Papieska Akademia Teologiczna (dziś Uniwersytet Jana Pawła II w Krakowie) została ustanowiona w motu proprio polskiego papieża „Beata Hedvigis” z 8 grudnia 1981 roku.

W homilii kard. Kazimierz Nycz podkreślał, że był to „krok profetyczny”, sięgający wiele dziesiątków lat naprzód, aż „do dzisiejszych czasów i następnych, które idą i wymagają odpowiadania na wyzwania”. - Jeżeli mówimy o pewnej dalekowzroczności, to trzeba mieć na uwadze przede wszystkim osobę kard. Wojtyły, późniejszego Jana Pawła II. On doskonale wiedział, jak ważną rzeczą jest wykształcenie księdza, katechety, teologa świeckiego, ludzi świeckich w Kościele, katolickiej inteligencji. Wiedział, że to znajdzie kiedyś historyczne potwierdzenie, gdy przyjdzie czas wolności – mówił kard. Nycz.

Metropolita warszawski przypomniał historię uczelni, zwłaszcza od 1954 roku, kiedy to Wydział Teologiczny został usunięty z Uniwersytetu Jagiellońskiego, aż do współczesności. - Droga do powstania uniwersytetu była długa i byli na niej ludzie, którzy potrafili myśleć na wiele dziesiątków lat naprzód, niejako intuicyjnie przewidywać, co się może wydarzyć i co będzie potrzebne, a wśród trosk tamtego świata i Kościoła widzieli ważność i potrzebę uprawiania teologii, kształcenia ludzi w kierunku teologicznym – mówił.

Do głównych wyzwań uczelni katolickich kard. Nycz zaliczył interdyscyplinarność i wielowydziałowość, przytaczając zdanie ks. prof. Michała Hellera, który często powtarza, że „jeśli teologia nie chce pozostać w getcie współczesnego świata, musi się otworzyć na inne kierunki, inne dyscypliny naukowe, kościelne i świeckie”. - To jest jedno z ważniejszych wyzwań naszego współczesnego czasu, żebyśmy się nie zatrzymali tylko na zamartwianiu się, że mamy mniej księży do kształcenia, kleryków, że mniej świeckich przychodzi, ale abyśmy umieli szukać dróg, które nas prowadzą do rozmowy - mądrej, bez kompleksów - ze współczesnym światem na płaszczyźnie nauki – wskazywał kaznodzieja.

- Wymiana myśli ze współczesnym światem jest nieodzowna, by Kościół - powołany, by głosić Ewangelię dziś, nie jutro - spełnił swoje zadanie - mówił kard. Nycz.

Podziel się cytatem

Drugim ważnym wyzwaniem uczelni jest według kard. Nycza konieczność przygotowania ludzi do

rozumienia „świata, który wyrasta z krzyża, który wyrasta z chrześcijaństwa”. - Mądrze mówimy: ewangelizacja poprzez kulturę i ewangelizacja kulturowa. Jedno i drugie jest potrzebne. Dla kogoś, kto przyjdzie na te studia nie z motywów chrześcijańskiej wiary, to może będzie jakaś forma preewangelizacji – mówił kard. Nycz.

Korzenie UPJPII sięgają utworzonego w 1397 roku przez papieża Bonifacego IX, dzięki staraniom św. Królowej Jadwigi, Wydziału Teologicznego w Akademii Krakowskiej.

Wydział ten był przedmiotem szczególnej troski abp. Karola Wojtyły, a od 16 października 1978 roku papieża Jana Pawła II. W motu proprio "Beata Hedvigis" z 8 grudnia 1981 roku polski papież ustanowił Papieską Akademię Teologiczną w Krakowie. Pierwszym rektorem nowej uczelni był ks. prof. Marian Jaworski, późniejszy metropolita lwowski.

Na pierwszym posiedzeniu po pogrzebie Jana Pawła II Senat PAT podjął uchwałę o rozpoczęciu starań o przekształcenie Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II. Starania te popierali wielcy kanclerze PAT: kard. Franciszek Macharski i kard. Stanisław Dziwisz, który zwrócił się do Kongregacji Edukacji Katolickiej 15 października 2005 roku z prośbą o utworzenie Uniwersytetu Papieskiego w Krakowie.

Kongregacja Edukacji Katolickiej 19 czerwca 2009 roku wydała dekret erygujący Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie.