Biskup przemyski Jan Wężyk 28 kwietnia 1624 r. dokonał uroczystej konsekracji kościoła św. Mikołaja i Stanisława Biskupa. Od tej pory w tym uświęconym miejscu miały miejsce pełne dostojeństwa wydarzenia religijne i patriotyczne. Był jednak czas, kiedy świątynią usytuowaną na Benedyktyńskim Wzgórzu „administrowali”, pozbawiając jej właściwych funkcji, Austriacy i Niemcy.