Już w piątek 1 kwietnia po usłyszeniu wiadomości o pogorszeniu się stanu zdrowia Papieża pielgrzymi jasnogórscy podjęli nocne czuwanie w Jego intencji. Była to głównie młodzież maturalna, do której dołączyło wielu indywidualnych pielgrzymów. Czuwanie rozpoczęło się Apelem Jasnogórskim. „Maryjo, Jasnogórska Bogurodzico, przychodzimy do Ciebie z sercami ściśniętymi bólem i troską o Ojca Świętego Jana Pawła II - tymi słowami o. Zachariasz Jabłoński rozpoczął rozważanie. - U progu swego pontyfikatu, 22 października 1978 r., na Placu św. Piotra Jan Paweł II wołał: «Proszę Was, bądźcie ze mną na Jasnej Górze i wszędzie». Dzisiaj wyjątkowo żarliwie odpowiadamy na tamto wezwanie”. Błogosławieństwa na zakończenie Apelu Jasnogórskiego udzielił bp Rimantas Norvila z Litwy.
W sobotę nieprzerwanie trwały modlitwy za Papieża Polaka. Oprócz grup zorganizowanych przybywali częstochowianie i pielgrzymi jasnogórscy. Szczególnie licznie wypełniona była Kaplica podczas Mszy św. o godz. 18.30, sprawowanej za Papieża. Modlitwie apelowej przewodniczył były generał Zakonu Paulinów - o. Józef Płatek. „Stał się (Papież) wyjątkowym świadkiem nadziei, przez kolejne lata pontyfikatu głosząc współczesnemu światu, trudnemu pokoleniu, Ewangelię nadziei i otwierając drzwi i serca Chrystusowi. On nadal jest świadkiem nadziei: w swoim cierpieniu, w swojej chorobie i w swoim odchodzeniu od nas” - mówił o. Płatek. W Apelu uczestniczyli: metropolita częstochowski abp Stanisław Nowak oraz bp Edward Dajczak z Zielonej Góry.
Po modlitwie apelowej do pielgrzymów modlących się w Kaplicy, w Bazylice i na dziedzińcu dotarła wiadomość o śmierci Papieża, którą podał abp Nowak. W całkowitym milczeniu ok. godz. 22.35 rozpoczęła się Msza św. w intencji śp. Ojca Świętego, której przewodniczył abp Nowak w koncelebrze z bp. Dajczakiem i wikariuszem generalnym Zakonu Paulinów - o. Tomaszem Ciołkiem. „Umarł Święty. Nie tylko Ojciec Święty. Odszedł z tego świata człowiek, który był bardzo blisko Boga - powiedział abp Nowak. - Niech Ta, której tak pięknie służył, której się zawierzył, utuli nas, którzy płaczemy. I niech doprowadzi Go do Syna”. Na Mszy św. obecni byli m.in.: prezydent Częstochowy Tadeusz Wrona wraz z małżonką, siostry zakonne, bracia zakonni i setki wiernych, którzy modlili się za Papieża przez całą noc.
W niedzielę wierni licznie przybywali pod pomnik Jana Pawła II na bastionie Polonii Chicagowskiej, składając kwiaty i zapalając znicze. Na Szczycie Jasnogórskim ustawiono fotel Jana Pawła II, który służył Papieżowi w czasie pierwszej pielgrzymki na Jasną Górę, obok ustawiono portret Papieża, przepasany żałobną wstęgą. W samo południe w Kaplicy Matki Bożej, w Bazylice, na dziedzińcach i na placu przed Szczytem został utworzony łańcuch „Z życia do życia”.
Uroczystej Mszy św. wspólnotowej za śp. Jana Pawła II o godz. 18.30 na Szczycie przewodniczył generał Zakonu Paulinów - o. Izydor Matuszewski. Na placu, w Kaplicy i w Bazylice zgromadziło się kilkadziesiąt tysięcy wiernych pragnących modlić się za Papieża. „Gromadzimy się na tej wielkiej modlitwie dziękczynienia za wielką postać - Ojca Świętego Jana Pawła II, naszego Rodaka, Proroka naszych czasów - mówił na początku Eucharystii Ojciec Generał - Wiele razy z tego miejsca do nas mówił, głosił Ewangelię życia i miłości, a w szczególny sposób uczył nas zawierzenia Matce Bożej. Sam mówił w tym miejscu: «Jestem człowiekiem zawierzenia» (...). Dlatego też dziękujemy Bogu za ten dar, za Jego przesłanie (...)”.
Kazanie wygłosił o. Piotr Polek, który apelował o realizację w codziennym życiu papieskiego testamentu. Zachęcił, by czynić to z różańcem w ręku.
Przed Mszą św. ze Szczytu Jasnogórskiego o. Nikodem Kilnar, podprzeor Jasnej Góry, poprowadził modlitwę różańcową. Jasnej Górze w tych dniach towarzyszyły m.in.: Telewizja Polska Program I i II, Telewizja „Trwam”, TV Katowice, TVN oraz rozgłośnie radiowe.