W homilii kard. Dziwisz przypomniał związki Jana Pawła II ze św. Ojcem Pio. Przywołał m.in. spowiedź młodego księdza Karola Wojtyły u charyzmatycznego zakonnika w czasie jego studiów rzymskich. Mówił również o korespondencji w sprawie „chorej na chorobę nowotworową osoby”, w której bp Wojtyła prosił o. Pio o modlitwę, a potem, gdy okazało się, że operacja jest niepotrzebna, dziękował włoskiemu kapucynowi.

O. Pio nigdy nie odpowiedział na listy bp. Wojtyły. „Jest natomiast pewne, że Ojciec Pio przekazał listy swoim współbraciom mówiąc, by je zachowali. Czyżby miał intuicję o tym, co wydarzyło się po latach, podczas konklawe w październiku 1978 roku?” – zastanawiał się kard. Dziwisz, dodając, że sam Jan Paweł II nigdy nie potwierdził, by Ojciec Pio wypowiedział się wprost o jego wyborze na Stolicę św. Piotra w Rzymie.

Wieloletni sekretarz Jana Pawła II wspominał również, że Ojciec Święty bardzo interesował się procesem beatyfikacyjnym i kanonizacyjnym Ojca Pio i zdawał sobie sprawę z wielkiego pragnienia wielu ludzi na całym świecie, by Ojciec Pio został wyniesiony do chwały ołtarzy.

Hierarcha nawiązał ponadto do 100. rocznicy otrzymania stygmatów przez św. Ojca Pio, które nazwał „dramatycznym przełomem w jego życiu”. „Jak wiemy, stało się ono źródłem wielkiego cierpienia Ojca Pio, zarówno fizycznego, jak i duchowego. Ale stało się także źródłem jego niezwykłego apostolstwa oraz oddziaływania na wspólnotę Kościoła, i to oddziaływanie nadal trwa i zatacza coraz szerszy krąg” – podkreślił.

Źródłem cierpień zakonnika były jednak, zdaniem kaznodziei, nie tylko stygmaty, ale również podejrzenia i niezrozumienie ze strony niektórych ludzi Kościoła. Jak podkreślał, Ojciec Pio całą swoją ufność złożył w Bogu, inaczej, po ludzku sądząc, nie udźwignąłby takiego doświadczenia. „Wiemy, jaki lęk budziły w nim stygmaty, których do końca nie mógł ukryć. Przeżywał je w duchu wielkiego upokorzenia. Ale ufność i nadzieja złożona w Bogu nie pozwoliły się mu zamknąć w sobie. Stawał się człowiekiem i kapłanem dla innych” – wspominał.

„Święty i pokorny kapucyn z Pietrelciny uczy nas, jak powinniśmy utożsamiać się z Chrystusem i żyć dla Chrystusa” – wskazał kard. Dziwisz.

Ogólnopolskie czuwanie czcicieli św. Ojca Pio odbyło się po raz 16. W Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach jako jeden z elementów obchodów Jubileuszowe Roku św. Ojca Pio, związanego z 50. rocznicą jego śmierci oraz 100. rocznicą otrzymania przez niego stygmatów.

W 1918 r. na dłoniach, nogach i piersi Ojca Pio pojawiały się otwarte rany – stygmaty, które pozostały na jego ciele do końca życia. Wkrótce potem do o. Pio i jego klasztoru w San Giovanni Rotondo zaczęły przybywać rzesze pielgrzymów, licznie uczestnicząc w odprawianych przez niego Mszach św. Zakonnik zasłynął jako spowiednik, a jego proroczy dar przyniósł mu jeszcze większą sławę. Jednak władze kościelne zdystansowały się od osoby stygmatyka.

W latach 1922-1934 na mocy decyzji Świętego Oficjum (obecnie Kongregacji Nauki Wiary) otrzymał on zakaz publicznego sprawowania Eucharystii. Na prośbę władz kościelnych stygmaty o. Pio były poddawane kilkakrotnie badaniom medycznym. W 1964 r. kard. Ottaviani, ówczesny zwierzchnik Świętego Oficjum ogłosił, że papież Paweł VI zdecydował, aby „Ojciec Pio pełnił swą służbę, ciesząc się wolnością”. O. Pio zmarł 23 września 1968 roku w opinii świętości.

Wielkim czcicielem Stygmatyka był Jana Paweł II. Ks. Karol Wojtyła osobiście odwiedził go w 1947 r. Ponadto już jako biskup pisał listy do o. Pio prosząc go, by modlił się m. in. o uzdrowienie Wandy Półtawskiej. Papież Polak ogłosił o. Pio w 1999 r. błogosławionym (31 lat po śmierci), a trzy lata później (w 2002 r.) – świętym.