Kościół św. Marcina na Starym Mieście został zbudowany w 1352 r. i przeznaczony dla zakonu augustianów. Zakonnicy zamieszkali w przyległym do kościoła budynku klasztornym i opiekowali się świątynią do 1863 r. W grudniu 1956 r. kard. Stefan Wyszyński przekazał kompleks kościelno-klasztorny siostrom Franciszkankom Służebnicom Krzyża. Siostry z Lasek do dzisiaj mieszkają w klasztorze.
Samo wnętrze klasztoru jest oczywiście objęte klauzurą i osoby postronne nie mogą tam wchodzić. Można jednak swobodnie wejść na teren klasztornego wirydarza, czyli wewnętrznego dziedzińca, który nie jest widoczny od ulicy.
Wirydarze spotykamy prawie we wszystkich klasztorach, w niektórych jest ich nawet kilka. Francuska nazwa wirydarza cloitre oznacza: miejsce ogrodzone, ogrodzenie, a nawet więzienie. Jest to mniej więcej geometryczne centrum klasztoru, środek klasztornej "warowni". W wielkich klasztorach monastycznych, opactwach, wirydarz spełnia bardzo ważną rolę. Jest głównym ciągiem komunikacyjnym, miejscem modlitwy i kontemplacji. Często uprawia się tam zieleń, panuje chłód, cisza i spokój.
W staromiejskim klasztorze Franciszkanek wirydarz jest niewielki, prostokątny, brukowany, zbudowany w stylu włoskim, otoczony pięknie sklepionym krużgankiem, który łączy klasztorną furtę z kościołem. Z trzech stron oplatają wirydarz mury klasztoru, a jeden bok zamyka ściana świątyni.
Żeby wejść do wirydarza należy lewą nawą kościoła pójść prawie do jej końca. Po lewej stronie widoczne będą wielkie, oszklone, okratowane drzwi prowadzące na krużganek. Warto na moment zatrzymać się przy tych drzwiach. Na kracie przedstawiono sylwetki młodego powstańca w hełmie niemieckim z karabinem w rękach oraz kobietę z dzieckiem na ręku. Wszystkie postacie obejmują płomienie. Jest to oczywiście wspomnienie czasów wojny, a szczególnie Powstania Warszawskiego, kiedy to w ruinach kościoła św. Marcina zginęło wielu powstańców i osób cywilnych. Wysoko na kracie umieszczono łaciński napis: "Misericordia Domini plena est terra" - Miłosierdzia Pańskiego pełna jest ziemia".
Po wejściu na krużganek uwagę zwraca kilka tablic pamięci umieszczonych na ścianach. Jedna z nich upamiętnia oddział powstańczy, który nie poddał się w walce o kościół w 1944 r. Przed tablicami corocznie licznie gromadzą się kombatanci i wszyscy, którzy chcą uczcić pamięć poległych. Na ścianie kościoła, przy północno-wschodnim rogu wirydarza, wmurowano tablicę zawierającą przysięgę i prawo harcerskie. Z kolei przy tej tablicy regularnie gromadzą się harcerze na swoje apele.
Nad krużgankiem góruje gotycka wieża, pamiętająca czasy augustianów. U jej podnóża znajduje się wejście do klasztoru od strony ulicy Piwnej. Nieopodal masywne drzwi prowadzą na klasztorną furtę.
Wirydarz to nie jedyne sekretne miejsce u św. Marcina. Na końcu lewej nawy świątyni znajduje się maleńka kaplica św. Franciszka. Prowadzi do niej niskie, łukowato sklepione wejście. Kaplica odznacza się intymnością, prostotą i spokojem. Zachowały się tu fragmenty gotyckiego muru. Ołtarz, to gruba płyta piaskowca oparta na podstawie z cegły. Na wmontowanym głazie widnieje rysunek chleba i ryby - symbol Eucharystii. Na ścianie obok ołtarza po prawej stronie uwagę zwraca linearny rysunek św. Franciszka wykonany w technice sgrafitto. Natomiast po lewej stronie ołtarza znajduje się najstarszy zabytek kościoła - gotycka, przyścienna rzeźba Madonny z Dzieciątkiem z XV w. W prawej ścianie są drzwi prowadzące do prezbiterium kościoła i dalej do zakrystii. W kaplicy od czasu do czasu odprawiane są Msze św. dla grup duszpasterskich. W Wielki Czwartek urządzana jest tam Ciemnica i trwa adoracja Najświętszego Sakramentu.
Jest jeszcze jedno mało znane miejsce w kościele św. Marcina. To podziemna kaplica poświęcona ofiarom wojny - tym, którzy nie mają swoich grobów. Schodki do tej kaplicy znajdują się przy spalonym krucyfiksie, charakterystycznym elemencie wystroju świątyni. W kaplicy uwagę zwraca przede wszystkim nowoczesna rzeźba Chrystusa Frasobliwego, dłuta Anny Grocholskiej. Obok widnieje napis: "Przez krzyż do nieba".
Wszystkie opisane miejsca można oglądać w godzinach otwarcia kościoła. Jedynie podziemna kaplica poświęcona ofiarom wojny otwierana jest sporadycznie.