Na lotnisku w Dżubie na pokład samolotu weszli, oprócz nuncjusza apostolskiego w Sudanie Południowym, również: anglikański arcybiskup Canterbury Justin Welby i moderator Zgromadzenia Ogólnego prezbiteriańskiego Kościoła Szkocji pastor Iain Greenshields, z którymi Franciszek odbędzie ten etap swej podróży.

Na płycie lotniska papieża powitał prezydent Salva Kiir Mayardit. Odegrano hymny Watykanu i Sudanu Południowego, po czym Franciszek i Kiir odbyli pierwszą rozmowę w sali VIP budynku lotniska. Następnie odjechali do State House, który jest siedzibą południowosudańskich władz.

Hasłem papieskiej wizyty w Sudanie Południowym są słowa Jezusa: „Proszę, aby wszyscy byli jedno”, zaczerpnięte z tzw. Modlitwy Arcykapłańskiej z Ewangelii św. Jana. W Dżubie papież przebywać będzie do niedzieli 5 lutego, kiedy powróci do Rzymu.