Co roku - na progu Wielkiego Postu - wzywa nas Kościół, abyśmy udali się za Jezusem na pustynię, abyśmy podjęli ważne dla naszego życia umartwienia i posty. Zasadniczym celem okresu Wielkiego Postu jest właśnie przygotowanie duchowe na przeżycie tajemnicy naszego zbawienia, tajemnicy męki i śmierci Chrystusa. Dlatego w centrum Wielkiego Postu stoi tajemnica krzyża, dopełniona potem zmartwychwstaniem Chrystusa. Możemy więc powiedzieć, że Wielki Post ma nas przygotować na jak najpełniejsze przeżywanie tajemnicy paschalnej. W tym szczególnym czasie mocniej otwieramy się na działanie Ducha Świętego. Formacji duchowej w seminarium służą różne ćwiczenia duchowe i nabożeństwa: miesięczne dni skupienia, konferencje wychowawczo-ascetyczne i coroczne rekolekcje, rozpoczynające się zazwyczaj w Środę Popielcową. Te rekolekcje dają kolejną szansę ponownego wsłuchiwania się w Ewangelię, aby bardziej umocniła się świadomość tej Prawdy ofiarowanej przez Boga, potrzebnej do dawania świadectwa. Ćwiczenia rekolekcyjne dla kandydata przygotowującego się do posługi kapłańskiej mają wyjątkowe znaczenie. Alumni przez pięć dni całkowitego milczenia, skupienia, „oderwania od świata” uczestniczą w praktykach duchowych prowadzonych przez ojca rekolekcjonistę. Rekolekcjonista pomaga wniknąć do wnętrza, w stan swojej duszy, aby odnaleźć te obszary duchowości, w których widać jeszcze niedoskonałości, braki, nad którymi trzeba podejmować intensywną pracę. Wielkie znaczenie także mają postanowienia rekolekcyjne i wielkopostne. Są one przygotowywaniem miejsca dla Pana Boga, aby mógł z jeszcze większą siłą działać i przemieniać serce alumna.
Alumni ponadto podejmują w tym szczególnym czasie, zgodnie z nauką Jezusa Chrystusa, praktyki: post, modlitwę, jałmużnę. Post pomaga uświadomić sobie, że w życiu są ważniejsze rzeczy niż pożywienie.
Ta praktyka otwiera serca i oczy na braci cierpiących głód i niedostatek. Jałmużna - nie zawęża się tylko do daru materialnego, ale wyraża w czynach miłosierdzia, pomocy względem bliźnich, w przebaczeniu urazów. Alumni uczestniczą w każdy piątek w nabożeństwie Drogi Krzyżowej, a w poszczególne niedziele Wielkiego Postu w Gorzkich żalach połączonych z kazaniem pasyjnym.
Oprócz tych wspólnotowych praktyk każdy alumn podejmuje własne akty modlitewne. Zwieńczeniem zaś czterdziestodniowego okresu Wielkiego Postu jest Triduum Paschalne, w którym uczestniczy każdy alumn w swojej wspólnocie parafialnej, i Msza św. rezurekcyjna w Niedzielę Zmartwychwstania Pańskiego. Wędrówka wielkopostna przybliża do Boga i pozwala spojrzeć nowymi oczami na potrzeby bliźnich. Taka praktyka, włączona w formację duchową, stanowi element najwyższej wagi w wychowaniu do kapłaństwa.