Przez wieki wierni pielgrzymujący z całej Europy do grobu apostoła Piotra korzystali z drogi zwanej via Francigena. Szlak ten biegł przez Europę, północne Włochy i kończył się przy Bramie św. Piotra (zwanej również Porta Viridaria), która była jednym z wejść do Watykanu, wzniesionym w średniowiecznych murach obronnych otaczających bazylikę i sąsiadującą z nią dzielnicę Borgo. Dziś nieużywana Brama Sancti Petri, którą otaczają dwie gotyckie wieże obronne, „schowana” jest za prawym łukiem kolumnady otaczającej Plac św. Piotra i uchodzi uwadze spieszących przechodniów. Mało kto zdaje sobie również sprawę z tego, że dzisiejsza via del Pellegrino (ulica Pielgrzyma) - krótka uliczka Watykanu znana prawie wszystkim wiernym odwiedzającym Wieczne Miasto, gdyż znajdują się przy niej biura „L’Osservatore Romano”, gdzie można nabyć watykańskie czasopisma oraz zdjęcia z papieskich audiencji - to ostatni odcinek dawnego średniowiecznego szlaku.
Tak jak przed wiekami, wznosi się tutaj mały kościółek dedykowany św. Peregrynusowi - rzymskiemu kapłanowi i misjonarzowi, pierwszemu biskupowi francuskiego miasta Auxerre, który poniósł śmierć męczeńską w czasach prześladowań chrześcijan w IV wieku. Chodzi o bardzo starą świątynię, gdyż istniała ona już za pontyfikatu Leona III (795-816), który przekazał w darze kościołowi srebrną lampę - czytamy o tym w księdze „Liber Pontificalis”, która wspomina „oratorium S. Peregrini … in hospitale domicilio ad naumachiam”. Jak widać, w owych czasach kojarzono kościół z „naumachia” (w starożytnym Rzymie był to naturalny lub specjalnie wybudowany zbiornik wody przeznaczony na szczególny rodzaj widowisk - bitwy morskie), którego ruiny musiały znajdować się gdzieś niedaleko. Prawdopodobnie z tufowych bloków naumachii zbudowano fundamenty pierwszego kościoła. Jego plan był bardzo prosty: pojedyncza nawa o niewielkich rozmiarach: 12,86 x 6,73 m, zakończona absydą i oświetlona dziewięcioma oknami. Kościół miał bardzo bogatą dekorację, z której do naszych czasów przetrwały ciekawe freski widoczne w absydzie.
Prace restauracyjne przeprowadzone w latach 1976-77 pozwoliły na ich dokładne przebadanie. Najstarszy przedstawia Chrystusa Pantokratora - jest to jeden z nielicznych w Rzymie dobrze zachowanych fresków z IX wieku. Po jego bokach widnieją cztery postacie: dwóch papieży i dwóch diakonów - średniowieczne freski przemalowane prawdopodobnie w XVII wieku według starych kanonów. Ponad absydą, na łuku tryumfalnym znajdują się natomiast freski przedstawiające św. Jana Ewangelistę i św. Jana Chrzciciela (w medalionach) oraz św. Pawła (po lewej). Gdy w 1977 r. wzniesiono - zgodnie z nowymi wymogami liturgicznymi - nowy ołtarz, zwrócony w stronę wiernych (coram populo), XV-wieczny fresk, który znajdował się nad starym ołtarzem, umieszczono przy bocznej ścianie kościoła. Malowidło to wykonał nieznany malarz z Marchii, najprawdopodobniej uczeń Arcangela di Cola da Camerino. Przedstawia ono Matkę Bożą z Dzieciątkiem pod baldachimem, o gotyzujących jeszcze formach, podtrzymywanym przez cztery anioły - obraz ten nawiązuje do przedstawień Matki Bożej Loretańskiej i historii Świętego Domku w Loreto.
W 1590 r. kanonicy watykańscy, którym podlegał wówczas kościół, przebudowali go gruntownie. Przede wszystkim podniesiono o 2 m poziom podłogi, zamurowano gotyckie okna, zastępując je prostokątnymi otworami okiennymi, oraz wykonano nową dekorację wnętrza. W oknach i na jednej z bocznych ścian umieszczono witraże znanego artysty Giovanniego Hajnala (ten sam artysta jest autorem witraży w Auli Pawła VI, w której odbywają się audiencje papieskie).
W 1653 r. rozpoczął się nowy etap w dziejach kościoła przy Via Francigena: w tym to właśnie roku, na prośbę komendanta Rodlofa von Pfyffera, Innocenty X oddał w użytkowanie świątynię wraz z przylegającym do niej małym cmentarzem papieskiej Gwardii Szwajcarskiej. W 1671 r. Szwajcarzy wznieśli nową fasadę kościoła oraz jego elegancki kasetonowy strop. Herby Pfyfferów - szwajcarskiego rodu, z którego wywodziło się wielu dowódców papieskiej Gwardii, oraz innych komendantów znajdują się dzisiaj na wewnętrznej fasadzie. Z tego okresu pochodzą też liczne marmurowe płyty nagrobne przechowywane w kościele.
Gwardziści użytkowali kościół i byli chowani na sąsiadującym z nim cmentarzu aż do 1870 r., gdy wojska piemonckie zajęły Rzym, a papież ogłosił się „więźniem Watykanu” i zamknął się w Pałacu Apostolskim.
Na początku XX wieku kościół stał się kaplicą żandarmerii papieskiej, a po jej rozwiązaniu przez Pawła VI w 1970 r. - kaplicą cywilnej służby bezpieczeństwa. W Roku Świętym 2000 Jan Paweł II przywrócił do życia żandarmerię Państwa Watykańskiego, a w czerwcu 2005 r. Benedykt XVI mianował jej kapelanem ks. prał. Giulia Vivianiego, swego ceremoniarza. Nowy kapelan otoczył duszpasterską opieką papieskich żandarmów, szczególnie młodych rekrutów, którzy spędzają większość czasu na służbie i w koszarach. Zadbał także o kościół św. Peregrynusa, gdzie o godz. 7 odprawia codzienną Mszę św. Z jego polecenia ta zabytkowa kaplica jest otwarta każdego przedpołudnia, by mogli z niej korzystać zarówno pracownicy watykańscy, jak i pielgrzymi odwiedzający Watykan.

* * *

Na fasadzie kościoła, nad wejściem wmurowano majolikę przedstawiającą postać św. Peregrynusa z aniołkiem u jego stóp. Anioł trzyma w ręku zwój papieru z maksymą świętego biskupa Auxerre:
NULLA MIHI PATRIA NISI CHRISTUS NEC NOMEN ALIUD QUAM CHRISTIANUS
NIE MAM ŻADNEJ OJCZYZNY TYLKO CHRYSTUSA ANI INNEGO IMIENIA JAK CHRZEŚCIJANIN
Warto zastanowić się nad tymi słowami, które przypominają nam, że wszyscy jesteśmy jedynie pielgrzymami wędrującymi do Ojca Niebieskiego.