Oświcie 1 września 1939 r. aresztowano księży z Gdańska, formalnie przynależących do tamtejszej diecezji, ale wyświęconych w Pelplinie: Bronisława Komorowskiego, proboszcza parafii św. Stanisława we Wrzeszczu, duszpasterza polskich studentów Politechniki Gdańskiej oraz Franciszka Rogaczewskiego, proboszcza polonijnej parafii Chrystusa Króla w Gdańsku i jego wikariuszy - Władysława Szymańskiego i Alfonsa Muzalewskiego. Najpierw osadzono ich w utworzonym dla Polaków więzieniu katowni „Victoria-Schule”, następnie w Stutthofie. Obu proboszczów (beatyfikowani w 1999 r.) zgładzono w Wielki Piątek 1940 r.; jeszcze w styczniu rozstrzelano ks. Władysława Szymańskiego. Ks. Muzalewski przeżył wojnę, jednak czekała go obozowa droga przez Sachsenhausen i Dachau.
Aresztowania księży z diecezji chełmińskiej, nierzadko połączone z brutalnym ich traktowaniem, następowały w miarę posuwania się oddziałów Wehrmachtu. Typową sytuację uwiecznił w księdze chrztów (!) ks. Polikarp Gulgowski, proboszcz Kiełbasina k. Chełmży: „Wojsko niemieckie (…) już 6 września wkroczyło do Kiełbasina. (…) W nocy aresztowano mnie i wywieziono przed Wyższy Sąd Wojenny do Frydrychowa. Sąd zwolnił mnie z oskarżenia o podburzanie ludności polskiej przeciw wojsku niemieckiemu. 10 września zakwaterowało się znowu wojsko i znowu aresztowano mnie po ciężkim pobiciu (…)”.
Zaraz po zajęciu Gdyni (14 września) masowo internowano Polaków. Już po 2 dniach ich liczba wynosiła 11 tys. na 120 tys. mieszkańców. Po wstępnej selekcji pozostawiono 120 jako zakładników, wśród nich 8 kapłanów, którzy po tygodniu zostali uwolnieni, ale i tak dotknęły ich szykany. Barbara Bojarska opisuje poniewierkę mieszkańców dzielnicy Grabówek, wśród nich księży z kościoła parafialnego: Alfonsa Wysieckiego (proboszcza) i Jana Lesińskiego oraz Józefa Szarkowskiego i Zygmunta Wieckiego (prefektów szkół średnich). Po kilkugodzinnym staniu w szeregu wraz z innymi aresztowanymi zostali popędzeni przez Witomino, Mały Kack, Sopot, Oliwę, Wrzeszcz do Gdańska. Tam po 10-godzinnym marszu stali w deszczu przez całą noc na dziedzińcu „Victoria-Schule”. Niektórych uwolniono; eksterminacja gdyńskich księży miała się zacząć dopiero 5 tygodni później.
11 września księży osadzono w wejherowskim więzieniu, gdzie zaopiekował się nimi ks. Edmund Roszczynialski, proboszcz wejherowski. Po tygodniu zostali uwolnieni (oprócz ks. Bolesława Witkowskiego, proboszcza z Mechowa k. Pucka), lecz w ostatnim tygodniu października wszystkich czekało aresztowanie, a później doły śmierci w Piaśnicy.
Również 11 września osadzono w toruńskim więzieniu „Okrąglak” kapłanów z parafii Mariackiej w Toruniu: proboszcza ks. Franciszka Janka i trzech jego wikarych. Po 2 dniach zostali uwolnieni z wyjątkiem ks. Stefana W. Frelichowskiego, przetrzymywanego kilka dni dłużej. Do ponownych, masowych już aresztowań doszło w październiku.
