Jak mówi ks. Romuald Brudnowski, kustosz Kaplicy Czaszek, na określony program ideowy, który towarzyszył jej budowie, zwrócił uwagę ostatnio ks. Tadeusz Fitych, naukowiec, rezydent parafii w Kudowie-Czermnej. Według niego, to rodzaj katechezy dla człowieka Oświecenia, epoki, która chciała wszystko zmierzyć, zważyć, prześwietlić. Godne uwagi było dla niej tylko to, co udało się ocenić ludzkim rozumem, wyjaśnić. Racjonalizm posunięty do bólu, groźny dla religii, bo odrzucający aspekt nadprzyrodzony, i dla psychiki człowieka, bo niedający odpowiedzi na nurtujące go od zarania pytanie: Co po śmierci?
Elementy tej katechezy możemy zaobserwować w wystroju kaplicy. Najpierw widzimy ogromną liczbę kości, które potraktowano jak zwykły materiał. Potem zgodnie z zasadą od ogółu do szczegółu zwracamy uwagę na ołtarz z figurą Chrystusa Ukrzyżowanego, a potem na ściany boczne, w których między piszczelami kryją się figury aniołów trzymających wymowne sentencje. Mamy więc do czynienia z czytelnym programem ideowym. W centrum - na ołtarzu - jest Chrystus, który oddał życie, żeby wybawić ludzkość od grzechu pierworodnego, dając tym samym życie wieczne tym, którzy w Niego uwierzą. A więc życie ma sens, nie kończy się wraz z ziemską egzystencją. Zawierzyć Chrystusowi, znaczy pójść za Jego wskazaniami. Podkreślają to figury aniołów. „Surgite mortui!” („Powstańcie z martwych!”) - nawołuje, dzierżąć trąbę pierwszy. „Venite ad iudicium!” („Pójdźcie na sąd!”) - wzywa drugi, trzymający wagę do osądzania ludzkich uczynków.

Czeski zakątek

Obie sentencje są po łacinie i po czesku. Łacina była w XVIII wieku językiem liturgicznym Kościoła, po czesku zaś dlatego, że w tym rejonie mieszkało bardzo wielu Czechów, choć oficjalnie był to obszar niemieckojęzyczny. Tak wielu, że rejon Kudowy nazywano nawet czeskim zakątkiem. Co ciekawe, Czechem był też ks. Tomášek, budowniczy Kaplicy Czaszek. Wiemy też o ks. Tomášku, że do Czermnej przybył z miejscowości Chozen, że był proboszczem w Czermnej 40 lat i że cmentarne dzwony pożegnały go 9.08.1804 r. Niewiele. Takie życiorysy to dla historyków zmora.
Skąd pomysł w głowie ks. Tomáška, żeby stworzyć tak przejmujące miejsce jak Kaplica Czaszek? Publikacje popularne podają, że była to po części potrzeba. Ks. Tomášek podczas pobytu w Rzymie zobaczył poniewierające się ludzkie kości pierwszych chrześcijan w pootwieranych grobach w katakumbach. Okazało się, że na ziemi kłodzkiej też można było zobaczyć takie sceny. Tak położony strategicznie region jak ziemia kłodzka, narażony był co jakiś czas na przemarsze wojsk, które ciągnęły za sobą różne choroby. Czasami „maszerowały” z nimi epidemie. Nie zawsze pochówki były dokładne, bywało, że chowano ludzi w zbiorowych mogiłach. Gdy kiedyś ks. Tomášek zobaczył, że psy wygrzebały ludzie kości, kazał je wydobyć. Wtedy grabarz natrafił na zbiorową mogiłę. Tak mówi lokalna tradycja. Kości szukano potem także w lasach, na polach, w czym pomagali ks. Tomáškowi grabarz i kościelny. Przez lata to specyficzne trio zgromadziło grubo ponad 20 tys. ludzkich szczątków, głównie ofiar wojny 30-letniej (1618-48), zarazy z 1680 r. i wojny 7-letniej (1756-63).
Zanim kości trafiły do Kaplicy Czaszek, poddano je oczyszczeniu i ługowaniu.
Ściany w kaplicy wyłożono ok. 3 tys. czaszek i piszczeli, zaś piwnicę wypełniono ponad 20 tys. szkieletów. To tylko liczby, bardziej przemówi taki obraz: na Dolnym Śląsku 23 tys. mieszkańców liczy niejedno miasto.
Pierwotnie kości w piwnicy sięgały do klapy, którą można otworzyć, jeśli ktoś lubi takie widoki. Czas, niestety, robi swoje. Jest bezlitosny.

Sanktuarium milczenia

Kaplica Czaszek to miejsce szczególne z wielu powodów. Dla wielu to sanktuarium milczenia, memento, symbol „bram wieczności”. Bram, do których dotarli też dawni wrogowie, stojący kiedyś po dwóch stronach barykady, a dziś spoczywający zgodnie w kaplicy, jak bracia.
Kaplica Czaszek to także małe muzeum antropologiczne. Na ołtarzu wyeksponowano oprócz domniemanej czaszki ks. Tomáška także kilka innych czaszek, m.in. grabarza, który pomagał ks. Tomáškowi w budowie i wyposażeniu kaplicy, a także weneryka, Mongoła, Tatara, sołtysa Martyńca, żony sołtysa, czaszkę w przekroju. Ponadto piszczele: źle zrośniętą, przestrzeloną i, jak chce legenda, żołnierza-wielkoluda poległego w wojnie 30-letniej. Wielkolud miał grubo ponad 2 m wysokości. Ks. Romuald Brudnowski wprowadził w Kaplicy Czaszek zwyczaj odprawiania Mszy św. nocą z 14 na 15 sierpnia, w święto Wniebowzięcia NMP. Maryja bowiem w szczególny sposób patronuje umierającym, a ponadto uroczystość Wniebowzięcia NMP przypomina, że śmierć nie jest końcem życia człowieka, dlatego pozwala spojrzeć w przyszłość z nadzieją, i zarazem zwraca uwagę na odpowiedzialność za to, co się z nim stanie po śmierci.