Obecność wiary katolickiej w Algonquin datuje się na rok 1845, kiedy to duża grupa czeskich osadników zamieszkała wzdłuż rzeki Fox. W 1911 r. bp Piotr Muldoon wyznaczył do posługi duszpasterskiej ks. P.J. Hogana, który dwa razy w miesiącu sprawował Mszę św. W 1915 r., pod przewodnictwem ks. Józefa Lonergan została utworzona misja św. Małgorzaty Marii dla 26 mieszkających tutaj rodzin.
Na zakupionej ziemi wzdłuż rzeki Fox wybudowano pierwszy kościół pw. św. Jana Nepomucena, który został poświęcony w dniu święta dziękczynienia w 1915 r. Po upływie 40 lat przydzielony został parafii pierwszy proboszcz rezydent, ks. Raymond Eipers. Ponieważ pierwszy kościół był zbyt mały dla rozrastającej się społeczności, dlatego też w 1955 r. zakupiono 10 akrów ziemi na cele duszpasterskie. Na terenie tym, położonym wzdłuż ulic Algonquin i Hubbart, wybudowano nowy kościół i szkołę. Kościół mógł pomieścić 350 osób, a do parafialnej katolickiej szkoły, pod kierownictwem sióstr dominikanek, uczęszczało 130 uczniów. W 1983 r. parafia wybudowała nowy kościół dla liczącej wówczas już ponad 2 tys. rodzin wspólnoty. Nowy kościół oraz kaplicę, biura parafialne i zaplecze duszpasterskie poświęcił bp Artur O’Neill. W 2002 r. parafia kupiła budynek państwowej szkoły Eastiview, położonej w sąsiedztwie działki parafialnej. Dzisiaj jest on siedzibą katolickiej szkoły św. Małgorzaty Marii, Parafialnego Centrum Edukacji Religijnej oraz Katolickiej Polskiej Szkoły. W chwili obecnej parafia św. Małgorzaty Marii liczy ponad 3, 3 tys. rodzin biorących czynny udział w ponad 130 duszpasterstwach i posługach. Do katolickiej szkoły uczęszcza 330 uczniów, a ponad tysiąc uczestniczy w nauce religii. Przy parafii od 2001 r. istnieje Polska Wspólnota Katolicka, która liczy ok. 2 tys. osób. Na Msze św. w języku polskim (sobota - 6.30 pm i niedziela - godz. 1 pm) uczęszcza regularnie w granicach 900-1000 osób. Polska społeczność podtrzymuje swoje narodowe tradycje i zwyczaje przez istniejące przy parafii: Klub Kultury Polskiej oraz Katolicka Polską Szkołę, do której uczęszcza obecnie 264 dzieci i młodzieży.