5 września, dzień po zajęciu Grudziądza, Niemcy uwięzili księży z parafii św. Mikołaja - proboszcza Antoniego Pastwę i wikariusza Antoniego Sobisza oraz ks. Jana Klundera - proboszcza parafii Świętego Krzyża. W następnych dniach aresztowano dalszych 11 kapłanów z Grudziądza i pobliskich parafii, m.in. ks. Teofila Mańkowskiego - proboszcza z Szynycha i proboszcza z Mokrego ks. Aleksandra Pronobisa i wikariusza ks. Franciszka Kędzierskiego. Więziono ich w tzw. Internacie, na gestapo oraz w różnych miejscach poza Grudziądzem aż do listopadowych egzekucji, m.in. w Klamrach i Księżych Górach; niektórych czekał lagier. Jako pierwszy, jeszcze we wrześniu, w lesie w pobliżu Mokrego został stracony ks. Franciszek Kędzierski, neoprezbiter, wyświęcony zaledwie 3 miesiące wcześniej. Ks. Franciszek Wołoszyk tak go zapamiętał, gdy ten stanął przed swoim biskupem 4 czerwca 1939 r., w chwili święceń: „- Adsum - odpowiedział trochę lękliwym głosem. Niskiego wzrostu i krępej budowy; życzliwy, koleżeński, zbliżający się do każdego z grzecznością i uśmiechem”. Jego kursowy kolega, ks. Mieczysław Handau, wikariusz z Tymawy k. Gniewu, zginął już 4 września, gdy niemiecki patrol znalazł przy nim broń. Tego dnia upływał 3. miesiąc jego kapłaństwa. „Młodzieniec niskiego wzrostu. Zawsze pokorny i cichy. Cechowała go systematyczność w pracy i z takim programem szedł w życie głosić Słowo Boże” - czytamy we wspomnieniu ks. Wołoszyka.
Mściwa ręka hitlerowskiej „sprawiedliwości” sięgała także po starszych kapłanów. Emerytowanego ks. Alojzego Łaskiego, budowniczego kościołów w kociewskich parafiach Czarnylas i Wda, w 1918 r. przewodniczącego Rady Ludowej w Tucholi, nadal uważano za wroga Rzeszy. Uwięziony na gestapo przy ul. Focha we wrześniu 1939 r., zginął w pierwszym miesiącu okupacji. Także w Bydgoszczy zamordowano ks. inf. Józefa Szydzika. Filomata i działacz niepodległościowy, budowniczy kalwarii wielewskiej, długoletni proboszcz w Chełmży, a od 1938 r. w Fordonie został aresztowany 20 września. Widziano go na gestapo i w koszarach artyleryjskich z białym krzyżem namalowanym na plecach. Zginął bez śladu, być może zgładzony zastrzykiem śmierci, 29 września.
W nocy z 19 na 20 września Niemcy dokonali zbrodni na ks. Jerzym Chudzińskim, naczelnym redaktorze „Pielgrzyma”. Kapłana aresztowanego tydzień wcześniej w Pelplinie przewieziono do tczewskich koszar. Tam dokonano egzekucji: najpierw postrzelił go szef miejscowej SA, a później dobili łopatami robotnicy ubrani w mundury SA. Było to preludium męczeństwa pozostałych pelplińskich duchownych, które miało się tam dokonać miesiąc później.
W ostatniej dekadzie września rozstrzelano kapłanów z Borów Tucholskich: ks. Jana Mazellę, proboszcza Jeleńcza, budowniczego tamtejszego kościoła, działacza plebiscytowego w powiecie suskim (obecnie iławskim) i ks. Juliana Zawadzińskiego, proboszcza parafii Odry, gdzie postawił świątynię. Ksiądz Julian otworzył listę 10 księży rozstrzelanych na Polach Igielskich k. Chojnic; w miejscu nazywanym po wojnie „Doliną Śmierci”.
Niezwykły przebieg miała niedoszła egzekucja sługi Bożego ks. Jana Hamerskiego, proboszcza z Wtelna w dekanacie fordońskim, aresztowanego we wrześniu. Sługa Boży polecił się Bożemu Miłosierdziu i powiedział: „Boże, odpuść im, bo nie wiedzą, co czynią”. Słysząc to, oprawcy odstąpili od egzekucji, radząc księdzu, by więcej nie pokazywał się w swojej parafii. Ten jednak powrócił do swoich, co przypłacił życiem 7 października 1939 r. Furia teutonica wzmagała się.