Jan Paweł II w swoim liście apostolskim Novo millennio ineunte ukazuje model Kościoła i charakter jego misji w nowym tysiącleciu chrześcijaństwa w kontekście historii ludzkości. Ten dokument, oparty na programie Wielkiego Jubileuszu Roku 2000, wskazuje na element rozwoju Kościoła w nawiązaniu do „pamięci przeszłości i przepowiadania przyszłości”. Znacząco nawiązuje on do wskazań Vaticanum II, który w myśli Ojca Świętego „był opatrznościowym wydarzeniem, poprzez które Kościół rozpoczął swoje bliższe przygotowanie do Jubileuszu drugiego Milenium”.

Kościół jako wydarzenie trwania i aktualizowania się w historii Zbawienia

Uwzględniając miniony czas od zakończenia Soboru Watykańskiego II, daje się zauważyć, że nauka Vaticanum II nie została jeszcze w pełnym swym wymiarze zinterpretowana i wkomponowana w życie Kościoła. Dostrzega to Papież, gdy mówi o konieczności zweryfikowania tego, co się dokonało, a co zostało pominięte z zakresu urzeczywistniania soborowych pouczeń. „Rachunek sumienia nie może pominąć (…) przyjęcia nauki Soboru - tego wielkiego daru Ducha, ofiarowanemu Kościołowi u schyłku drugiego tysiąclecia”. Wspomina o tym również Jan Paweł II w swoim przemówieniu z 27 lutego 2000 r. skierowanym do uczestników konferencji na temat realizacji nauczania powszechnego Soboru Watykańskiego II: „Obrady, które odbyliście w ostatnich dniach, ukazały wyraźnie, jak bardzo nauczanie soborowe jest obecne i jak skuteczne jest jego oddziaływanie w życiu Kościoła. Zapewne należy je coraz głębiej poznawać, ale konieczne jest, by w tym dążeniu nie zagubić autentycznego zamysłu Ojców Soborowych; przeciwnie, należy odkryć go na nowo, przezwyciężając interpretacje stronnicze i cząstkowe, które nie pozwalają w pełni wyrazić nowości soborowego orędzia”. W przemówieniu z 26 listopada 2000 r. z okazji Jubileuszu Apostolstwa Świeckich, Ojciec Święty uznaje, że „być chrześcijaninem nigdy nie było łatwo i nie jest też dzisiaj”. W tym kontekście zachęca, by „znów wziąć do ręki dokumenty Soboru Watykańskiego II, aby na nowo odkryć zawarte w nich wielkie bogactwo pouczeń doktrynalnych i duszpasterskich”. W przemówieniu na Anioł Pański tegoż samego dnia Papież wskazuje na wartość przesłania Vaticanum II: „Dzisiaj, na przełomie epok, lekcja Soboru Watykańskiego II wydaje się bardziej niż kiedykolwiek aktualna: dzisiejsza sytuacja wymaga bowiem, aby wasz udział w apostolstwie jako świeckich był coraz głębszy i szerszy. Uczcie się Soboru, pogłębiajcie wiedzę o nim, przyswajajcie sobie jego ducha i wskazania: znajdziecie w nim światło i moc, aby świadczyć o Ewangelii w każdej dziedzinie ludzkiego życia”.
Jan Paweł II już na początku swego listu apostolskiego Novo millennio ineunte powraca do refleksji nad Vaticanum II, jako nauczania dla przyszłości świata i historii chrześcijaństwa. Fakt zakorzenienia się Kościoła w czasie i przestrzeni jest dla niego znamiennym wydarzeniem trwania i urzeczywistniania się misji zbawczej w świecie zainicjowanej przez Chrystusa. Poprzez wniknięcie w jeszcze głębszą analizę poznania zdolności i możliwości czytania historii człowieka według teologii „znaków czasu” dochodzi się do poznania właściwego zamiaru zbawczego Boga, które realizuje się w historii ludzkości. To wielkie odkrycie historii zbawienia stanowi urzeczywistnianie się fundamentalnych zasad życia chrześcijańskiego i misji Kościoła w przyszłości aktualizującej się w teraźniejszości pod wpływem wydarzeń przeszłości.
Papież w Novo millennio ineunte wskazuje światu wartość pouczeń Vaticanum II w aspekcie ich realizacji w odniesieniu do ewolucji socjalnej świata w perspektywie trzeciego tysiąclecia. To papieskie przesłanie nawiązuje do Ewangelii, czego przykładem jest zawarte w nim wezwanie zapisane u św. Łukasza (5, 4): Duc in altum! Użycie tych słów na początku i na końcu listu apostolskiego Novo millennio ineunte podkreśla jakby kontynuację programu Wielkiego Jubileuszu Roku 2000 lokalizując to Jezusowe wezwanie w dzieje życia ludzkości, zarówno przeszłości, teraźniejszości i przyszłości. Duc in altum! Słowa te skierowane zostają do nas i wzywają nas, byśmy z wdzięcznością wspominali przeszłość, całym sercem przeżywali teraźniejszość i ufnie otwierali się na przyszłość: Jezus Chrystus wczoraj i dziś, ten sam także na wieki (Hbr 13, 8)”. Sformułowanie: „Duc in altum!” wskazuje na przyszłość, jednak nie jako jednoznacznie określoną, ale zawsze uobecniającą i urzeczywistniającą się w świadomości historycznej perspektywy zbawienia. Historia jest miejscem, w którym dokonuje się fakt zbawczy Boga Jezusa Chrystusa przyjmującego ludzkie ciało, by stać się człowiekiem. Historia jest miejscem, w którym wolna decyzja Boga spotyka się z wolnością człowieka. „Właśnie bowiem na płaszczyźnie historii Bóg zechciał zawrzeć przymierze z Izraelem i w ten sposób przygotować narodziny Syna z łona Maryi w pełni czasu (por. Ga 4, 4). W swojej tajemnicy boskiej i ludzkiej Chrystus stanowi fundament i centrum historii, jest jej sensem i ostatecznym celem”.
Zasadniczą myślą i sensem historii zbawienia rozważanej w Novo millennio ineunte jest aspekt przyszłości człowieka żyjącego w świecie różnych uwarunkowań i przeobrażającego się modelu życia. „Teraz winniśmy spojrzeć w przyszłość, wypłynąć na głębię, ufając słowu Chrystusa: Duc in altum!. (...) Dotychczasowe doświadczenia powinny wzbudzić nowe energie, nakłaniając nas, byśmy wyrazili entuzjazm w konkretnych przedsięwzięciach”. Realizacja tego programu postuluje „realne nawrócenie” w kontekście właściwego rozeznania: z „czynić”, by „być”, czy - i chyba bardziej, aby „być”, by „czynić”. Taki kierunek rozwoju nawrócenia uwzględnia wymiar odnowy i skonsolidowania w duchu harmonii zasad właściwego funkcjonowania Kościoła jako komunii. Mając to na względzie, Jan Paweł II sugeruje interpretacje Vaticanum II w perspektywie formacji, by „być na nowo chrześcijaninem”. Użycie określenia „czynić” znajduje swój oddźwięk w różnorodnym zestawieniu: „czynić ewangelizację”, „czynić katechezę” służącą odnowie poznanych i nie do końca niejednokrotnie zrozumianych prawd wiary. To w konsekwencji kryje echo „by czynić odnowę”. Tym samym „być chrześcijaninem” dotyczy nawrócenia każdego z osobna, co jest także i wskazaniem do odnowy instytucjonalnych form działania Kościoła, jako aktywność zarówno osób, jak i instytucji w dziele misyjno-pastoralnym Kościoła.