Kilku wiernych umówiło się z nim na spotkanie o piątej rano, aby wspólnie się pomodlić. Jednak po przybyciu do parafii nie mieli od niego żadnego sygnału. Po wejściu na plebanię znaleźli nieżywego księdza. Został zamordowany prawdopodobnie podczas próby wymuszenia pieniędzy przez tzw. pandilleros, czyli jeden z oddziałów przestępczych działających w Salwadorze.

Biskup Sonsonate, Constantino Barrera po przybyciu na miejsce poprosił wiernych o modlitwę za zamordowanego o. Cecilio oraz za wszystkich kapłanów, podkreślając, że zmarły ksiądz bardzo oddanie pracował i cieszył się dużym uznaniem wiernych.

To zabójstwo wpisuje się w ciąg wydarzeń, które miały miejsce w ubiegłym roku, kiedy np. w Wielki Czwartek został zabity o. Walter Vasquez z okręgu Lolotique. W tym przypadku do dzisiaj nie udało się ustalić sprawców zbrodni.