Projekt, którego autorem jest Andrzej Mikulski, zakłada architektoniczną realizację nauczania Papieża Polaka. Centralnym miejscem obiektu będzie kościół - kard. Stanisław Dziwisz ma nadzieję, że pod wezwaniem błogosławionego (świętego) Jana Pawła II. Pozostałe elementy założenia podporządkowane są cnotom: wierze - muzeum Papieża, prawdzie - instytut badań nad nauczaniem Jana Pawła II, miłości - centrum szkolenia wolontariatu, mądrości - centrum konferencyjne. Budynki skierowane będą na bazylikę Miłosierdzia Bożego, dla zobrazowania najważniejszego przesłania Papieża. Z kościoła w stronę bazyliki będzie prowadziła aleja upamiętniająca pielgrzymki Papieża do Polski. Plac przed Centrum ma przypominać świątynię pod gołym niebem, a jej filarami będą obeliski upamiętniające 14 encyklik Jana Pawła II. Zielone tereny wokół Centrum będą skrywać Dróżki Miłosierdzia Bożego, plenerową Drogę Krzyżową oraz Centrum rekolekcyjne.
Centrum zostanie wybudowane bez przesadnego monumentalizmu. Architektura będzie miała charakter tradycyjny, nawiązujący do dawnych budowli Krakowa wykonanych z cegły i kamienia.