„Wnętrze kościoła utrzymane jest w stylu baroku, zwanego niekiedy ludowym lub prowincjonalnym, a walory niektórych jego elementów zdecydowały o zaliczeniu go do III grupy zabytków sztuki” - powiedział Niedzieli ks. Mieczysław Raszewski, proboszcz parafii w Chlinie. „Za najcenniejszy relikt wczesnego baroku historycy sztuki uznają ambonę, przypisując jej, dość zgodnie, metrykę z pierwszej połowy XVII w. Niemal równie leciwa jak ambona jest kamienna chrzcielnica” - wylicza Ksiądz Proboszcz. Do kręgu pamiątek sztuki późnobarokowej zaliczane są także 3 ołtarze, w tym główny z obrazem Matki Bożej Chlińskiej, których niektóre detale przypominają wcześniejsze ze starego kościoła. Z niego też niewątpliwie przeniesiono 2 stare, mocno zniszczone obrazy, zdobiące niegdyś ołtarze - św. Piotra i św. Antoniego. Według opinii znawców, obraz przestawiający św. Piotra sięga czasem swoich narodzin końca XVII w., a o obecności portretu św. Antoniego zaświadczają wpisy wizytatorskie parafii z 1690 r.
Do kategorii najcenniejszych zabytków należy obraz św. Anny Samotrzeć, który ks. Jan Wiśniewski, autor książki poświęconej historii kościołów na ziemi olkuskiej, uważa za starożytną kopię znanego malowidła szkoły włoskiej. Chliński wizerunek jest prawdopodobnie dziełem artysty tworzącego nie później niż w XVIII stuleciu.
Znaczące miejsce wśród zabytków przeszłości zajmują również naczynia liturgiczne. Najcenniejsza z nich jest barokowa monstrancja z początku XVIII w. i niewiele młodszy kunsztowny, rokokowy kielich. Na uwagę zasługuje także puszka z 1677 r. i kielich z 1693 r.
Godne uwagi są również tablice epitafijne, które tkwią w ścianach kościoła. Cztery z nich odnoszą się do dziedziców Udorza, piąta zaś poświęcona jest ks. Kazimierzowi Gocowi, zmarłemu w Chlinie w 46. roku pełnienia służby kapłańskiej. Niewątpliwie zabytkiem o znaczeniu historycznym są również 3 dzwony. XV-wieczne akta powizytacyjne wspominają istnienie dwóch, trzeci pojawia się w kościelnych dokumentach dopiero w 1750 r.
Tak duża liczba zabytków na pewno cieszy. Świadczy o bogatej kulturze religijnej tych ziem. Jest jednak i druga strona medalu. Większość z nich wymaga renowacji, a to pociąga za sobą nakłady. Niemniej jednak ks. Raszewski ufa, że uda się je wszystkie ocalić i przywrócić im dawny blask.