Kard. Stefan Wyszyński, kładąc się spać 29 listopada 1966 r., przewidywał długie nocne narady członków Komitetu Centralnego PZPR po rozmowie Andrzeja Werblana z mons. Agostino Casarolim, wysłannikiem papieskim. Ksiądz Prymas nie mylił się. Efektem obrad na najwyższym szczeblu był telefon Werblana do Sekretariatu Prymasa, w którym prosił o ponowne spotkanie z mons. Casarolim.

Działacz PZPR poinformował watykańską delegację, że papież Paweł VI może przyjechać do Polski. Skąd ta nagła zmiana decyzji? Komuniści zorientowali się, że popełnili bardzo poważny błąd, nakazując Werblanowi sztywne stanowisko w tej sprawie. Wiedzieli, jak została przyjęta w Polsce i na świecie odmowa przyjazdu Ojcu Świętemu na uroczystości milenijne na Jasnej Górze w dniu 3 maja. Stąd późniejsze ich deklaracje, że Papież może do Polski przyjechać. Ale obowiązywały one tak długo, jak długo nie było planów, by Paweł VI odwiedził kraj nad Wisłą. Gdy te się pojawiły, komunistyczne władze zapomniały o obietnicach i zwyciężyły doraźne interesy. Reakcje mons. Casarolego w czasie pierwszej rozmowy z Andrzejem Werblanem uświadomiły członkowi KC, że popełniony został kolejny błąd, może nawet większy niż poprzednim razem. Werblan zdołał przekonać swoich partyjnych kolegów i przełożonych do złagodzenia stanowiska. Pobyt Ojca Świętego był wyraźnie nie na rękę władzom Polski, dlatego w czasie nocnych dyskusji postanowiono zmienić taktykę: pozwolić tak, żeby z tego pozwolenia Paweł VI nie skorzystał. W Komitecie Centralnym wymyślono warunki, pod jakimi Papież mógłby przyjechać. 30 listopada Werblan przedstawił je watykańskiej delegacji. Najważniejszym okazała się absolutna dyskrecja do ostatniej chwili. Cel był nad wyraz oczywisty: nie dopuścić do tego, żeby na spotkanie z Ojcem Świętym zebrały się tłumy wierzących. Drugim warunkiem, jaki postawiła partia Papieżowi: niech Paweł VI przyjedzie nie do Częstochowy, ale do Wrocławia, gdzie w katedrze mógłby odprawić Mszę św. Było to wbrew woli Papieża, który nie tyle chciał być w Polsce, ile w Jasnogórskim Sanktuarium. Takie postawienie sprawy było skuteczną zaporą. Gdyby jednak Ojciec Święty przystał na Wrocław, stworzyłaby się okazja do wykorzystania Pawła VI dla swoich interesów: polityki antyniemieckiej. Wreszcie, trzecim warunkiem pozwolenia na przyjazd Ojca Świętego była obecność reprezentanta Rady Państwa.

Chociaż spotkanie przebiegało w lepszej atmosferze, watykański hierarcha był zaszokowany rozmową z Werblanem. Powodów do podobnych, nieprzyjemnych przeżyć miał zresztą więcej. W trakcie jego pobytu w Polsce na ręce Księdza Prymasa napłynęła decyzja Kuratorium Okręgu Szkolnego w Poznaniu w sprawie rektora Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie - ks. Kazimierza Więckowskiego. Kuratorium odmówiło zgody na dalsze zatrudnienie ks. Więckowskiego na tym stanowisku i wzywało kard. Stefana Wyszyńskiego jako ordynariusza archidiecezji gnieźnieńskiej do odwołania go z funkcji rektora. Ksiądz Prymas mógł swojemu gościowi pokazać, jak w praktyce władze komunistyczne w Polsce traktują prawo wobec Kościoła, czyli, że go nie przestrzegają. Mimo że Konstytucja PRL, międzynarodowa konwencja w sprawie zwalczania dyskryminacji w dziedzinie oświaty, dodatek z 28/29 stycznia 1963 r. do Deklaracji Praw Człowieka, nie dopuszczały do ingerencji państwa w przygotowanie do kapłaństwa, władze podejmowały tego typu decyzje. Casarolemu, przekonanemu o bezwzględnej zasadzie zobowiązującego charakteru ustanowionego przez prawowite władze praw, sprawa ks. Więckowskiego musiała dać wiele do myślenia.

Mons. Casaroli, najdelikatniej mówiąc zaskoczony postawą rządu PRL, następnego dnia, 1 grudnia, po południu udał się w podróż powrotną do Rzymu.

