Najważniejszą część zabytku, zarówno pod względem funkcji liturgicznej, jak i artystycznym, stanowi czara, odlana z kosztownego stopu metali: brązu ze zwiększonym dodatkiem cyny. Ma ona kształt szerokiego, spłaszczonego u dołu kielicha. Czara jest osadzona na kamiennym, walcowatym trzonie wspartym na profilowanej stopie o okrągłym obrysie. Czarę chrzcielnicy wykonano w glinianej formie - metodą stosowaną od XII w. przy odlewaniu dzwonów.
Powstała przypuszczalnie w jednym z wędrownych warsztatów giserskich (odlewniczych), które trudniły się wykonywaniem tych właśnie przedmiotów. Potwierdzeniem tego zdaje się być dekoracja czary dwiema wypukłymi obręczami - typowym motywem zdobniczym dzwonów gotyckich, a także pasem z inskrypcjami w dolnej partii czary, nie zaś w górnej - co było typowe w przypadku odlewania chrzcielnic.
Pas inskrypcyjny obiegający dolną partię czary jest do dziś dla badaczy zagadką. Można powiedzieć, że omawiany obiekt przypomina odwrócony dzwon. Napis składa się z 65 znaków i krzyżyka inicjałowego. Najnowsze badania nad zabytkiem (Monika Jakubek-Raczkowska, Trzynastowieczna chrzcielnica z Kaplicy Kopernika w kościele św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Toruniu [w:] Dzieje i skarby kościoła Świętojańskiego w Toruniu, Toruń 2002) dowodzą, że wszystkie litery mają czytelny krój łacińskiej majuskuły, a nie - jak sugerowano wcześniej - cyrylicy, pisma runicznego lub starosłowiańskiego. Zostały one prawdopodobnie wyrzeźbione odręcznie po wewnętrznej stronie glinianego płaszcza formy przed wlaniem do niej metalu. Technika ta była często stosowana przez odlewników dzwonów, co wymagało sporych umiejętności, gdyż litery należało drążyć w odbiciu lustrzanym, układając napis od prawej do lewej strony. Inskrypcji na chrzcielnicy świętojańskiej nie daje się odczytać w sposób logiczny, co mogło wynikać z komplikacji technicznych przy jej powstawaniu. Należy ją zatem traktować wyłącznie jako element dekoracyjny, choć takie napisy o znaczeniu religijnym lub dotyczącym aktu fundacji często na chrzcielnicach umieszczano.
Ważnym elementem zdobniczym czary zabytku jest także dekoracja złożona z czternastu arkadek o pustych polach, zakończonych łukiem, z wpisanym weń motywem trójliścia, kształtowanych w wypukłym reliefie. Ta tradycyjna dekoracja, typowa dla chrzcielnic, w swej symbolice odwołuje się do świątyni Bożej Mądrości. Podobne motywy spotykamy na kamiennych chrzcielnicach wczesnogotyckich, importowanych przez państwo krzyżackie z Gotlandii, których przykłady odnajdujemy m.in. w Chełmnie i Grudziądzu. Także do tradycji zdobniczej chrzcielnic nawiązuje motyw dwóch apotropaicznych (według wierzeń antycznych - zdolnych odwrócić grożące zło) główek lwów, umieszczonych naprzeciwlegle w otoku czary. Lew w symbolice chrześcijańskiej uosabiał demony i złe moce. Na świętojańskim zabytku główki lwów służyły zapewne do umieszczenia prętu blokującego niezachowaną pierwotną przykrywę. Obecnie jej rolę spełnia dodana później masywna, późnobarokowa, drewniana, ażurowa nastawa, bogato dekorowana motywami wici roślinnej i kaboszonami, z figuralną sceną w zwieńczeniu, wyobrażającą Chrzest Jezusa w Jordanie, złożoną z pełnoplastycznych rzeźb Chrystusa i św. Jana Chrzciciela.
Kosztowny zabytek z katedry stanowi przykład aspiracji toruńskich mieszczan do wyposażenia głównej świątyni ich miasta w niepoślednie dzieła oraz dowód ówczesnej rangi chrzcielnicy w kościele. Istnieje spore prawdopodobieństwo, że to właśnie przy świętojańskim sprzęcie do społeczności chrześcijan został włączony wielki astronom - Mikołaj Kopernik, urodzony w Toruniu w 1473 r. Na jego cześć kaplica chrzcielna, dawniej pod wezwaniem Aniołów Stróżów, nosi obecnie imię Kopernika (oprócz epitafium astronoma mieści ona też wmurowane w 1509 r. serce króla Jana Olbrachta, który zmarł podczas pobytu w Toruniu).
Z najnowszej historii kaplicy Mikołaja Kopernika należy odnotować inne ważne wydarzenie: 7 czerwca 1999 r. o godz. 16.54 Ojciec Święty Jan Paweł II podczas swej wizyty w Toruniu nawiedził katedrę Świętych Janów, przeszedł do kaplicy chrzcielnej, przed którą zatrzymał się i dokładnie ją obejrzał, a następnie zaintonował pieśń Salve Regina.