W sierpniu 2022 r. na łamach tygodnika „Newsweek” i portalu „Onet” pojawił się wywiad z Andrzejem Pogorzelskim, który oskarżył duchownego o molestowanie go w dzieciństwie. Mimo przedawnienia i braku dowodów informację szybko podchwyciły inne media, w tym „Gazeta Wyborcza”, wywołując poruszenie w opinii publicznej i falę hejtu wylewaną na biskupa świdnickiego.

W odpowiedzi na oskarżenie bp Marek Mendyk wydał oświadczenie, w którym zdecydowanie zaprzeczył zarzutom i zapowiedział walkę o swoje dobre imię. Sprawą zajęła się prokuratura, która zakończyła śledztwo, nie widząc podstaw do kontynuowania postępowania. Biskup zwrócił się także do metropolity wrocławskiego o zbadanie sprawy od strony prawa kanonicznego. O całej sytuacji poinformował też Nuncjaturę Apostolską w Polsce, wyrażając gotowość do współpracy w celu wyjaśnienia całej sytuacji. Tu jednak również zakończono postępowanie z braku uzasadnionych i konkretnych dowodów.

Zgodnie z zapowiedzią bp. Mendyk postanowił bronić swojego dobrego imienia także na forum sądowym, wytaczając procesy z powództwa cywilnego. Pierwszy z nich, przeciwko Ringier Axel Springer Polska, zakończył się wyrokiem, który zapadł 20 marca 2024 r. Sąd Okręgowy w Świdnicy zobowiązał stronę pozwaną do „zamieszczenia w terminie 7 dni od daty prawomocności wyroku na stronie internetowej www.newsweek.pl przeprosin”, usunięcia ze strony artykułu „Biskup oskarżony o molestowanie chce „wyjaśnienia sprawy”, wpłaty na rzecz Stowarzyszenia Charytatywno-Opiekuńczego im. bł. Teresy Gerhardinger przy Domu Pomocy Społecznej dla Dzieci w Świebodzicach 50 tys. zł i pokrycia kosztów procesu. Wyrok uprawomocnił się w ubiegłym tygodniu.

16 kwietnia 2024 r. został ogłoszony kolejny wyrok - w sprawie przeciwko "Gazecie Wyborczej" i dziennikarce Ewie Wilczyńskiej - zastępcy redaktora naczelnego wrocławskiego oddziału gazety. Tu również Sąd Okręgowy w Świdnicy przyznał rację biskupowi i nakazał dwom pozwanym: wydawcy (Agory) oraz autorki artykułu - przeprosiny na stronie internetowej gazety, usunięcie z niej kwestionowanego artykułu oraz solidarną wpłatę 50 tys. złotych dla DPS-u dla Dzieci w Świebodzicach.