Uroczystość Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w 1900 r. zgromadziła, jak co roku zresztą, dziesiątki tysięcy pielgrzymów. W wigilię uroczystości - 14 sierpnia pielgrzymi obozowali i czuwali wokół Santuarium. Gdy zapadł zmrok, rozległy się odgłosy wystrzałów. Z oświetlonej wieży pięknie wystrzeliły w górę kolorowe fajerwerki. Widowisko trwało jakiś czas. Około godziny 23.00 zerwał się wiatr i wtedy na górnych kondygnacjach hełmu wieży pojawiły się języki ognia. Na ratunek pośpieszyli miejscy strażacy. Było jednak za późno... Wieża paliła się jak pochodnia... Istniała groźba, że górne kondygnacje runą na dachy kościoła... Pielgrzymi modlili się, leżąc na placu krzyżem... Czy stanie się cud? Jednak spadające fragmenty konstrukcji uszkodziły tylko dachy Pokoi Królewskich, kruchty i Kaplicy św. Antoniego Padewskiego.
Zamierzone wcześniej prace przy restauracji kościoła i klasztoru były realizowane nadal, lecz w znacznie wolniejszym tempie, albowiem główna uwaga zarówno ojców paulinów, budowniczych, jak i całego społeczeństwa skupiła się na odbudowie wieży.
Wieża, wzniesiona w pierwszej ćwierci XVII wieku, była wielokrotnie niszczona przez pożary, odbudowywana, przekształcana i restaurowana w latach 1655, 1703-14, 1799, 1825, 1841, 1850, 1856 i 1895. Składała się z sześciokondygnacyjnej części ceglanej i trójkondygnacyjnej części drewnianej, obitej blachą miedzianą. Pożar, który wybuchł w 1900 r., zniszczył całkowicie górną, drewnianą część wieży i spowodował wypalenie dolnej. Decyzja odbudowy wieży zapadła niemal natychmiast. Już bowiem w kilka dni po pożarze, 24 sierpnia, komisja ekspertów z udziałem architektów Stefana Szyllera i Józefa Piusa Dziekońskiego przeprowadziła wstępnie oględziny pogorzeliska. Stan ocalałych ruin uznano za dobry; postanowiono także, że wieża zostanie odbudowana przy użyciu trwalszych materiałów, takich jak stal i kamień. Sporządzenie projektu nowej wieży przeor Jasnej Góry - o. Euzebiusz Rejman powierzył Józefowi Piusowi Dziekońskiemu i Stefanowi Szyllerowi. Zadecydowano, że zostanie ona odbudowana w dawnym kształcie, lecz podwyższona do 106,3 m. Tradycją już było podwyższanie wieży po każdym jej zniszczeniu. Gotowe projekty, wraz z kosztorysem opiewającym na 157 tys. rubli, przesłano do zatwierdzenia władzom carskim 9 czerwca 1901 r. Tego dnia też została podpisana umowa na budowę wieży pomiędzy przeorem - o. Euzebiuszem Rejmanem a Stefanem Szyllerem.
12 sierpnia 1901 r. o. Rejman dokonał poświęcenia materiałów budowlanych. Przystąpienie do odbudowy latem 1901 r. było możliwe dzięki ofiarności społeczeństwa, które do 7 lipca tegoż roku zebrało sumę 150 tys. rubli. Przeprowadzone na wstępie szczegółowe badania zachowanych ruin wykazały konieczność rozebrania czterech górnych kondygnacji ceglanej części wieży, gdyż na skutek wysokiej temperatury cegły rozsypywały się w proch. Odkryto wówczas gotycką elewację zachodnią kościoła, odrestaurowano ją i wyeksponowano wewnątrz wieży. Przebadano także fundamenty. Okazało się wtedy, że mają one zaledwie około metra głębokości. W dodatku posadowione są na miejscu średniowiecznej studni, którą w XVII wieku zasypano i przykryto sklepieniem. W latach 1902-03 przeprowadzono więc wiele skomplikowanych prac wzmacniających fundamenty, a polegających na całkowitym oczyszczeniu studni do głębokości dziewięciu metrów i ponownym wypełnieniu jej betonem i ceglanym murem. Wzniesiono gigantyczne rusztowania drewniane.
Odbudowę wieży ukończono w 1905 r. 12 sierpnia, w czasie uroczystości poświęcenia krzyża na wieży, dokonanej przez przeora - o. Rejmana, w najwyższej bani hełmu zamknięty został dokument z opisem dziejów odbudowy. W końcu 1905 r. i na początku 1906 r. trwał jeszcze montaż sprowadzonego z Malines (Belgia) zegara z carillonem - 34 dzwonami, na których melodie grane są mechanicznie dzięki zastosowaniu pozytywkowego automatu, ale można je także wygrywać na specjalnej klawiaturze. Uroczyste poświęcenie odbudowanej wieży, z udziałem tysięcy wiernych i dostojników Kościoła, odbyło się w szóstą rocznicę pożaru, 15 sierpnia 1906 r. - w uroczystość Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny.
Wieża odbudowana została na konstrukcji stalowej, z cegły, oblicowanej z zewnątrz piaskowcem szydłowieckim. Detale architektoniczne wykuto z granitu, zaś cztery wielkie kolumny czwartej kondygnacji - z labradoru szwedzkiego. Trójkondygnacyjny hełm wykonano ze stali i blachy miedzianej. Wieżę odbudowano niemal w niezmienionym kształcie. Znaczniejszym przekształceniom uległa tylko murowana jej część. Zrezygnowano tam z odtworzenia gzymsów międzykondygnacjowych; na wysokości szczytu kościoła dodano neorenesansową galeryjkę z kamienną balustradą, zwieńczoną kulami na cokolikach. Pozostałe zmiany wynikły jedynie z zastosowania odmiennych niż poprzednio materiałów, co spowodować musiało niewielkie przekształcenia proporcji i detalu - korzystne zresztą dla ogólnego wyrazu estetycznego dzieła, sądząc na podstawie zachowanych materiałów ikonograficznych, ukazujących pierwotny stan budowli.
Odtworzono przy tym wszystkie elementy dekoracyjne, dodając jedynie paulińskiego kruka z chlebem w dziobie, wieńczącego iglicę wieży. Na trzeciej kondygnacji umieszczono cztery kamienne figury: św. Pawła Pierwszego Pustelnika, św. Floriana, św. Barbary i św. Kazimierza, zaś na balustradzie najwyższej kondygnacji ustawiono cztery figury wykute w blasze miedzianej według projektu Piusa Welońskiego, a przedstawiające: św. Augustyna, św. Wojciecha, św. Stanisława oraz papieża Leona XIII. Koszt odbudowanej wieży wyniósł ostatecznie 159 tys. rubli.
Patrząc na jej proporcjonalną sylwetkę, widoczną z odległości kilkudziesięciu kilometrów, w nocy bogato iluminowaną, można zrozumieć uczucia pielgrzymów, wędrujących w pieszych pielgrzymkach - oto ta wieża wskazuje cel pielgrzymki. A celem każdej pielgrzymki jest odnalezienie Boga i pojednanie się z Nim, uzyskanie duchowego pokoju i sensu życia. Ta wieża wskazuje miejsce, gdzie dokonać się może cud przemiany - przez wstawiennictwo Maryi, Matki Boga i naszej.