Kapelanami oddziałów zostawali na ogół duchowni, którzy sprawdzili się – z punktu widzenia dowódców leśnych oddziałów – w czasie niemieckiej okupacji. Oczywiście, nie wszyscy reagowali entuzjastycznie na prośby o odprawienie Mszy św. czy wyspowiadanie, część księży dystansowała się – z różnych powodów – od antykomunistycznego podziemia. Byli też jednak tacy, którzy sami brali udział w konspiracji.

Ks. Bolesław Stefański w czasie wojny nie zasypiał gruszek w popiele. Należał do AK, był kapelanem i żołnierzem. Większość wojny spędził w Grójcu, gdzie był wikariuszem. Opiekował się grupą Szarych Szeregów, kierował lokalną strukturą konspiracyjnego Stronnictwa Narodowego, pomagał Żydom, wystawiając im fałszywe dokumenty. Gdy namierzyło go gestapo, ukrył się w okolicach Warki. Walczył w tamtejszych oddziałach, za co otrzymał Krzyż Virtuti Militari.

Potem związał się z oddziałem ROAK z Marek i z NZW. Wyznaczono go na dowódcę obszaru warszawskiego Pogotowia Akcji Specjalnej, bojowego ramienia NZW. Nie pozorował działalności. Odbierał przysięgi wojskowe od partyzantów, organizował akcje bojowe, ekspropriacyjne i uczestniczył w nich – za uzyskane pieniądze kupował broń i wspomagał żołnierzy. O aresztowaniu w 1946 r. zadecydowała rozległość jego kontaktów.

– Stałem już obezwładniony, kiedy zostałem przez funkcjonariusza postrzelony w nogę – relacjonował w sądzie. Ubecy postrzelili go z zemsty za próbę ucieczki. Nie zawieźli go do szpitala, torturowali. Gdy tam trafił, było za późno, wdała się gangrena. Z zemsty amputowali mu całą nogę. Tortury odbiły się na zdrowiu księdza, zapadł na ciężką chorobę psychiczną.

W grudniu 1946 r. został skazany na karę śmierci. W wyniku działań m.in. prymasa Hlonda Bierut w styczniu 1947 r. ułaskawił kapłana, zamieniając „kaes” (karę śmierci) na dożywocie. Potem, na mocy amnestii, zmniejszono mu karę do 15 lat i wypuszczono go po 8 latach, gdy dostał odmy płuc. Zmarł w 1964 r., w wieku 54 lat, niemal dokładnie 10 lat po wyjściu z więzienia.

– Znam tylko jeden podobny przypadek duchownego dowódcy grupy bojowej – mówi Leszek Żebrowski, badacz wojennej i powojennej konspiracji. – To ks. Feliks Kowalik, oficer NSZ, kierujący akcjami bojowymi. Ale ks. Stefański to jedyny znany mi ksiądz dowódca w konspiracji powojennej.

Gdy w 1941 r. ks. Feliks Kowalik został wyświęcony i objął wikariat w podkieleckim Niekłaniu, a następnie w Czermnej, był już doświadczonym konspiratorem. We wrześniu 1939 r. współtworzył konspiracyjną Ochotniczą Brygadę Obrońców Ojczyzny, której celem było zbieranie i ukrywanie broni, pomoc żołnierzom, zbieranie informacji o sytuacji na froncie.

W 1942 r. ks. Kowalik został oficerem NSZ. Rozpoczął wówczas szkolenie grup specjalnych przeznaczonych do akcji sabotażowych i dywersyjnych. Sam też uczestniczył w akcjach dywersyjnych, m.in. dowodził akcją na Bank Emisyjny w Częstochowie, gdzie zdobyto pieniądze, które potem przekazano do Komendy Głównej AK, na Volskbank w Końskich, brał udział w akcjach niszczenia kart ewidencyjnych – utrudniał wywóz Polaków do Rzeszy – w rozbrajaniu Niemców. A zorganizowana przez niego grupa specjalna przeprowadziła 3 akcje dywersyjne w Berlinie.

Ranny w październiku 1944 r., podczas bitwy w rejonie Przysuchy, zakończył służbę w AK w styczniu 1945 r. jako kapelan w stopniu majora. W końcu 1952 r. ks. Kowalik został aresztowany i poddany morderczemu śledztwu, po czym we wrześniu 1954 r. skazano go na 4 lata więzienia.

Ks. Kazimierz Fertak, proboszcz parafii w Mrozach k. Mińska Mazowieckiego, był kapelanem oddziału NSZ/NZW por. Zygmunta Jezierskiego „Orła”. Został aresztowany w czerwcu 1948 r., razem z ks. Wiktorem Łubińskim, proboszczem parafii Kuflew, który odprawił Mszę św. dla żołnierzy NZW i z tego powodu został poddany torturom. Sądzono ich w procesie żołnierzy „Orła”. Ks. Fertak został skazany na 15 lat więzienia, ks. Łubiński na 4 lata. – Po wyroku Jerzy Waldorff napisał usłużnie w „Przekroju”, że „za funty i dolary zostały dostarczone karabiny i ryngrafy, które święcił ks. Fertak” – relacjonuje Leszek Żebrowski.

– Rolę duchownych w działalności powojennej partyzantki trudno przecenić – mówi dr Mariusz Bechta, historyk z IPN. – Byli przychylni konspiracji, cieszyli się ogromnym autorytetem, mieli ogromny wpływ na postawy, morale żołnierzy i dowódców w terenie.