozłówki.
Ks. Wyszyński natychmiast przyjął tę propozycję, choć zdawał sobie sprawę z grożącego mu niebezpieczeństwa w nowym miejscu, gdzie wcześniej stacjonował oddział Wehrmachtu. 1 sierpnia 1940 r. wraz z siostrą Lossow przyjechał do Kozłówki. Tu otrzymał kenkartę na nazwisko Okoński. Zamieszkał "w oficynie północnej na parterze, po stronie prawej" (później przeprowadził się "do pokoju bezpośrednio przylegającego do pałacowej kaplicy", następnie do czasu wyjazdu " zajmował niewielki pokój z oknem wychodzącym na przejście między gazonem a parkiem").
Obok gospodarzy, ich rodzin i sióstr zastał tu dość liczne grono znamienitych Polaków, na ogół pozbawionych środków do życia, których losy wojenne przywiodły w gościnne progi domu Zamoyskich. Od samego początku zauważyli, że ten "wysoki, szczupły, ...o miłym dobrotliwym spojrzeniu... Niezwykły Gość (podkreślenie M.W.) to " człowiek - kapłan silny duchem, wielkiego formatu... Robił wrażenie człowieka skupionego, zrównoważonego, nie ulegającego gwałtownym zmianom".
Nazajutrz, w dniu swoich imienin i w wigilię czterdziestych urodzin, odprawił pierwszą Mszę św. i dokonał poświęcenia, mieszczącego się w jednej z oficyn, domu zakonnego, rozpoczynając w ten sposób trwającą trzynaście miesięcy, pracowicie wypełnioną posługę duszpastersko-dydaktyczną.
Prowadził "wykłady z prawa kanonicznego i myśli społecznej Kościoła" dla sióstr, które "swoje nowe studium nazwały żartobliwie ´Akademią Kozłowiecką´. Był to bogaty dla nich okres intelektualnego kształcenia". Sam wykładowca zaś tak to po latach wspominał: - "...pamiętam jeszcze nasze wspólne ´lektury´, w Kozłówce i Żułowie... Prowadziliśmy wtedy nie kończące się dyskusje tomistyczne. Ojciec (Wł. Korniłowicz - przyp. M.W.) kazał nam czytać, a myśmy się wypowiadali. Dyskusje były zawzięte...".
Również państwo Zamoyscy i ich goście chętnie korzystali z wiedzy Księdza Kapelana. Dla zainteresowanych wygłaszał pogadanki i organizował dyskusje na temat społecznego nauczania Kościoła. W wolnych od pracy chwilach czytał im wyrzucone przez żołnierzy Wehrmachtu gazety niemieckie i odpowiednio komentował ich treść. Przed obiadem głosił krótką konferencję religijną. Podczas wspólnych posiłków w jadalni siedział "po prawej stronie pani Zamoyskiej". Po kolacji wszyscy przechodzili do salonu czerwonego i długo rozmawiali "o sytuacji w kraju, o perspektywach wojny, o dotychczasowych losach własnych i bliskich, o dzieciach, o pozostawionych domach rodzinnych". W spotkaniach tych ks. Wyszyński nie zawsze uczestniczył. "Zwykle wycofywał się do swego pokoju... i tam albo długo w noc czytał, albo pisał, stojąc przy dość wysokiej szafce ze specjalnym pulpitem pozwalającym pisać właśnie w tej pozycji".
Włączył się także w tajne nauczanie pałacowej młodzieży, odprawiając dla niej 1 września 1940 r. rano uroczystą Mszę św. i wygłaszając przemówienie z okazji rozpoczęcia roku szkolnego 1940/41, a następnie przez cały rok uczył religii i łaciny.
Miał także stały harmonogram Mszy św. W dni powszednie odprawiał w pałacowej kaplicy o godz. 7.00 rano. Ministrantami byli: Adaś Zamoyski (syn gospodarzy), Piotruś Podhorski (syn generała) i Krzyś Znamierowski (syn profesora uniwersytetu). W niedziele i święta "wczesnym rankiem wyjeżdżał do Nasutowa, folwarku należącego do ordynacji", by tam o godz. 8.00 sprawować Najświętszą Ofiarę. Choć wyjazdy te były "´otoczone tajemnicą´, ale każdy mniej lub więcej zdawał sobie sprawę, że Msza św. dla pracowników folwarcznych ordynacji była głównie przeznaczona dla chłopców z lasu, rozmaitych ugrupowań, przygotowujących się i oczekujących na wyruszenie do boju".
