Uczestników nocnego czuwania witał bp Jan Zając. Następnie odbyły się: Wieczór Jana Pawła II, Nieszpory Niedzieli Miłosierdzia oraz Droga Światła. Zebrani mogli przeżyć również „znak zanurzenia”, podczas którego w bazylice zgaszono oświetlenie. Ks. Stanisław Szczepaniec mówił: - Gdy zostaliśmy ochrzczeni, to jednocześnie w tym sakramencie zostaliśmy zanurzeni w Bogu. Słowo „zanurzenie” należy do ulubionych słów św. Siostry Faustyny. Kapłan wyjaśniał też, że projektant bazyliki (prof. Witold Cęckiewicz - przyp. red) zaproponował taką jej bryłę i witraże, by w świątyni można było przeżyć znak zanurzenia w Bożym miłosierdziu.

O północy Mszę św. odprawił bp Damian Muskus OFM. - Niedowiarek to nie znaczy niewierzący, niedowiarek to jeszcze wiara, choć zachwiana przez rodzącą się wątpliwość - mówił Biskup, odnosząc się do rozmowy Zmartwychwstałego Jezusa z Tomaszem. - Tyle warunków, tyle szczegółowych żądań nie stawia człowiek obojętny i niezaangażowany. Pan Jezus okazał się niezwykle wyrozumiały dla wątpiącego ucznia, skoro postanowił spełnić dość zuchwale postawione warunki - mówił bp Damian.

Bp Grzegorz Ryś przewodniczył Eucharystii o godz. 8. - Darem od miłosiernego Jezusa jest wyzwolenie z lęku - mówił krakowski Pasterz i wyjaśniał, że Apostołowie świadczyli miłosierdzie tym, którzy ich prześladowali, którzy zabili im Pana. Dzięki takiej postawie ewangelizujących, przybywało uczniów wśród Żydów.

Główną Mszę św. tego dnia odprawił kard. Stanisław Dziwisz oraz blisko 100 kapłanów z kraju i zagranicy. - Przestań się lękać Polsko! Zaufaj Bogu, który bogaty jest w miłosierdzie! - mówił Metropolita Krakowski. Apelował równocześnie o troskę o rodziny, zwłaszcza wielodzietne, ludzi bezrobotnych i w podeszłym wieku, a także ochronę życia i godności człowieka. Zakończył homilię modlitwą: - Jezu, zawierzamy Ci Twój Kościół, Ojca Świętego Franciszka i nasz niespokojny świat. Jezu, zawierzamy Ci naszą Ojczyznę i wszystkie sprawy - i te bolesne i te radosne. Niech będzie ona krainą prawdy, sprawiedliwości i solidarności. Jezu, zawierzamy Ci nasze rodziny, środowiska i wspólnoty (…). Jezu, ufamy Tobie!