Msza św. była odprawiana w szczególnym miejscu, w kościele, do którego budowy użyto konstrukcji z ołtarza papieskiego z wizyty Jana Pawła II w Legnicy, w dniu 2 czerwca 1997 r. Będzie więc trwałą pamiątką tej historycznej wizyty Głowy Kościoła i zarazem Papieża-Polaka w tym mieście.
Mury wznoszonej świątyni wypełniły się ponad 1000-osobową grupą uczniów, katechetów, nauczycieli i pracowników szkoły, którzy trwali w modlitewnym skupieniu. Księdza Biskupa i wszystkich obecnych powitał proboszcz parafii ks. kan. Józef Borowski.
W homilii Ksiądz Biskup mówił do zgromadzonych: „Wszystkich nas ogarnęła powaga, smutek, w wielu oczach łzy, wzruszenie, bo odszedł z tego świata człowiek wyjątkowy. Po odejściu Papieża cały świat zaczyna dostrzegać, kim On był dla świata i współczesnego człowieka. Słowa wypowiadane, często nas wzruszają i napawają dumą, że z naszego narodu wyszedł taki człowiek. Ale żeby dobrze zrozumieć tego człowieka, którego Bóg wybrał na Następcę Piotra, Namiestnika Chrystusa, żeby dobrze zrozumieć Jana Pawła II, trzeba dobrze zrozumieć tę tajemnicę, którą dziś obchodzimy. On dlatego tyle miłości okazywał człowiekowi, tak bardzo domagał się szacunku dla każdego człowieka, tak bolał nad tym, że ludzie potrafią zabić życie ludzkie i to jeszcze ukryte pod sercem matki, i to człowieka starego, że ludzie nie potrafią z szacunkiem odnosić się do siebie, wywołując wojny i konflikty. Bolało go, że niektórzy stają się wyznawcami różnych wymyślonych przez ludzi doktryn, w których odwołują się do postępu i tolerancji, a w gruncie rzeczy prowadzą do pomniejszenia, a nawet zniszczenia człowieka. To wszystko widział i dlatego podejmował nadludzki wysiłek, aby uświadomić, kim jest człowiek, jak wielką wartość ma dla człowieka rodzina, kultura, w której żyje się i rozwija, jak wielką wartość ma każda istota ludzka. Szczególnie słuchała go młodzież. Dla wielu jest to niezrozumiałe, jak to było możliwe, że ten Papież nawet w swojej starości, dotknięty chorobą, potrafił nawiązać tak serdeczny kontakt z młodzieżą. On kochał młodzież, ale też doceniał, że młody człowiek jeszcze nie ma wypaczonego sumienia, że jest wrażliwy na prawdę, dobro, piękno, że ma szansę ułożenia sobie życia tak, aby samemu zdobyć szczęście i przyczynić się do dobra i szczęścia innych. Dlatego z takim zaufaniem zwracał się do młodego człowieka. Młody człowiek na jego miłość i zaufanie odpowiadał zaufaniem i miłością swojego serca, widząc w nim przewodnika, nauczyciela i ojca, któremu zależy na człowieku i który nie okłamuje różnymi łudzącymi słowami, ale mówi prawdę.
Ojciec Święty ten szacunek dla człowieka odczytywał z tej tajemnicy, którą dziś obchodzimy, z tajemnicy Bożego Wcielenia. Często przypominał: pamiętaj, człowieku, Bóg ciebie powołał do życia i nosisz w sobie obraz i podobieństwo Boże. To prawda, że ludzie często znieważają ten obraz w sobie, ale trzeba wrócić do Boga, do Chrystusa, bo On jest Prawdą, Drogą i Życiem.
To wzruszające, że w ostatnich minutach życia jeszcze myślał o młodzieży. Mówił: «ja was szukałem, a wyście przyszli do mnie». (...)
W tych trudnych godzinach nie myślmy tylko o tym, co utraciliśmy, ale myślmy też o tym, co nam Bóg dał przez Jana Pawła II. Odczytujmy Papieża, jako wezwanie dla nas, jaką drogą iść, którą drogę wybrać, aby życie nasze było piękne i wartościowe. Niech On nas wspiera z tej już drugiej strony życia w naszych trudach i mozołach i niech zawsze będzie z nami”.
Liturgia była przygotowana przez młodzież. Obecne były także poczty sztandarowe.
W dniach modlitwy za Papieża dyrekcja szkoły wraz gronem pedagogicznym i uczniami zorganizowali okolicznościową wystawę poświęconą osobie Jana Pawła II. Wśród zgromadzonych pamiątek są również i te z dziesięcioletnich już pielgrzymek przedstawicieli szkoły do Rzymu. Trwają także lekcje poświęcone osobie polskiego Papieża, odbywają się spotkania poszczególnych klas w pobliskim kościele św. Wojciecha z Księdzem Proboszczem, który mówi młodzieży o przebiegu wizyty Ojca Świętego w Legnicy i o budowanym kościele - pamiątce tej wizyty. Wyłożona została także księga kondolencyjna i zaciągnięta warta honorowa. Niezależnie od tego, młodzież przybywa do kościoła w ciągu dnia, na osobistą modlitwę w intencji Ojca Świętego.