Po powrocie stamtąd o godz. 12.00 w południe odprawiał drugą Mszę św. w miejscowej kaplicy. Biorący w niej udział mieszkańcy pałacu i okoliczna ludność podkreślali, że Celebrans był "zakochany w Liturgii", a głoszone przez niego słowo Boże (także podczas nabożeństw majowych i różańcowych), "to były nie tylko kazania, ale niezapomniane nauczanie czy uzupełnianie wiedzy religijnej... Gdy mówił, nikt nie śmiał poruszyć się na krześle". Zdaniem prof. Czesława Znamierowskiego, " nie można włożyć w modlitwę więcej pobożnego skupienia, niż to Ksiądz czynił w skromnej kaplicy kozłowieckiej".
Często też ks. Wyszyński z posługą duszpasterską wyjeżdżał do Kamionki Lubartowskiej, gdzie odprawiał Msze św., spowiadał, a 13 czerwca 1941 r. na odpuście św. Antoniego "wygłosił podniosłe kazanie". W pobliskich Bełżycach spotykał się z ks. Zygmuntem Surdackim, wikariuszem generalnym diecezji lubelskiej, i z ks. Antonim Szymańskim, rektorem KUL, wspólnie omawiali organizację tajnego nauczania Uniwersytetu, który mimo wojny nie zaprzestał pracy dydaktyczno-naukowej.
"Im dłużej ks. Wyszyński przebywał w Kozłówce, tym więcej ludzi szukało z nim kontaktu. Przychodzili Iub przyjeżdżali z najdalszych zakątków ordynacji na rozmowę, na spowiedź, chcąc znaleźć radę lub pociechę. Sam fakt, że znajdował czas dla każdego i gotów był służyć kapłańską posługą, ściągał do niego chętnych. Odchodzili ubogaceni... Pod skromną i zniszczoną sutanną wojenną dostrzegali serce nieskazitelne" . Takim go zapamiętali.
Podkreślają również, że "był człowiekiem niezwykle skromnym, nie przywiązującym wagi do dóbr materialnych, niemal ascetycznym. Nie przyjął np. propozycji pani Zamoyskiej podawania mu do pokoju posiłków, wzmacniających skromną niekiedy kozłowiecką dietę. Nie chciał być w niczym wyróżniany wśród pałacowych gości".
W połowie sierpnia 1941 r. ks. Wyszyński zauważył nawrót objawów gruźlicy płuc, zaleczonej w pierwszych latach kapłaństwa. Postanowił wyjechać na dłuższą kurację do Zakopanego. Pożegnał wszystkich, 1 września 1941 r. odprawił ostatnią Mszę św. i opuścił gościnną Kozłówkę, zachowując ten etap wojennej tułaczki w serdecznej pamięci. Z wieloma poznanymi tam osobami przez długie lata spotykał się i utrzymywał kontakt listowny.
Jesienią 1943 r. nastąpił również exodus Kozłówki. Pani Zamoyska z dziećmi: Adasiem, Marysią i Andrzejem wyjechała do Warszawy. Pan Aleksander, zw. Leszkiem, aresztowany w 1941 r., przebywał w obozie koncentracyjnym w Oświęcimiu. Oboje hrabiostwo zapisali się w pamięci wszystkich "jako dobrzy patrioci... ludzie wielkiego serca, życzliwości, otwarci na ludzkie potrzeby...", a wojennym rozbitkom " głęboko zapadła w pamięć niepowtarzalna atmosfera domu, urok świata, który bezpowrotnie przeminął".
Mimo dramatycznych wydarzeń wojennych liczący przeszło dwieście lat kozłowiecki zespół pałacowo-parkowy (od 1992 r. Muzeum Zamoyskich w Kozłówce), zbudowany w poł. XVIII wieku przez Michała Bielińskiego w stylu późnego baroku, na przełomie XIX i XX wieku rozbudowany i urządzony przez Konstantego Zamoyskiego, przetrwał. Wnętrza rezydencji zachowały swój układ architektoniczny, wystrój i autentyczne wyposażenie z przełomu XIX i XX wieku, reprezentując określany w sztuce francuskiej styl jako Drugie Cesarstwo. Ocalała także piękna - wzorowana na wersalskiej - kaplica, wzniesiona w latach 1903-09.
Pobyt w Kozłówce ks. Stefana Wyszyńskiego, późniejszego Prymasa Polski, upamiętniono ufundowaniem umieszczonego na ścianie łącznika między pałacem a kaplicą popiersia z brązu (i tablicą pamiątkową), wykonanego przez młodą rzeźbiarkę warszawską Beatę Wątróbską-Wdowińską, poświęconego 9 czerwca 2000 r. przez metropolitę lubelskiego - abp. Józefa Życińskiego, a odsłoniętego przez najmłodszą córkę ostatnich właścicieli Kozłówki (urodzoną i mieszkającą w Kanadzie) Jadwigę Jolantę Zamoyską. Z tej okazji wydano również książkę pt. Niezwykły Gość, z której pochodzą cytaty.