Chrzest włączył go do tej wspólnoty dwa dni po urodzeniu, tj. 19 stycznia 1842 r. Nieprzypadkowo ta właśnie data została wyznaczona przez Kościół jako dzień jego liturgicznego wspomnienia. Odkrywanie swojego miejsca we wspólnocie ochrzczonych dokonywało się u niego stopniowo, chociaż nie bez wahań czy rozterek. W rodzinnej Korczynie przystąpił do I Komunii św. Od wczesnej młodości ołtarz przyciągał go do siebie. Szedł w zawody z kolegami, by jako starszy ministrant służyć do Mszy św. Już wtedy myślał o kapłaństwie. Z drugiej strony - patriotyczne wychowanie, nasilające się ruchy narodowowyzwoleńcze, a ponadto łatwość przyswajania wiedzy przyczyniły się do rozmiłowania w historii. Kapłan czy historyk? - to pytanie stawiał sobie w 1860 r. ówczesny absolwent przemyskiego gimnazjum - Józef Sebastian Pelczar. Wybór, jakiego wtedy dokonał, zaowocował 17 lipca 1864 r. przyjęciem święceń kapłańskich. Czas pokazał, że nie było to jednak ostateczne zwycięstwo.
Przez dłuższy czas nękała go tęsknota za życiem zakonnym. Rekolekcje oraz pielgrzymkę do Ziemi Świętej w intencji zgodnego z wolą Bożą wyboru uznał za właściwe środki szukania odpowiedzi na wewnętrzne dylematy. Jednak jeszcze w 1874 r., będąc wykładowcą w Seminarium Duchownym w Przemyślu, pisał do swego przyjaciela ks. Karola Krementowskiego: "... módl się za mnie, aby mi Pan Jezus pozwolił ziścić upragniony ideał albo to pragnienie ode mnie odjął, bo nie wiesz, jaki to stan bolesny, a taki stan rozterki duchowej trwa już u mnie lat kilka"1. Czekał niejako, aby zewnętrzne okoliczności, potwierdzone aprobatą władz koś-cielnych, wskazały mu dalszy kierunek. Wydaje się, że nominacja na profesora zwyczajnego historii Kościoła i prawa kanonicznego na Uniwersytecie Jagiellońskim z 19 marca 1877 r. położyła kres dotychczasowym wątpliwościom. Jakby na bazie osobistych doświadczeń w jednym z kazań o św. Stanisławie Kostce mówił: "Każdemu człowiekowi wytknął Bóg osobną do siebie drożynę, którą się nazywa powołaniem. Potrzeba przede wszystkim poznać tę drogę, ku czemu posłuży światło rozumu, rada spowiednika i głos Ducha Świętego przemawiającego zwykle w czasie modlitwy i ćwiczeń duchownych. Skoro się tę drogę pozna, trzeba oświadczyć stanowczo Panu Bogu: «Oto idę» i iść śmiało a wytrwale, nie zważając ni na trud drogi lub odległość, ni na słabość naszą, ni na przeszkody od ludzi, ni na głos serca, jeżeli Bóg z przyrodzonych uczuć naszych wymaga ofiary. Każda zaś droga ma prowadzić do Rzymu, to jest jakiekolwiek jest powołanie, należy je spełnić według woli Bożej i nauki Kościoła"2.
Zarówno przez 22 lata działalności profesorskiej i kaznodziejskiej w Krakowie, jak i w ciągu 25-letniej posługi biskupiej w Przemyślu, którą rozpoczął w 1899 r., bł. Józef Sebastian Pelczar bardzo często dawał wyraz swego przywiązania do Kościoła i umiłowania go. Bezkompromisowo brzmią słowa Błogosławionego: "... nie ma ten Boga za ojca, kto nie ma Kościoła za matkę"3 . Miejscem przedstawiania i uzasadniania teologii Kościoła czynił przede wszystkim ambonę. "Że Kościół katolicki - mówił w jednej z homilii - przez tyle wieków istnieje, działa, kwitnie, niezłamany żadnym prześladowaniem, niespożyty samym czasem, zawsze pełen życia, płodności i siły, cud to zaiste wielki i jawny dowód, że on jest dziełem Boskim i że twórca jego - Jezus Chrystus jest prawdziwym Bogiem. Gdyby Kościół był dziełem ludzkim, nie mógłby się ostać wobec niszczącej pracy wieków..."4. Mówiąc o Kościele, bł. Józef Sebastian uwypuklał najczęściej jego ponadczasowość, powszechność, jedność i nadprzyrodzony charakter. Napełniał go rzeszą aniołów, świętych, wielością narodów, pokoleń i stanów społecznych, jakby na wzór apokaliptycznego tłumu, którego nikt nie mógł policzyć. "O przedziwna jedności w wierze - pisał - ty węzłem świętym a mocnym wiążesz wieki, rasy, narody, pokolenia i tworzysz z nich jeden świat duchowy, jeden gmach wielki, którego węgielnym kamieniem jest wiara w Bóstwo Jezusa Chrystusa. Tej jedności ani tego wyznania nie znajdziecie poza Kościołem katolickim"5.