Po wyjeździe watykańskiej delegacji doszło do kolejnego spięcia na linii rząd - Kościół. Przedmiotem sporu były znowu seminaria duchowne. Po pozytywnym dla Księdza Prymasa rozpatrzeniu jego odwołania w sprawie rektora Więckowskiego, do ataku przystąpiło Ministerstwo Oświaty i Szkolnictwa. 7 grudnia jego funkcjonariusze wszczęli postępowanie w celu zamknięcia kilku seminariów diecezjalnych i zakonnych. Jeszcze tego samego dnia kard. Wyszyński został powiadomiony o likwidacji seminariów: jezuickiego w Warszawie i orionistów w Zduńskiej Woli. Dwa dni później na liście zagrożonych znalazły się cztery następne wyższe seminaria duchowne. Decyzja Prymasa Tysiąclecia była natychmiastowa. Z jego polecenia dzień później, 10 grudnia, sekretarz Episkopatu Polski, bp Zygmunt Choromański, wystosował w tej sprawie list do premiera Józefa Cyrankiewicza. Ksiądz Biskup zwracał uwagę, że działania mające na celu likwidację seminariów są sprzeczne z artykułem 70. Konstytucji PRL. Ponadto Ewentualna likwidacja wyższych seminariów duchownych - wyrażał stanowisko Księdza Prymasa i Episkopatu Polski bp Choromański - spotka się nie tylko ze sprzeciwem ludności katolickiej w Polsce, ale i całego świata, który obecnie jest szczególnie uwrażliwiony na wszelkie formy dyskryminacji religijnej, do której niewątpliwie należałaby likwidacja Wyższych Seminariów Duchownych.

10 grudnia bp Bronisław Dąbrowski przysłał do kard. Stefana Wyszyńskiego informację z wiadomością usłyszaną w Radiu Watykańskim: Ojciec Święty Paweł VI odprawi Mszę św. w Wigilię Bożego Narodzenia w bazylice Madonna Dei Fiori we Florencji i zaraz wróci do Rzymu. Prymas Tysiąclecia zanotował:

Czy to jest informacja dla nas, że nie mamy go oczekiwać na Jasnej Górze? Kielich Goryczy na zakończenie "Sacrum Millennium" dopełnia się. Będziemy go pić ze czcią do samego dna. Wszystko jest łaską! Może dlatego, by bardziej oczywista stała się moc Boża.

Następnego dnia wysłał do Ojca Świętego telegram z prośbą o błogosławieństwo i udzielenie przywileju odpustu zupełnego na zakończenie Roku Tysiąclecia Chrztu Polski. Ksiądz Prymas był świadomy, że gdy papież Paweł VI prześle takie błogosławieństwo, będzie to oznaczało, że nie przyjedzie do Polski. Tego samego dnia w Życiu Warszawy ukazał się artykuł stałego korespondenta tej gazety z Rzymu. Jego treść wyraźnie mówiąca, iż rząd Polski nie zmieni swego stanowiska wobec Kościoła, była sugestią, iż nie wyrazi zgody na przyjazd Papieża. Pobyt Pawła VI na Pasterce stał się właściwie nierealny. 13 grudnia odbyła się nadzwyczajna Konferencja Plenarna Episkopatu Polski zwołana w związku z zagrożeniem istnienia seminariów duchownych. Z inicjatywy Księdza Prymasa biskupi wystosowali odezwę do wiernych, której projekt przygotował sam kard. Stefan Wyszyński:

Episkopat Polski zwraca się do Was z wielkim bólem serca, pełen niepokoju o zagrożone w swej pracy i istnieniu wyższe seminaria duchowne. Władze oświatowe zażądały usunięcia rektorów sześciu wyższych seminariów duchownych i zapowiedziały zamknięcie czterech seminariów. Rozumiemy, że jest to początek szerszej akcji, która wkrótce mogłaby pozbawić Kościół święty w Polsce młodych kapłanów. Czujemy wielkie zagrożenie Kościoła w jego posłannictwie, bycie i pracy apostolskiej. Jest to próba podważenia wyłącznych praw Stolicy Świętej, od której zależą seminaria duchowne.

Stojąc w obliczu tego zagrożenia, biskupi polscy, zebrani na nadzwyczajnej Konferencji Plenarnej w Warszawie w dniu 13 grudnia, wzywają wiernych katolików do serdecznej modlitwy w intencji naszych wyższych seminariów duchownych.

Młodzież duchowna wraz ze swoimi rektorami i profesorami uda się na Jasną Górę, by modlitwą wybłagać spokój w pracy wewnętrznej naszych wyższych uczelni duchownych. Biskupi polscy przedstawiają władzom państwowym prawa Kościoła świętego do swobodnego wychowania przyszłych kierowników sumień wierzącego Ludu Bożego. O wyniku tych przedłożeń będziemy Was informowali w następnych komunikatach.

Umiłowani Kapłani, drogi Ludu Boży! Prosimy Was o modlitwę przed tronem Królowej Apostołów i Dziewicy Wspomożycielki za profesorów i za młodzież duchowną naszych seminariów.