Już w pierwszych dniach Powstania Warszawskiego spokojne i ciche, wypełnione przede wszystkim modlitwą, życie sióstr benedyktynek sakramentek na Nowym Mieście zupełnie się zmieniło. Klasztor został otwarty, na korytarzach pojawili się powstańcy, łączniczki co chwila przebiegały przez korytarze i ogród. Siła ataku wroga wzmagała się, a życie faktycznie zeszło do piwnic, gdzie ściągała okoliczna ludność, a także uciekinierzy z innych terenów. Siostry wszystkich przyjmowały, oddawały żywność i wodę. W końcu urządzono w klasztorze, za zgodą sióstr, szpital powstańczy. W rozmównicach była sala operacyjna, zorganizowano także punkt krwiodawstwa. Rannych wciąż przybywało. Fakt istnienia szpitala wzburzył Niemców.
- 12 sierpnia Niemcy rozpoczęli mordercy atak na Starówkę - wspomina na stronie internetowej www.sakramentki.opoka.org.pl s. Michaela Walicka. - Od strony Wisły nieprzyjaciel skierował nękający ostrzał artyleryjski, eskadry samolotów zrzucały bomby burzące i zapalające, a z przelatujących nisko samolotów lotnicy strzelali do ludności z karabinów maszynowych. Ogromnych spustoszeń dokonały moździerze, czyli „krowy”, gdyż siła podmuchu była tak wielka, że wśród tumanów kurzu osuwały się całe ściany domów. Na naszych oczach ginęły zabytkowe mury Starego Miasta.
W różnych miejscach klasztoru wybuchały pożary, które usiłowano gasić. Szpital ewakuowano do podziemi, a w końcu w ogóle zamknięto, gdyż jeden z pocisków ugodził w wieżyczkę wieńczącą kopułę kościoła i ta się zapaliła. Groziło to runięciem jej na posadzkę i zawalenie podziemi.
Siostry też musiały opuścić niszczony budynek, a po tygodniowej tułaczce, nie mogąc znaleźć bezpiecznego miejsca, powróciły na gruzy klasztoru. Podczas nalotów, wraz z innymi ludźmi, chroniły się w krypcie świątyni. Przeczuwały, że nadchodzi śmierć. Ofiarowały swoje życie Bogu, jako dar wynagradzający z prośbą, aby ich ofiara wyjednała miłosierdzie dla ojczyzny. 31 sierpnia o godz. 15 sakramentki otoczyły tabernakulum i odmówiły Nieszpory. Potem rozpoczęło się straszne bombardowanie. Całe sklepienie kościoła runęło, a pod gruzami zginęło 36 mniszek, 4 księży i około 1000 osób z ludności cywilnej. Garstka sióstr, które przeżyły bombardowanie, następnego dnia opuściła gruzy. Kronikarka zanotowała: „Powstańcy, wstrząśnięci naszym nieszczęściem, wszyscy salutowali”.
Niemcy następnego dnia znowu zbombardowali kościół i całkowicie już zniszczyli ten historyczny zabytek. Dla nielicznej grupy sióstr pozostałych przy życiu rozpoczęła się tułaczka. Najpierw przez obóz w Pruszkowie, potem przez klasztor bernardynek w Łowiczu, aż do opactwa benedyktynek w Staniątkach. Jednak, jak tylko już było można, siostry wróciły do Warszawy. Rozpoczęły się też prace nad odbudową kościoła i klasztoru.

30 sierpnia o godz. 18 w kościele św. Kazimierza przy Rynku Nowego Miasta zostanie odprawiona uroczysta Msza św. w rocznicę zburzenia kościoła i klasztoru Sióstr Benedyktynek Sakramentek w czasie Powstania Warszawskiego oraz w intencji poległych sióstr, kapłanów i ludności cywilnej.
We Mszy św., której przewodniczyć będzie metropolita warszawski abp Kazimierz Nycz weźmie udział Prezydent RP Lech Kaczyński.
Podczas uroczystości nastąpi odsłonięcie i poświęcenie pomnika św. Benedykta z Nursji - Patrona Europy. Przy kościele będzie można także oglądać wystawę zorganizowaną przez Muzeum Powstania Warszawskiego