Niewątpliwie widomym znakiem jedności Kościoła był dla bł. Józefa Sebastiana każdorazowy następca św. Piotra. W tym, co pisał, mówił i czynił, widać wyraźnie, że szybko wcielał w życie papieskie zalecenia i zachęty, a w razie potrzeby stawał w obronie Stolicy Apostolskiej. Szczególnie "krakowskie" kazania (z lat 1877-99) są tego świadectwem. Stanowią niejako głos w dyskusji wywołanej w 1870 r. ogłoszeniem dogmatu o nieomylności papieża. W dwa lata po ukazaniu się encykliki Auspicato concessum Leona XIII, będącej pochwałą i zachętą do propagowania Trzeciego Zakonu, bł. Józef Sebastian zostaje tercjarzem św. Franciszka z Asyżu. Na wieść o mającej się odbyć w Rzymie wystawie godzącej w dobre imię Stolicy Świętej do zamierzającego w niej uczestniczyć profesora historii sztuki napisał: "(...) wystawę urządza (...) zaciekły wróg Kościoła i Stolicy św. i to w tym celu, by ojcu św. dokuczyć. Toć samo sumienie katolickie wymaga, aby w niej żadnego nie brać udziału (...). Byłoby to obrazą ojca św. i zdradą zasad katolickich"6. Z trzytomowego dzieła pt. Pius IX i jego pontyfikat (1908) przebija wielki szacunek wobec tej postaci, a pojawiające się od 1883 r. wypowiedzi papieża Leona XIII na temat modlitwy różańcowej znajdują swe echo w Krótkich wskazówkach, jak w odmawianiu różańca modlitwę ustną łączyć z rozmyślaniem (1917).
Takich przykładów realizacji zaleceń Stolicy Apostolskiej można znaleźć w życiu i twórczości Błogosławionego wiele.
Włączony we wspólnotę Kościoła, bp Pelczar miał świadomość swojego w niej miejsca. Unaocznia to, można by powiedzieć, na polską skalę plafon, zaprojektowany według jego sugestii, a umieszczony w kościele Sióstr Sercanek w Krakowie (bł. Józef Sebastian Pelczar jest założycielem tego Zgromadzenia). Widnieje na nim postać Błogosławionego, przyprowadzającego reprezentantów wszystkich stanów do stóp Maryi - Królowej Polski, otoczonej postaciami świętych.
Działalność Józefa Sebastiana, a przede wszystkim teksty, które wyszły spod jego ręki, świadczą o głębokim przejęciu się takim "pasterzowaniem dusz". Wykorzystując talenty, jakich Pan mu nie poskąpił, starał się przybliżać wszystkim naukę Chrystusa, z tą świadomością, że to - jak sam mówił - "Mistrz Boski uczyć was będzie, a ja tylko jako odźwierny drzwi będę otwierać"7. Życie duchowne, trzytomowy podręcznik doskonałości chrześcijańskiej napisany przez niego dla ludzi żyjących w świecie, doczekał się ośmiu wydań; czterokrotnie ukazały się Rozmyślania o życiu kapłańskim, czyli ascetyka kapłańska; trzykrotnie - Rozmyślania o życiu zakonnym dla zakonnic - a jest to zaledwie mały wycinek jego spuścizny pisarskiej, obejmującej dzieła ascetyczne, historyczne, apologetyczne, prawnicze, oratorskie itp. Ponadto w czasie zaborów jako jedyny z ordynariuszy przygotował i przeprowadził trzy synody. Niewątpliwie tych, z którymi się spotykał, chciał prowadzić do świętości.
Podsumowując życie jednego z kapłanów, bł. Józef Sebastian wypowiedział słowa, które wydają się najlepiej wyrażać jego osobiste przeżywanie tajemnicy Koś-cioła Chrystusowego: "Kościół był dlań tym, czym dla oka i serca wierzącego być powinien, tj. królestwem Bożym, arką ludzkości, naśladowczynią Chrystusa, czyli Chrystusem żyjącym i działającym w ludziach. Kościół był dlań Oblubienicą Pańską, czystą, niepokalaną dziewicą bez skazy i zmarszczki. Kościół był dlań matką świętą, czcigodną, ukochaną, toż cieszył się zawsze jej radością, smucił jej boleścią, czuł każdą krzywdę jej wyrządzoną..."8.