Duszpasterstwo Akademickie „Patmos” jest oficjalnym duszpasterstwem Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Obecnie liczy ok. 50 osób. Siedzibą duszpasterstwa jest kościół św. Marka w Krakowie.
Korzenie duszpasterstwa „Patmos” sięgają początków istnienia uczelni, która została założona w 1981 r. Jako siedzibę wyznaczono wówczas kościół św. Marka, zaś każdorazowy rektor tego kościoła pełnił równocześnie funkcję duszpasterza akademickiego PAT. Sytuacja zmieniła się w 2006 r., kiedy to funkcje rektora i duszpasterza akademickiego zostały rozdzielone. W tym też roku odbyły się rekolekcje wielkopostne w nowej formie, uświetnione występami kilkuosobowej scholi studenckiej, prowadzonej przez Mariusza Marcinkowskiego, studenta PAT. Próby do tych występów były przeprowadzane w małej salce znajdującej się przy wspomnianym kościele. - Nie było w niej zbyt dużo miejsca, znajdowało się w niej sporo zbędnych rzeczy. Zakurzone stare półki, kilka złączonych ze sobą stolików, krzesła i żarówka - nasza lampa. To było coś w rodzaju małej „graciarni” - wspomina Mariola Gromala, jedna z pierwszych członkiń duszpasterstwa. Na jedną z prób scholi studenckiej przyszedł ks. Andrzej Muszala, wykładowca bioetyki na PAT, który, jak się później okazało, został duszpasterzem tworzącej się wspólnoty. Z czasem więzi między członkami scholi zaczęły się zacieśniać i powoli kiełkowała myśl o większym zaktywowaniu duszpasterstwa. Z tej myśli zrodziła się inicjatywa odremontowania sali, aby ona stała się miejscem spotkań studentów z duszpasterstwa. Inicjatywę poparła Papieska Akademia Teologiczna oraz kard. Stanisław Dziwisz, dzięki czemu w lipcu 2006 r. dokonała się metamorfoza „graciarni” w salę spotkań z prawdziwego zdarzenia. Odremontowane pomieszczenie zyskało spontanicznie miano „Dziupli” i stało się miejscem, gdzie członkowie duszpasterstwa mogą się spotkać po Mszy św. czy w czasie przerw między wykładami.
Po tych pamiętnych rekolekcjach wielkopostnych nowo powstała wspólnota wraz z ks. Muszalą zaczęła się spotykać na Eucharystii, odprawianej w czwartki wieczorem w kościele św. Marka. Msze te miały szczególny charakter, ponieważ zawierały w sobie modlitwę uwielbienia. Po każdej Mszy św. wspólnota spotykała się w „Dziupli”, aby przy herbacie i ciastkach dyskutować na różne tematy i dzięki temu zacieśniać ze sobą więzi.
Duszpasterstwo z czasem przyjęło nazwę „Patmos”. Wybór tej nazwy był powiązany z Pismem Świętym - bowiem, według Apokalipsy św. Jana, na wyspie Patmos, znajdującej się na Morzu Egejskim, św. Jan doznał objawienia.

Porządek musi być

Oprócz działającej od początku scholi w duszpasterstwie z czasem wyodrębniły się inne grupy modlitewne. Ich spotkania odbywają się w kolejne dni tygodnia. W poniedziałki w „Dziupli” spotyka się grupa biblijna, która czas swój poświęca na medytacji słów Bożych zawartych w Piśmie Świętym. Spotkaniom tej grupy przewodzi s. Anna Bodzińska. We wtorki natomiast o godz. 19 30 w kościele św. Marka mają miejsce spotkania na modlitwie w ciszy, które prowadzi ks. Andrzej Muszala. Na początku przez pierwsze pół godziny ksiądz wygłasza naukę dotyczącą tego, jak prawidłowo i efektywnie skupić się na modlitwie w ciszy. Później następuje trzydzieści minut samej modlitwy, podczas której wszyscy starają się wcielić w życie wskazówki wygłoszone przez księdza. Środy to dni prób scholi duszpasterskiej, której przewodniczy Anna Hrabia, studentka PAT-u. Podczas tych spotkań studenci ćwiczą pieśni, które zostaną wykonane na niedzielnej Mszy św. akademickiej. W czwartki o godz. 20 odprawiane są, zgodnie z tradycją początków duszpasterstwa, specjalne Msze św. z modlitwą uwielbienia. Msze te zachowały swoją specyfikę, ale też rozwinęły się pod względem muzycznym. Ostatnim punktem cotygodniowych spotkań duszpasterstwa jest Msza św. w niedzielę o godz. 19. Po tej Mszy zawsze jest organizowane spotkanie w „Dziupli”, gdzie członkowie wspólnoty dzielą się swoimi doświadczeniami z tygodnia oraz uzgadniają podział obowiązków na nadchodzący tydzień. Do tych obowiązków należy m.in. przygotowanie Liturgii słowa na Mszę św. w następną niedzielę, zorganizowanie poczęstunku w „Dziupli”, wyznaczenie grupy odpowiedzialnej za porządek w sali.

