Więzień na Montelupich w Krakowie

25 stycznia 1964 r. ks. Findysz został przewieziony do Krakowa, do tamtejszego Centralnego Więzienia przy ul. Montelupich. Tam wreszcie poddano go szczegółowym badaniom specjalistycznym. Niestety potwierdziły one wstępną diagnozę lekarza więziennego z Rzeszowa. Komisja Lekarska rozpoznała bowiem, że ks. Findysz ma nowotwór przełyku i wpustu żołądka. Wskazała nadto, iż zasadna jest przerwa w odbywaniu zasądzonej mu kary, gdyż dalsze jego przebywanie w warunkach więziennych grozi zejściem śmiertelnym. Orzeczenie zawierające wyniki badań i płynące z nich wnioski Komisja Lekarska wydała dnia 24 lutego 1964 r. Na jego podstawie trzy dni później Sąd Najwyższy postanowił uchylić areszt tymczasowy. Dzięki temu, w sobotę 29 lutego 1964 r. ks. Findysz opuścił krakowskie więzienie. Potrzeba było aż trzech miesięcy bezpodstawnego przetrzymywania go w więzieniu, aby funkcjonariusze komunistyczni zrozumieli, to co było oczywiste od początku, a mianowicie, że pobyt niewinnego i tak ciężko chorego człowieka w warunkach więziennych urąga nie tylko poczuciu sprawiedliwości, ale też podstawowym zasadom etycznym i humanitarnym. Wydaje się jednak, że przynajmniej niektórym z nich zależało na tym, aby poprzez pobyt w więzieniu przyczynić się do jego śmierci.
Do upokorzenia ks. Findysza ateiści użyli również środków masowego przekazu. Na ich łamach przekazywali tylko swoją interpretację faktów. Najcięższe zarzuty przeciwko ks. Findyszowi sformułował Stanisław Zwoliński na łamach ateistycznego pisma „Fakty i Myśli” w artykule pt. Księdza Findysza „czyn dobroci”, opublikowanym w numerze z 16-29 lutego 1964 r. W dość obszernym artykule krótko streścił istotę sprawy, ale dodał własny komentarz, w swojej wymowie nieprzyjazny, a niekiedy wręcz złośliwy. O jego prawdziwych intencjach świadczą choćby użyte podtytuły: Na bakier z tolerancją i Kto sieje wiatr. Dla zobrazowania wymowy tego tekstu warto tu przytoczyć niewielki fragment jego tekstu, w którym potępia brak skruchy u oskarżonego i negatywnie ocenia jego postawę. Pisze w nim: „Skoro ks. F. nie dopatrzył się winy wobec prawa w swojej działalności, to pewnie uważa się za osobę prześladowaną? Ani odrobiny skruchy wobec Sądu. I ta pewność. Rozbrajająca pewność siebie. „Swoim postępowaniem dobrze przysłużyłem się Bogu - powiedział proboszcz po ogłoszeniu wyroku. Czyli inaczej mówiąc, za karę poniesioną na ziemi będzie on w dwójnasób wynagrodzony w... niebie. Taką nadzieją żyje ks. F. I byłaby to jego prywatna sprawa, gdyby nie przykre następstwa takiego duszpasterstwa. W konkretnym wypadku uległ właściwie podszeptom... szatana. […] od kogo jak od kogo, ale od księdza, stróża moralności, człowieka wykształconego, należałoby się spodziewać rozsądnej oceny sytuacji parafii, rozsądnych czynów, a nade wszystko tolerancji. […] Mówiąc otwarcie ks. F. zrobił co mógł, aby stać się „męczennikiem za wiarę”, aby wejść w kolizję z prawem. Cel swój proboszcz osiągnął”.
Doświadczenia więzienne oraz nagonka prasowa, choć bardzo uciążliwe, nie załamały jednak ks. Findysza. Siłę do znoszenia trudów więzienia i krzyża choroby czerpał z modlitwy brewiarzowej i różańca. Nie mógł natomiast oprzeć się na mocy Eucharystii, gdyż władze więzienne nie pozwalały mu na jej celebrowanie. Wiele otuchy dostarczały mu również dowody pamięci i solidarności wyrażane przez parafian, wychowanków i kapłanów. Pisał o tym w swoich listach więziennych: „Pamięć moich uczniów, szczególnie w trudnych chwilach jest szczególnie cenna. Ci, co wiele przecierpieli w życiu, są uczuleni na cierpienia drugich, co w czasach egoizmu i ogólnego sobkostwa jest wzruszające i za serce chwytające; […] Ludźmi jesteśmy, dlatego potrzebujemy i cieszymy się pamięcią, życzliwym, szczerym słowem przyjaciół, znajomych. […] Pogodne wasze listy dodają otuchy i optymistycznej oceny wypadków, myślenia i czucia po chrześcijańsku. [Z listów do J. Hanasa]”.
29 lutego 1964 r. ks. Findysz opuścił krakowski zakład karny. Był wówczas już tak wyczerpany i osłabiony chorobą, że nie mógł samodzielnie iść, ale musiał korzystać z pomocy, której udzielili mu ks. Bieszczad i towarzyszący mu taksówkarz. Następnie wynajętą taksówką przyjechał z Krakowa do Żmigrodu Nowego. W parafii bardzo szybko rozeszła się wieść o powrocie proboszcza i wywołała ogromną radość wiernych. Ich szczere modlitwy zostały wysłuchane.