Ważną dziedziną aktywności Kościoła jest posługa religijna kapłanów wśród żołnierzy. Z jednej strony zaspokaja ona potrzeby duchowe wojskowych, a z drugiej - kształtuje ich postawy moralne. Stąd też zarówno w czasie pokoju, jak i działań wojennych konieczna jest obecność kapelana w wojsku.
W Rzeszowie za czasów austriackich powstał dość znaczny garnizon wojskowy, którego liczebność stale wzrastała, osiągając na początku XX w. stan ok. 3000 osób. Wzrastająca liczba żołnierzy spowodowała utworzenie w mieście duszpasterstwa wojskowego. Jego organizacją i realizacją zajął się przydzielony w tym celu kapelan. Pierwsze wzmianki o odrębnym duszpasterzu żołnierzy spotkać można już w poł. XIX w. Był nim wówczas ks. Jan Dobiecki. Do czasu zakończenia pierwszej wojny światowej pracowało w Rzeszowie jeszcze kilku kapelanów, m. in. ks. Jan Wójcik, ks. Józef Sołtysik, ks. Stanisław Gaweł, ks. Tomasz Żarów, ks. Józef Jałowy. Ich zadaniem była zarówno opieka religijna nad żołnierzami stacjonującymi w garnizonie, jak też przebywającymi w szpitalu wojskowym.
Pod koniec 1918 r. austriackie obiekty wojskowe w Rzeszowie przeszły niemal w całości na własność tworzącej się armii niepodległego państwa polskiego. Pozwoliło to na zlokalizowanie tam polskiego garnizonu wojskowego. W jego skład wchodziły między innymi następujące formacje: 17. pułk piechoty, 20. pułk ułanów, 22. pułk artylerii polowej, sztab 10. brygady kawalerii. Ogółem, w okresie międzywojennym stacjonowało tam blisko 3000 żołnierzy.
Wraz z rozmieszczeniem w mieście formacji wojskowych zachodziła potrzeba zorganizowania stałej opieki duszpasterskiej nad żołnierzami. Odgrywała ona bowiem ogromną rolę w ich wychowaniu religijno-patriotycznym. Zadanie stworzenia polskiego duszpasterstwa wojskowego w Rzeszowie powierzono, następującym kolejno po sobie, polskim kapelanom wojskowym: ks. Józefowi Jałowemu, ks. Jakubowi Stecowi i ks. Franciszkowi Kisielowi. Dwaj pierwsi w charakterze kapelana żołnierzy w Rzeszowie pracowali zaledwie po kilka miesięcy, toteż nie wpisali się znacząco w tworzenie tam podstaw polskiego duszpasterstwa wojskowego. Rola ta przypadła trzeciemu z wymienionych, pracującemu w Rzeszowie w latach 1921-39 i 1948-51. Był on też pierwszym proboszczem utworzonej w Rzeszowie 1 maja 1926 r. parafii wojskowej pw. Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski.
Ks. Kisiel zorganizował niemal od podstaw polskie duszpasterstwo wojskowe i zapewnił mu odpowiednie warunki funkcjonowania. Przede wszystkim stworzył wojskowe centrum duszpasterskie z własną bazą lokalową. Początkowo bowiem, z braku świątyni garnizonowej, życie religijne żołnierzy koncentrowało się w miejscowym kościele farnym. Sytuacja ta zmieniła się dopiero 29 listopada 1928 r., kiedy poświęcony został kościół garnizonowy pw. Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski. Była to dawna świątynia reformatów, odzyskana dla celów kultu i wyremontowana dzięki staraniom ks. Kisiela. Celom duszpasterstwa służyła również kaplica pw. Najświętszej Maryi Panny Nieustającej Pomocy, znajdująca się w szpitalu wojskowym.
Sytuacja sprzyjająca rozwojowi duszpasterstwa wojskowego w Rzeszowie zmieniła się radykalnie w okresie okupacji hitlerowskiej, kiedy władze niemieckie zlikwidowały jego struktury, a kościół wojskowy zamieniły na magazyn. Duszpasterstwo prowadzono wówczas w podziemiu.
Po zakończeniu wojny odzyskano kościół wojskowy dla potrzeb kultu religijnego. Nie wznowiono jednak wówczas w Rzeszowie wojskowych struktur parafialnych. Stąd też w latach 1945-69 kościół posiadał jedynie status świątyni rektoralnej i służył duszpasterstwu wojskowemu i cywilnemu. Dopiero od 14 sierpnia 1969 r. pełni on rolę parafialnej świątyni cywilnej, a od 21 stycznia 1993 r. - wojskowej. Pierwszym proboszczem parafii cywilno-wojskowej był ks. Marian Homa.
Bardzo burzliwe były losy duszpasterstwa wojskowego w Rzeszowie. W pewnym stopniu odzwierciedlają one historię Polski i oręża polskiego. Mimo tych dziejowych zawirowań spełniało ono stale swoje zasadnicze zadanie, którym była troska o rozwój religijno-moralny żołnierzy.