No to jo wom sprzedom

Duszpasterstwo posiada swoją własną pustelnię. Znajduje się ona na jednym z beskidzkich szczytów - na Potrójnej (850 m n.p.m.). Twórcą i głównym koordynatorem powstania pustelni był ks. Muszala. Początki tego miejsca modlitwy sięgają roku 1995 i wiążą się z dość zabawnym wydarzeniem. 8 czerwca 1995 r. nasz duszpasterz wraz ze swoim przyjacielem goprowcem udali się na wędrówkę w celu zdobycia szczytu Potrójna. Już wtedy ksiądz nosił się z zamiarami wybudowania pustelni, ale do tej pory te plany znajdowały się w sferze marzeń. Gdy dotarli na szczyt, za jednym z zakrętów dostrzegli kapliczkę Matki Bożej i siedzącego przy niej starego człowieka, pogrążonego w modlitwie. Postanowili zagadać do staruszka. - Pochwalony! - zawołali. - Pochwalony! A co wy, panocki, tutej sukocie? - odpowiedział góral. Goprowiec, który znał marzenia księdza, powiedział bez namysłu - Kawałka ziemi daleko od wszystkiego. Starszy człowiek później jeszcze wypytał wędrowców o szczegóły, dzięki czemu ksiądz i jego towarzysz podzielili się swoimi planami co do polany znajdującej się na szczycie. Wtedy góral wypowiedział słowa, które stały się słynne i stanowiły swego rodzaju kamień węgielny pod realizację marzeń o pustelni - „No to jo wom sprzedom”. Staruszek bowiem był właścicielem części tego terenu i przekonany o szczytności celu księdza postanowił odsprzedać polanę. W 1996 r. została wzniesiona mała drewniana szopa, która była zalążkiem przyszłej pustelni. Już wtedy ks. Andrzej Muszala, będąc jeszcze duszpasterzem akademickim Collegium Medicum, zaprosił studentów na rekolekcje połączone z nauką modlitwy wewnętrznej, modlitwy w ciszy. W 1997 r. dojrzała myśl o budowie pustelni z prawdziwego zdarzenia. Wybór tego roku był nieprzypadkowy - wówczas mijało stulecie śmierci św. Teresy od Dzieciątka Jezus. Święta z Lisieux została patronką powstającej pustelni, i dzięki jej wstawiennictwu w 1998 r. prace nad tworzącym się miejscem modlitw ruszyły pełną parą. Również od tego roku do studentów pragnących się wyciszyć dołączyli dorośli, dzięki czemu powstał pomysł organizowania ośmiu dni modlitwy wewnętrznej we wrześniu. Z czasem zrodziła się idea udostępnienia pustelni studentom na czas majowego weekendu, podczas którego młodzi ludzie mogli rozważać modlitwę w ciszy. W odpowiedzi na zapotrzebowania modlitewne dorosłych zorganizowano również dla nich weekendy duchowe. Pierwsze miały miejsce w listopadzie 2003 r.
Obecnie oprócz wyjazdów majowych oraz wrześniowych spotkań modlitewnych w pustelni organizowane są także obozy integracyjne dla studentów pierwszego roku Papieskiej Akademii Teologicznej oraz, co ciekawe, „sylwestry”, wtedy to zwykle milcząca pustelnia rozbrzmiewa dźwiękami karnawałowej zabawy.

Duszpasterstwo mobilne

Członkowie duszpasterstwa oprócz wyjazdów do pustelni organizują również inne wyprawy, często w dalekie miejsca. Jedną z takich pielgrzymek był wyjazd do Rosji na Wyspy Sołowieckie, „Śladami Męczenników Wiary”. W lipcu 2007 r. 23 członków duszpasterstwa udało się do Sankt Petersburga, gdzie przez 5 dni mieszkali w jedynym na całą Rosję seminarium katolickim, a później pociągiem dojechali do brzegów Morza Białego, a następnie na Wyspy Sołowieckie. Tam oddali hołd ofiarom stalinowskim zamęczonym w łagrze, bowiem w latach 20. i 30. XX wieku wyspy te stały się pierwszym gułagiem, gdzie deportowano wszystkich „wrogów narodu” i umieszczano w budynkach dawnych monastyrów prawosławnych. Szacuje się, że w powstałych tam gułagach zginęło ok. milionaosób. Za patrona wyjazdu „Patmos” obrało Pawła Floreńskiego - uczonego i popa prawosławnego, który został uwięziony na Sołówkach i rozstrzelany w 1937 r. w czasach wielkiego terroru.
Duszpasterstwo organizuje również wyjazdy o mniejszej skali. Jednym z nich była podróż do Sanktuarium Matki Bożej Szkaplerznej w Czernej k/Krzeszowic. Studenci modlili się przed Cudownym Obrazem, zwiedzili muzeum św. Rafała Kalinowskiego oraz przeszli tzw. dróżkami karmelitańskimi, prowadzącymi przez teren dawnej klauzury karmelitańskiej. Obecnie duszpasterstwo prowadzi przygotowania do wakacyjnego wyjazdu do Syrii i Libanu - „Śladami św. Pawła”.