O. Arrupe wprowadzał w życie postanowienia Soboru Watykańskiego II, wywierając wpływ na zmianę profilu zakonu. W tym czasie, zwłaszcza w latach siedemdziesiątych, wiele kół kościelnych krytykowało zakon za jego zaangażowanie społeczne w krajach Ameryki Łacińskiej i za łagodzenie surowych reguł zakonnych. Urodził się 14 listopada 1907 r. w Kraju Basków. Do Towarzystwa Jezusowego wstąpił w 1927 r. po czterech latach studiów medycznych na uniwersytecie w Madrycie. Studia teologiczno-filozoficzne odbywał w Hiszpanii, Belgii oraz Holandii. Po święceniach kapłańskich w 1936 udał się do USA, gdzie podjął posługę duszpasterską wśród emigrantów.

W 1938 jako misjonarz rozpoczął pracę w Japonii. Tam w 1941 roku, po ataku Japończyków na Pearl Harbor, został prewencyjnie aresztowany przez Amerykanów. Po wyjściu z aresztu objął funkcję przełożonego i mistrza nowicjatu na przedmieściach Hiroszimy, gdzie 6 sierpnia 1945 roku przeżył wybuch bomby atomowej. Mając doświadczenie medyczne, jako jeden z pierwszych, pospieszył z pomocą ofiarom.

22 maja 1968 r. wybrano go na generała Towarzystwa Jezusowego. Odpowiadając na potrzeby świata, podejmował rozległą działalność na rzecz sprawiedliwości społecznej, odnowił ducha jezuickiego szkolnictwa i wprowadził Towarzystwo Jezusowe w posoborową odnowę Kościoła. Gdy w sierpniu 1981 r. o. Arrupe uległ paraliżowi, początkowo zakonem kierował wyznaczony przez Jana Pawła II komisarz o. Paolo Dezza. W 1983 r. dokonano wyboru nowego generała, którym został o. Peter-Hans Kolvenbach z Holandii.

O. Pedro Arrupe zmarł 5 lutego 1991 r. W 1995 r. na życzenie o. Kolvenbacha, trumnę ze zwłokami jego poprzednika przeniesiono do kościoła jezuitów Il Gesù w Rzymie, gdzie pochowany jest również św. Ignacy Loyola. W 2013 r. hołd o. Arrupe złożył przy jego grobie papież Franciszek.