Podziemia archikatedry stawały się w ciągu stuleci wielowarstwowym cmentarzyskiem, gdzie nad trumnami pochowanych we wczesnej epoce piastowskiej składano zmarłych w późniejszych wiekach. Krypty łączono ze sobą lub zamurowywano.
Dziś w podziemiach świątyni z czasów piastowskich zachowały się groby książąt mazowieckich, a wśród nich Janusza Starszego i Bolesława III. To książę Janusz w 1406 r. przeniósł z Czerska do Warszawy swoją książęcą stolicę, a także przyczynił się do podniesienia kościoła św. Jana, którego był hojnym opiekunem, do godności kolegiaty. Wraz z synem Bolesławem III uczestniczył w bitwie pod Grunwaldem. Ich grobowca strzeże piastowski orzeł, a w krypcie na tablicy znajdują się słowa księcia Janusza wypowiedziane po zwycięstwie grunwaldzkim pełne wdzięczności wobec Boga i polskiego władcy Władysława Jagiełły.
Oddzielnie umieszczono odnalezione w 1953 r. trumny ostatnich książąt mazowieckich - Stanisława I (zm. 1524) i Janusza III (1526) oraz ich siostry Anny. W Krypcie Książąt Mazowieckich znajduje się też czternastowieczna mensa gotycka z wielkiego ołtarza, na której przez stulecia odprawiane były Msze św. Odnaleziona ona została po II wojnie światowej wśród gruzów archikatedry. Po lewej stronie mensy znajduje się srebrna trumna Izabeli Wazówny, córki Władysława IV.
Zwiedzając krypty możemy zatrzymać się przy grobowcu ostatniego polskiego króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, którego zwłoki sprowadzono do archikatedry w 1995 r. Tenże władca 25 listopada 1764 r. był koronowany w katedrze warszawskiej i przez lata swego panowania tutaj często się modlił. W osiemnastowiecznej krypcie znajdują się marmurowe tablice inskrypcyjne "Pamięci przodków - potomkowie". Wśród zasłużonych artystów doby stanisławowskiej mają tu swoje epitafia nadworny malarz króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, Marcello Bacciarelli i nadworny rzeźbiarz, Franciszek Pinck, twórca posągu Jana Sobieskiego w Łazienkach.
Bardzo zadbana jest Krypta Arcybiskupów Warszawskich. Tu spoczywa niedawno wyniesiony na ołtarze bł. abp Zygmunt Szczęsny Feliński. W krypcie pochowani są też arcybiskupi metropolici warszawscy Antoni Melchior Fijałkowski, którego pogrzeb w 1861 r. był wielką manifestacją uczuć narodowych, a także Wincenty Teofil Chościak Popiel. W pobliżu jest też grobowiec sł. Bożego kard. Augusta Hlonda, który po wojnie rozpoczął odbudowę katedry. Niegdyś w podziemiach znajdował się grobowiec sł. Bożego kard. Stefana Wyszyńskiego, ale znajduje się on obecnie we wzniesionej w latach 1986-1987 kaplicy-mauzoleum.
W osobnej krypcie pochowany jest zamordowany w grudniu 1922 r. w warszawskiej Zachęcie Gabriel Narutowicz, pierwszy prezydent II Rzeczypospolitej. Z kolei w największej krypcie archikatedry znajdują się sarkofagi prezydenta Ignacego Mościckiego (jego zwłoki sprowadzono ze Szwajcarii w 1993 r.) i premiera i wybitnego muzyka Ignacego Jana Paderewskiego (do Polski sprowadzono je z USA w 1992 r.). Są tu też prochy gen. Kazimierza Sosnkowskiego. W krypcie umieszczono duży napis: Pax vobiscum bene de Patria meriti - Pokój wam, dobrze zasłużonym dla Ojczyzny.
Osobne miejsce zajmuje grobowiec Henryka Sienkiewicza. Autor Quo vadis i laureat Literackiej Nagrody Nobla, który zmarł w 1916 r. w
Szwajcarii, został uroczyście pochowany w katedrze w 1924 r.
Ale nie tylko w podziemiach czci się wielkich Polaków. W samej archikatedrze znajduje się wiele witraży, obrazów, tablic i epitafiów dedykowanych wybitnym synom narodu polskiego. Wśród nich poświęcone są ostatnim książętom mazowieckim Stanisławowi I i Januszowi III, braciom Wolskim - Mikołajowi, biskupowi włocławskiemu i Stanisławowi, kasztelanowi sandomierskiemu, królom Zygmuntowi III Wazie, Władysławowi IV, Janowi Kazimierzowi, Janowi III Sobieskiemu, Augustowi II, Stanisławowi Leszczyńskiemu, patrycjuszowi Jerzemu Baryczce, który przywiózł do Polski krucyfiks z figurą Pana Jezusa, Wojciechowi Baryczce, koniuszemu królów Zygmunta III i Władysława IV, Karolowi Chodkiewiczowi, jednemu z najświetniejszych wodzów Rzeczypospolitej, hetmanowi Stefanowi Czarnieckiemu, gen. Tadeuszowi Kościuszce, dyktatorowi Powstania Styczniowego Romualdowi Trauguttowi, narodowemu kaznodziei ks. Piotrze Skardze, muzykowi królewskiemu Adamowi Jastrzębskiemu, ks. Ignacemu Skorupce, Józefowi Piłsudskiemu, Romanowi Dmowskiemu, Wincentemu Witosowi, Wojciechowi Korfantemu, Ignacemu Paderewskiemu i Stefanowi Starzyńskiemu. Upamiętniono też biskupów, m.in. Andrzeja Załuskiego, Adama Naruszewicza, Antoniego Okęckiego, Zygmunta Choromańskiego, kardynałów Aleksandra Kakowskiego, Augusta Hlonda i Stefana Wyszyńskiego. Nie zapomniano o obrońcach Ojczyzny w latach 1914-1921. W katedrze znajduje się ustawiony w 1926 r. i odtworzony ze zniszczeń wojennych pomnik 600 tys. Polaków poległych w tym okresie na polach bitew. Wewnątrz urny umieszczono ziemię zebraną z pobojowisk świata. Nie zabrakło tablic poświęconych obrońcom Ojczyzny w latach II wojny światowej. Uczczono m.in. polskie kobiety, lotników, marynarzy, a także kapłanów archidiecezji warszawskiej, którzy oddali swe życie w latach 1939-1945. Są też tablice przypominające bohaterów Powstania Warszawskiego broniących katedry ze zgrupowania "Róg" i batalionu "Wigry".