Początkowo w gnieźnieńskim ośrodku organizacji państwowej i kościelnej powstała szkoła katedralna, która utrzymywała kontakty z Akademią Krakowską. Kiedy szkoła ta zaczęła podupadać, powstał pierwszy projekt stworzenia placówki przygotowującej do stanu duchownego. Chciano na ten cel przeznaczyć zabudowania Zakonu Bożogrobców. Projekt nie został jednak zrealizowany. Dopiero uchwały Soboru Trydenckiego nakazywały każdemu arcybiskupowi utworzenie w diecezji szkoły przygotowującej do kapłaństwa. Abp Stanisław Karnkowski wyraził chęć założenia seminarium duchownego, które powstało w 1591 r. w Kaliszu. W roku 1598, dekretem tego samego arcybiskupa, zostało powołane do życia drugie seminarium duchowne, tym razem z siedzibą w Gnieźnie. Po czterech latach (1602) ukazał się nowy dekret erekcyjny. Rok po jego wydaniu rozpoczęto zajęcia. Pierwszy drewniany budynek seminarium nie służył zbyt długo, gdyż spłonął w czasie pożaru Gniezna w 1613 r. Trzynaście lat później abp Wawrzyniec Gembicki przeniósł seminarium kaliskie do Gniezna. Potop szwedzki sprawił, że niemożliwe było utrzymanie więcej niż jednego prefekta i trzech kleryków w seminarium.
Na losach domu przygotowującego młodych ludzi do stanu duchownego odbiły się także skutki wojny północnej. Abp Stanisław Szembek zreorganizował seminarium i oddał w zarząd Księży Misjonarzy św. Wincentego à Paulo. Liczba kleryków tak się zwiększyła, że trzeba było ich rozlokować w prywatnych domach. Stan budynku seminaryjnego był tak zły, że w czasie wichur seminarzyści często musieli opuszczać gmach, gdyż groził zawaleniem. Nowe seminarium pobudował abp Kazimierz Ostrowski. Mieściła się w nim kaplica, sala wykładowa, refektarz, dwie salki oraz pokoje dla kapłanów pragnących odbyć tutaj rekolekcje. Mimo wielokrotnych przebudowań zasadnicza struktura gmachu została do dziś. Po drugim rozbiorze Gniezno znalazło się pod rządami pruskimi. Zaborca niechętnie patrzył na seminarium, gdyż widział w nim ostoję polskości. Po upadku Napoleona nastąpił podział terytorium Księstwa Warszawskiego. Prusacy, dążąc do likwidacji archidiecezji i wszystkich zakonów, doprowadzili do usunięcia Księży Misjonarzy z Gniezna. Do zamknięcia seminarium nie dopuścił abp Marcin Dunin, tworząc wspólne seminarium dla diecezji gnieźnieńskiej i poznańskiej. W okresie Kulturkampfu antykościelna polityka rządu pruskiego osiągnęła punkt kulminacyjny i doprowadziła do czasowego zawieszenia działalności seminarium. Po ustaniu Kulturkampfu wznowiono pracę formacyjną nad kandydatami do kapłaństwa.
Po pierwszej wojnie światowej abp August Hlond nakazał podjęcie prac mających na celu dobudowanie trzeciego piętra oraz dwóch bocznych skrzydeł biegnących w głąb podwórza. Podjęcie takiej decyzji było podyktowane wzrostem liczby kandydatów. Wraz z przebudową zmieniono organizację studiów. Zaczęto w Gnieźnie prowadzić dwuletnie Studium Filozoficzne, natomiast w Poznaniu czteroletnie Studium Teologiczne dla kleryków obu diecezji.
Po wybuchu drugiej wojny światowej studia seminaryjne zostały przerwane. Budynek został zajęty przez wojsko niemieckie, a później przez policję. Zorganizowano w nim szkołę dla Volksdeutschów. Po wyzwoleniu miasta 99 alumnów obu diecezji, gnieźnieńskiej i poznańskiej, rozpoczęło studia w Gnieźnie. Pierwszych powojennych święceń udzielono czterem diakonom 15 lipca1945 r. W roku 1948 wrócono do przedwojennego modelu; studia filozoficzne w Gnieźnie, teologiczne w Poznaniu. Ten stan zmienił się, gdy prymas Stefan Wyszyński, w porozumieniu z abp. Dymkiem, powołał do życia odrębne Seminarium gnieźnieńskie z pełnym sześcioletnim programem filozoficzno-teologicznym. W latach sześćdziesiątych poborowi kleryków do wojska i atmosferze walki z Kościołem towarzyszył spadek liczby powołań. Sytuacja zmieniła się po wizycie Jana Pawła II w naszym kraju. Celem poprawienia warunków pracy alumnów Ksiądz Arcybiskup wyraził zgodę na rozpoczęcie budowy nowego gmachu seminarium. Kamień węgielny pod budowlę wmurował abp Józef Glemp w 1982 r. Gmach ukończono w 1990 r. Połączono go piętrowym łącznikiem ze starą budowlą. W nowej części mieści się kaplica, aula, pięć dużych sal wykładowych, czytelnia, mieszkania dla alumnów, profesorów i gości.
Śledząc historię naszego Seminarium, widzimy wyraźnie, że Kościół gnieźnieński nieustannie był zatroskany o to, by posyłać na niwę Pana nowe zastępy kapłanów. Każdy z nas jest wezwany do tego, aby wypraszać u Boga nowe powołania. Chciejmy w tym roku dziękczynienia za 400-lecie istnienia Seminarium w sposób szczególny prosić Boga o nowe, święte i liczne powołania kapłańskie.