Wieś Wójtowa, lokowana przez króla Kazimierza Wielkiego w 1363 r., należała do starosty bieckiego. Parafia pw. św. Bartłomieja powstała prawdopodobnie w 1513 r. z fundacji królewskiej. W 1650 r. bp P. Gembicki wcielił parafię Wójtowa do parafii Lipinki. Natomiast 17 października 1911 r. bł. bp Józef Sebastian Pelczar reerygował ją ( obecnie dekanat biecki).

Dwudziestowieczna historia Wójtowej znaczona była różnymi wydarzeniami, czasami nie najchwalebniejszymi. M. in. w okresie międzywojennym w Wójtowej założono komórkę KPP. W czasie wojny walczyły tu oddziały AL i GL. Po wyzwoleniu powstała Powiatowa Rada Narodowa. W 1972 r. wieś odznaczono Krzyżem Grunwaldu III klasy.

Obecnie parafia liczy ok. 1500 wiernych. Z parafii pochodzi ks. Michał Czeluśnik, który przebywa na studiach w Rzymie. Od 1999 r. obowiązki proboszcza pełni ks. Władysław Uchman.

Dzieje parafii i świątyni

W XVI w. wzniesiono w Wójtowej pierwszy kościół pw. św. Bartłomieja Przy kościele już w 1595 r. istniała szkoła parafialna. Świątynia ta, stojąca do dzisiaj, była wielokrotnie przebudowywana i odnawiana. W 1737 r. przedłużono nawę, potem wzniesiono murowaną zakrystię i kaplicę. W 1934 r. wybudowano wieżę. Jest to kościół drewniany konstrukcji zrębowej, jednonawowy, z prezbiterium zamkniętym trójbocznie. Świątynia jest szalowana, kryta blachą, części murowane otynkowano.

Pierwsza polichromia wnętrza powstała w XVI w. Obecna polichromia z kompozycjami figuralnymi na stropie pochodzi z 1939 r. Główny ołtarz z elementami barokowymi pochodzi z XVII w., a w nim obrazy Najświętszej Maryi Panny z XIX w. i św. Bartłomieja z 1853 r. Ołtarz w kaplicy datowany jest także na XVII w., ale był później przerabiany, na nim późnorenesansowe tabernakulum, na którym widnieje data 1611 r. oraz herb Nałęcz fundatora ks. Zygmunta Jureckiego, proboszcza wójtowskiego. Na belce tęczowej rzeźba ludowa - Grupa Pasji. Zachowała się późnogotycka chrzcielnica oraz organy z 1867 r., a także późnogotycka rzeźba Chrystusa Zmartwychwstałego.

W starym kościele nie odprawia się teraz nabożeństw, jedynie dzieci odgrywały tam jasełka. Czasem świątynia służy jako kaplica przedpogrzebowa. Nie przedstawia wielkiej wartości artystycznej, dlatego nie ma możliwości otrzymania dotacji na jej konserwację. Mimo to, w tym roku Ksiądz Proboszcz chciałby zabezpieczyć obiekt przed niszczeniem poprzez zmianę dachu i rynien. W miejsce żywopłotu stanąłby płot z desek.

Miłosierdzie ogarniające wiernych

Zabytkowa świątynia nie mieściła wszystkich wiernych, dlatego w latach 1990-94 wzniesiono nowy kościół parafialny pw. Miłosierdzia Bożego. Budowę rozpoczął ks. Józef Głowa w kwietniu 1990 r. według projektu Witolda Drzymalskiego, natomiast kontynuował ją ks. Kazimierz Rzońca.

28 czerwca 1992 r. bp Kazimierz Górny wmurował kamień węgielny, poświęcony w poprzednim roku w Rzeszowie przez Jana Pawła II. 21 sierpnia 1994 r. bp Edward Białogłowski poświęcił nową świątynię.

Bryła kościoła o wydłużonym kształcie i wysokim dachu tworzy kształt krzyża wraz z dwoma nawami bocznymi. W prezbiterium umieszczony jest obraz Miłosierdzia Bożego, po prawej stronie obraz Matki Bożej Szkaplerznej (kopia łaskami słynącego obrazu z Zawady k. Dębicy), po lewej - obraz bł. siostry Faustyny Kowalskiej. Tabernakulum metalowe, pancerne. Prezbiterium wyłożone białym marmurem, nawa główna - czerwona. Ołtarz, ambonka, chrzcielnica oraz stacje drogi krzyżowej wykonane z drewna. Ławki dębowe, stałe. Kościół jest ogrzewany.

Życie parafii

Budowa świątyni bardzo zjednoczyła parafię. Wszyscy kolejno przychodzili do pracy i przyzwyczaili się, że pracują dla dobra Kościoła. W każdy piątek po wieczornej Mszy św. odprawiana jest uroczysta Nowenna do Miłosierdzia Bożego, z licznym uczestnictwem parafian. Wielu młodych ludzi chce ułożyć swoje życie w zgodzie z wymaganiami Ewangelii. W parafii modli się 20 róż różańcowych dorosłych i 2 młodzieży. Jest ponad 40 ministrantów i 15 lektorów. Działają Zespół Synodalny oraz Grupa Charytatywna Caritas, która aktywnie podejmuje akcje pomocowe. Znaczna grupa osób należy do Koła Przyjaciół WSD. Formuje się stała grupka młodzieży, która zapewne stworzy KSM. W tym roku 60 osób przyjęło sakrament bierzmowania. Zwłaszcza te osoby szczególnie aktywnie włączają się w życie parafialne: oprócz częstej Mszy św. prowadzą nabożeństwa paraliturgiczne, związane z rokiem liturgicznym, prowadzą adorację przy Bożym Grobie, przygotowują okolicznościowe programy poetyckie, są zachęcani do czytania prasy katolickiej.

W parafii jest znaczna liczba osób starszych, najstarsza parafianka rozpoczęła setny rok życia. Dotarcie do kościoła utrudnia im znaczna odległość, bo wioska jest bardzo rozciągnięta, a świątynia stoi na uboczu. Oprócz ludzi starszych są jednak osoby, które nie czują potrzeby, aby tu przyjść. Zwłaszcza średnie pokolenie, które kiedyś było zapatrzone w ideały minionego systemu jest rozczarowane i wiele wysiłku kosztuje ich patrzenie na świat oczami wiary. Ksiądz Proboszcz podkreśla, że młode pokolenie już inaczej postrzega misję Kościoła.

W parafii jest grupa osób (na kształt chóru) upiększająca śpiewem ważniejsze uroczystości parafialne, zwłaszcza dwa odpusty parafialne: w pierwszą niedzielę po Wielkanocy, bo nowy kościół ma tytuł Miłosierdzia Bożego i na św. Bartłomieja, bo takie jest wezwanie starego kościoła i parafii.

Tradycją stało się, że w niedzielę po Wielkanocy na wspólną modlitwę zbierają się strażacy z całej gminy. W ubiegłym roku było to spotkanie z całego powiatu gorlickiego, a w uroczystości uczestniczyli przedstawiciele powiatowych władz samorządowych ze Starostą oraz Burmistrzem Biecza. Strażacy starają się upiększać wszelkie uroczystości religijne w parafii.