Miasto biskupie Zamość, liczące ok. 70 tys. mieszkańców, do czasu utworzenia diecezji zamojsko-lubaczowskiej 25 marca 1992 r. było obsługiwane duszpastersko przez 5 parafii: kolegiacką pw. Zmartwychwstania Pańskiego, pw. św. Tomasza Ap., pw. Świętego Krzyża, pw. Matki Bożej Królowej Polski, pw. św. Michała Archanioła i pw. św. Mikołaja - Ojców Redemptorystów (dziś Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny - Ojców Franciszkanów). Szóstą - wojskową, personalną parafię stanowiła parafia pw. św. Jana Bożego.
Dla dobra duchowego wiernych, zgodnie z zaleceniem Soboru Watykańskiego II, by parafie miejskie liczyły do 10 tys. wiernych, a wiejskie do 5 tys., pasterz diecezji bp Jan Śrutwa podjął decyzję o utworzeniu trzech nowych parafii w Zamościu i czwartej na jego obrzeżach.
Pierwszą z nich utworzoną dekretem z 22 sierpnia 1994 r. jest parafia pw. Miłosierdzia Bożego w dzielnicy Słoneczny Stok przy ul. Hrubieszowskiej 32. Powstała ona na terenie parafii pw. Świętego Krzyża, obejmując także wiernych mieszkających w pobliżu z parafii Matki Bożej Królowej Polski. Parafia liczy ponad 4 tys. wiernych, a jej organizatorem, budowniczym i proboszczem jest ks. kan. Andrzej Chmaj. Oddano do użytku ładną, dużą, murowaną kaplicę z pełnym wyposażeniem wnętrza. Przy kaplicy jest mieszkanie dla proboszcza. W dalszej perspektywie jest przewidziana budowa kościoła parafialnego. Na terenie parafii znajduje się Wojewódzki Szpital im. Papieża Jana Pawła II, z dużą, funkcjonalną, posiadającą zaplecze kaplicą pw. św. Rafała Archanioła. Korzystają z niej chorzy, obsługa szpitala oraz inni wierni odwiedzający swoich bliskich przebywających w szpitalu.
W Boże Narodzenie 1994 r. zostało ogłoszone utworzenie kolejnej nowej parafii w Zamościu pw. św. Brata Alberta przy ul. Dembowskiego 24, z siedzibą w tymczasowej obszernej kaplicy przeniesionej z parafii Matki Bożej Królowej Polski. Obejmuje ona północno-zachodnią część parafii pw. św. Michała Archanioła oraz peryferie parafii Sitaniec przylegające do niej, także w obrębie miasta. Parafia liczy ok. 4 tys. wiernych, jej organizatorem, budowniczym i proboszczem jest ks. kan. Jan Borowski. Trwa budowa monumentalnego kościoła parafialnego, który będzie ozdobą dzielnicy i miasta.
Trzecią nową parafią Zamościa jest parafia pw. Świętej Opatrzności Bożej na Karolówce przy ul. ks. Franciszka Zawiszy 10, erygowana dekretem z 6 marca 2005 r. Powstała z wydzielonej części parafii katedralnej w południowo-zachodniej części miasta i liczy ok. 3 tys. wiernych. Posiada wybudowaną przed jej utworzeniem okazałą, drewnianą kaplicę z wyposażonym wnętrzem i mieszkaniem dla proboszcza. A także murowany, piętrowy budynek dawnego Kolegium Teologicznego przy ul. Matejki 21, służący jako wikariat i dom parafialny.
Organizatorem, budowniczym i proboszczem parafii jest ks. Jarosław Feresz. Na terenie parafii znajduje się kilka szkół: Akademia Rolnicza, Szkoła Rolnicza, Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych, Gimnazjum oraz Szkoła Podstawowa. Budowa kościoła parafialnego znajduje się na etapie powstawania projektu.
Czwartą parafią będzie parafia Kalinowice przy trasie tomaszowskiej, gdzie trwa rozbudowa nowych osiedli. W tej sprawie Biskup Ordynariusz skierował 14 listopada 2002 r. do wikariusza parafii pw. Świętego Krzyża ks. Jarosława Przyczyny następujące pismo: „Stosownie do potrzeb pastoralnych naszej diecezji, po uprzednim uzgodnieniu sprawy, kieruję Czcigodnego Księdza Magistra do budowy nowego kościoła dla miejscowości: Kalinowice, Wólka Panieńska, Jatutów, Łabuńki I, obecnie należących do parafii pw. Świętego Krzyża w Zamościu.
Na nowy okres pracy kapłańskiej z serca błogosławię i polecam opiece Matki Odkupiciela - Patronki diecezji”.
Nowa parafia będzie liczyła ok. 3,5 tys. wiernych. 24 kwietnia 2005 r. Pasterz diecezji dokonał poświęcenia placu pod budowę kościoła oraz krzyża, znaku sakralności terenu. Wyrównany i zagospodarowany plac ogrodzono metalową siatką i zamknięto bramą wjazdową. Trwają prace przygotowawcze postawienia kaplicy z metalowych elementów.
Utworzenie nowych parafii zaowocowało zbliżeniem Eucharystii i Słowa Bożego do wiernych i zwiększonej na nich frekwencji, a także czynnym włączeniem się mieszkańców w życie Kościoła. Zdecydowana większość wiernych przyjęła z zadowoleniem bliskość domu Bożego i nie było protestów przeciw zmianie przynależności parafialnej, co zdarza się czasem w wiejskich parafiach. W dużej mierze jest to wynik osobistego zaangażowania w te sprawy Pasterza diecezji głoszącego Słowo Boże w nowych ośrodkach, a także zasługa księży proboszczów macierzystych parafii, którzy czynnie włączyli się w organizowanie nowych parafii, przygotowując place pod budowę i pomagając w różny sposób nowym proboszczom, zgodnie z zasadą Omnia ad maioram Dei gloriam - wszystko na większą chwałę Bożą.